Locus 2546

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	6,915,058 – 6,915,174
Length	116
Max. P	0.999864

overview

Window 5

Location	6,915,058 – 6,915,174
Length	116
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	74.87
Mean single sequence MFE	-30.60
Consensus MFE	-19.50
Energy contribution	-18.58
Covariance contribution	-0.92
Combinations/Pair	1.35
Mean z-score	-5.39
Structure conservation index	0.64
SVM decision value	3.43
SVM RNA-class probability	0.999193
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 6915058 116 + 27905053
GAAAUUUGAACACAAU---UUGGAAGUGUGAA-AUAAUUAAACCAGAAUGUUAGUAUCAGACUAAGAUAUUAAUCUCUGGCCUAAUUAUUUCACUUUUCGAAUAACAAAUAAAUACAAAU
..............((---(((((((.(((((-(((((((..(((((..(((((((((.......))))))))).)))))..)))))))))))))))))))))................. ( -33.40)
>DroSec_CAF1 63861 108 + 1
GAAAUUUGAACAGAAUUGUUUGGAAGAGUGGAUAUAAUU--ACCAGAAUGUUAGUAUCAGAAUAAGAUAUUAAUCUCUGUCCUAAUUAUUUCACUUUUUGAAUAACAAAU----------
...............((((((.((((((((((.((((((--(.((((..(((((((((.......))))))))).))))...))))))))))))))))).)..)))))..---------- ( -25.80)
>DroSim_CAF1 63212 109 + 1
GAAAUUUGAACAGAAUUGUUUGGAAGUGUGGA-AUAAUUAUACCAGAAUGUUAGUAUCAGACUAAGAUAUUAAUCUCUGGUCUAAUUAUUUCACUUUUUGAAUAACAAAU----------
...............(((((..((((.(((((-(((((((.((((((..(((((((((.......))))))))).)))))).))))))))))))))))..))))).....---------- ( -35.80)
>DroEre_CAF1 65626 115 + 1
GAAAUUUGGGCACAU----UUCUAAGAAUAGA-AUGAUUAUUCCAGAAGUUUAGUAUUAGACUAUGAUUCUUAUUUCUGGCCUAAUUAUUCCAUAUUUAGAAUAACAAAUAAAAACAAAU
...(((((.......----(((((((.((.((-(((((((..((((((((..((.((((.....)))).)).))))))))..))))))))).)).)))))))...))))).......... ( -27.00)
>DroYak_CAF1 65439 106 + 1
G---------CACAU----UUCUAAAAAUAGA-AUGAUUGUACCAGAAGUUUAUUAUCAGACUAAGAUAAUAACUUCUGGCCUAAUUAUUCCAAUUUUAGAAUAACAAAUAAACACAUAU
.---------.....----((((((((...((-(((((((..(((((((((.((((((.......)))))))))))))))..)))))))))...)))))))).................. ( -31.00)
>consensus
GAAAUUUGAACACAAU___UUGGAAGAGUGGA_AUAAUUAUACCAGAAUGUUAGUAUCAGACUAAGAUAUUAAUCUCUGGCCUAAUUAUUUCACUUUUAGAAUAACAAAUAAA_ACA_AU
...................((.((((.(((((.(((((((..(((((...((((((((.......))))))))..)))))..)))))))))))).)))).)).................. (-19.50 = -18.58 +  -0.92)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	6,915,058 – 6,915,174
Length	116
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	74.87
Mean single sequence MFE	-24.44
Consensus MFE	-12.98
Energy contribution	-14.38
Covariance contribution	1.40
Combinations/Pair	1.19
Mean z-score	-3.42
Structure conservation index	0.53
SVM decision value	4.30
SVM RNA-class probability	0.999864
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 6915058 116 - 27905053
AUUUGUAUUUAUUUGUUAUUCGAAAAGUGAAAUAAUUAGGCCAGAGAUUAAUAUCUUAGUCUGAUACUAACAUUCUGGUUUAAUUAU-UUCACACUUCCAA---AUUGUGUUCAAAUUUC
(((((.((..(((((......(((..((((((((((((((((((((.(((.((((.......)))).)))..)))))))))))))))-)))))..))))))---))...)).)))))... ( -31.60)
>DroSec_CAF1 63861 108 - 1
----------AUUUGUUAUUCAAAAAGUGAAAUAAUUAGGACAGAGAUUAAUAUCUUAUUCUGAUACUAACAUUCUGGU--AAUUAUAUCCACUCUUCCAAACAAUUCUGUUCAAAUUUC
----------..(((((........((((..(((((((...(((((.(((.((((.......)))).)))..))))).)--))))))...))))......)))))............... ( -13.84)
>DroSim_CAF1 63212 109 - 1
----------AUUUGUUAUUCAAAAAGUGAAAUAAUUAGACCAGAGAUUAAUAUCUUAGUCUGAUACUAACAUUCUGGUAUAAUUAU-UCCACACUUCCAAACAAUUCUGUUCAAAUUUC
----------(((((...........(((.((((((((.(((((((.(((.((((.......)))).)))..))))))).)))))))-).))).......((((....)))))))))... ( -22.10)
>DroEre_CAF1 65626 115 - 1
AUUUGUUUUUAUUUGUUAUUCUAAAUAUGGAAUAAUUAGGCCAGAAAUAAGAAUCAUAGUCUAAUACUAAACUUCUGGAAUAAUCAU-UCUAUUCUUAGAA----AUGUGCCCAAAUUUC
..................((((((..(((((((.((((..((((((..........................))))))..)))).))-)))))..))))))----............... ( -20.87)
>DroYak_CAF1 65439 106 - 1
AUAUGUGUUUAUUUGUUAUUCUAAAAUUGGAAUAAUUAGGCCAGAAGUUAUUAUCUUAGUCUGAUAAUAAACUUCUGGUACAAUCAU-UCUAUUUUUAGAA----AUGUG---------C
..................((((((((.((((((.(((..((((((((((((((((.......)))))).))))))))))..))).))-)))).))))))))----.....---------. ( -33.80)
>consensus
AU_UGU_UUUAUUUGUUAUUCAAAAAGUGAAAUAAUUAGGCCAGAGAUUAAUAUCUUAGUCUGAUACUAACAUUCUGGUAUAAUUAU_UCCACUCUUCCAA___AUUGUGUUCAAAUUUC
..........................((((((((((((.(((((((.(((.((((.......)))).)))..))))))).))))))).)))))........................... (-12.98 = -14.38 +   1.40)

alignment

secondary structure

dotplot

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