Locus 2465

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	6,798,539 – 6,798,717
Length	178
Max. P	0.986856

overview

Window 6

Location	6,798,539 – 6,798,642
Length	103
Sequences	4
Columns	109
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	93.70
Mean single sequence MFE	-34.23
Consensus MFE	-30.77
Energy contribution	-31.02
Covariance contribution	0.25
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-1.95
Structure conservation index	0.90
SVM decision value	1.10
SVM RNA-class probability	0.915021
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 6798539 103 + 27905053
AUGUGAG----UGAGUGCGAUUGGGAGCGUGUAUGUGUGUGCCGCAGUUACAGUGUACGACUAUAUA--UAUGUGCGCUUGUGUACGCGCCCACAAUGCAUAAAUCAAA
...(((.----...((((.((((((.(((((((..((.((((.(((..((.(((.....))).))..--..))))))).))..))))))))).))))))))...))).. ( -33.40)
>DroSec_CAF1 57145 105 + 1
GUGUGAG----UGAGUGCGAUUGGGAGCGUUUAUGUGUGUGCCGCAGUUACAGUGUACGACUAUAUAUGUAUGUGCGCUUGUGUACGCGCCCACAAUGCAUAAAUCAAA
...(((.----...(((((..((((.((((...((((.....))))..(((((((((((((.......)).))))))).)))).)))).))))...)))))...))).. ( -31.30)
>DroSim_CAF1 62283 105 + 1
GUGUGAGUGAGUGAGUGCGAUUGGGAGCGUGUAUGUGUGUGCCGCAGUUACAGUGUACGACUAUAUA----UGUGCGCUUGUGUACGCGCCCACAAUGCAUAAAUCAAA
.......(((....((((.((((((.(((((((..((.((((.(((..((.(((.....))).))..----))))))).))..))))))))).))))))))...))).. ( -33.80)
>DroYak_CAF1 55296 101 + 1
GUGUGAG----UGAGUGCGAUUGGGAGCGUGUAUGUGUGUGCCGCAGUUCCAGUGUACGACUAUAU----AUGUGCGCUGGUGUACGCGCCCACAAUGCAUAAAUCAAA
...(((.----...((((.((((((.(((((((((((.....)))....((((((((((.......----.)))))))))).)))))))))).))))))))...))).. ( -38.40)
>consensus
GUGUGAG____UGAGUGCGAUUGGGAGCGUGUAUGUGUGUGCCGCAGUUACAGUGUACGACUAUAUA___AUGUGCGCUUGUGUACGCGCCCACAAUGCAUAAAUCAAA
...........(((((((.((((((.(((((((..(..((((.(((......(((((....))))).....)))))))..)..))))))))).))))))))...))).. (-30.77 = -31.02 +   0.25)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	6,798,539 – 6,798,642
Length	103
Sequences	4
Columns	109
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	93.70
Mean single sequence MFE	-23.20
Consensus MFE	-23.10
Energy contribution	-23.10
Covariance contribution	-0.00
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-1.45
Structure conservation index	1.00
SVM decision value	0.54
SVM RNA-class probability	0.774693
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 6798539 103 - 27905053
UUUGAUUUAUGCAUUGUGGGCGCGUACACAAGCGCACAUA--UAUAUAGUCGUACACUGUAACUGCGGCACACACAUACACGCUCCCAAUCGCACUCA----CUCACAU
..(((....(((((((.((((((((......)))).....--......((((((.........))))))............)))).)))).)))....----.)))... ( -23.20)
>DroSec_CAF1 57145 105 - 1
UUUGAUUUAUGCAUUGUGGGCGCGUACACAAGCGCACAUACAUAUAUAGUCGUACACUGUAACUGCGGCACACACAUAAACGCUCCCAAUCGCACUCA----CUCACAC
..(((....(((((((.((((((((......)))).............((((((.........))))))............)))).)))).)))....----.)))... ( -23.20)
>DroSim_CAF1 62283 105 - 1
UUUGAUUUAUGCAUUGUGGGCGCGUACACAAGCGCACA----UAUAUAGUCGUACACUGUAACUGCGGCACACACAUACACGCUCCCAAUCGCACUCACUCACUCACAC
