Locus 2501

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 6,833,897 – 6,834,015
Length 118
Max. P 0.708846
window4101

overview

Window 1

Location 6,833,897 – 6,834,015
Length 118
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 87.83
Mean single sequence MFE -27.82
Consensus MFE -19.32
Energy contribution -19.12
Covariance contribution -0.20
Combinations/Pair 1.21
Mean z-score -2.13
Structure conservation index 0.69
SVM decision value 0.37
SVM RNA-class probability 0.708846
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 6833897 118 - 27905053
AUUCAAAAAGGUGAAAAUUCCCGAUUAUAGUUUGUCUUGAAGCAUCAUUGGGGAUGUGCGUAUGAUAUA--UAUAUUUAUAUAGUUGCGUUAAGUUAAUCUUUUCUCUUUCAUGAAGCUU
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>DroSec_CAF1 92938 115 - 1
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>DroSim_CAF1 99235 115 - 1
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>DroEre_CAF1 78014 118 - 1
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>DroYak_CAF1 91562 114 - 1
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>consensus
AUUCAA_AAGGUGAAAAUUCCCGAUUAUAGUUUGUCUUGAAGCAUCAUUGGGGAUGUGCGUAUGAUAU____AUAUUCAUAUGGUUGCGUAUAGUUAAUCUUUUCUCUUUGAUGAAGCUU
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alignment

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