..(((....(((((((.((((((((......))))...----......((((((.........))))))............)))).)))).))).....)))....... ( -23.20)
>DroYak_CAF1 55296 101 - 1
UUUGAUUUAUGCAUUGUGGGCGCGUACACCAGCGCACAU----AUAUAGUCGUACACUGGAACUGCGGCACACACAUACACGCUCCCAAUCGCACUCA----CUCACAC
..(((....(((((((.((((((((......))))....----.....((((((.........))))))............)))).)))).)))....----.)))... ( -23.20)
>consensus
UUUGAUUUAUGCAUUGUGGGCGCGUACACAAGCGCACAU___UAUAUAGUCGUACACUGUAACUGCGGCACACACAUACACGCUCCCAAUCGCACUCA____CUCACAC
.........(((((((.((((((((......)))).............((((((.........))))))............)))).)))).)))............... (-23.10 = -23.10 +  -0.00)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	6,798,602 – 6,798,717
Length	115
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	93.20
Mean single sequence MFE	-34.48
Consensus MFE	-31.06
Energy contribution	-31.42
Covariance contribution	0.36
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-2.05
Structure conservation index	0.90
SVM decision value	2.06
SVM RNA-class probability	0.986856
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 6798602 115 - 27905053
A-----UCGCCGCCAGCCGCGAGGCCAAUAUUUAAAGUAGCAGCCGAUGCGAACUUUAUUUAUGGCUCAAUAAUGUGUAUUUUGAUUUAUGCAUUGUGGGCGCGUACACAAGCGCACAUA
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>DroSec_CAF1 57210 115 - 1
A-----UCGCCGCCAGCCGCGAGGCCAAUAUUUAAAGUAGCAGCCGAUGCGAACUUUAUUUAUGACUCAAUAAUGUGUAUUUUGAUUUAUGCAUUGUGGGCGCGUACACAAGCGCACAUA
.-----.....(((.(((....)))..(((..((((((.(((.....)))..))))))..)))......((((((((((........)))))))))).)))((((......))))..... ( -33.90)
>DroSim_CAF1 62350 113 - 1
A-----UCGCCGCCAGCCGCGAGGCCAAUAUUUAAAGUAGCAGCCGAUGCGAACUUUAUUUAUGACUCAAUAAUGUGUAUUUUGAUUUAUGCAUUGUGGGCGCGUACACAAGCGCACA--
.-----.....(((.(((....)))..(((..((((((.(((.....)))..))))))..)))......((((((((((........)))))))))).)))((((......))))...-- ( -33.90)
>DroEre_CAF1 42537 115 - 1
A-----UCGCCGCCAGCCGCGAGGCCAAUAUUUAAAGUAGCAGCCGAUGCGAACUUUAUUUAUGACUCAAUAAUGUGUAUUUUGAUUUAUGCAUUGUGGGCGCGUACUAAAGCGCACAUA
.-----.....(((.(((....)))..(((..((((((.(((.....)))..))))))..)))......((((((((((........)))))))))).)))((((......))))..... ( -33.90)
>DroYak_CAF1 55358 114 - 1
A-----UCGCCGGCAGCCGCGAGGCCAAUAUUUAAAGUAGCAGCCGAUGCGAACUUUAUUUAUGACUCAAUAAUGUGUAUUUUGAUUUAUGCAUUGUGGGCGCGUACACCAGCGCACAU-
.-----..(((.((.(((....)))..(((..((((((.(((.....)))..))))))..)))........((((((((........)))))))))).)))((((......))))....- ( -34.90)
>DroAna_CAF1 15089 119 - 1
GUUCCGUCGCCGCCCGCCUCAAGGCC-UUAUUUAAAGUAGCAGCCGAUGUGAACUUUAUUUAUGACUCAAUAAUGUGUAUUUUGAUUUAUGCAUUGUGGGCGCGUACUCCAGCUACCAUA
.....(((((.(((((((....))).-.((..((((((.(((.....)))..))))))..)).......((((((((((........))))))))))))))))).))............. ( -30.70)
>consensus
A_____UCGCCGCCAGCCGCGAGGCCAAUAUUUAAAGUAGCAGCCGAUGCGAACUUUAUUUAUGACUCAAUAAUGUGUAUUUUGAUUUAUGCAUUGUGGGCGCGUACACAAGCGCACAUA
........(((....(((....)))..(((..((((((.(((.....)))..))))))..)))......((((((((((........)))))))))).)))((((......))))..... (-31.06 = -31.42 +   0.36)

alignment

secondary structure

dotplot

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