Locus 2357

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 6,720,678 – 6,720,785
Length 107
Max. P 0.680815
window3803

overview

Window 3

Location 6,720,678 – 6,720,785
Length 107
Sequences 6
Columns 110
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 80.82
Mean single sequence MFE -54.40
Consensus MFE -31.84
Energy contribution -33.90
Covariance contribution 2.06
Combinations/Pair 1.23
Mean z-score -2.01
Structure conservation index 0.59
SVM decision value 0.31
SVM RNA-class probability 0.680815
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 6720678 107 - 27905053
GGUGGAUGGCAGUUGGCUAUAGGCCGGAGCUCCUCCUGCUGCUGCACCGCCUGUU---GGCGGGGCGGCGACCACUCCGGCCGGCGGUGGUGUGAGGGCAAGGAGCGAGU
(((..(((((.....)))))..)))...((((((((((((..(((((((((.(((---(((((((.((...)).)))).)))))))))))))))..))).))))).)))) ( -58.00)
>DroSec_CAF1 5068 107 - 1
GGUGGAUGUCAGUUGGCUAUAGGCAGGAGCUCCUCCUGCUGCUCCACCGCCUGUU---GGCGGAGCGGCGACCACUCCGGCCGGCGGUGGUGUGAGCGCCAGGAGCGAGU
(((.(((....))).)))..........((((((((((.((((((((((((.(((---(((((((.((...)).)))).))))))))))))).))))).)))))).)))) ( -58.00)
>DroSim_CAF1 5049 107 - 1
GGUGGAUGGCAGUUGGCUAUAGGCCGGAGCUCCUCCUGCUGCUCCACCGCCUGUU---GGCGGGGCGGCGACCACUCCGGUCGGCGGUGGUGUGAGCGCAAGGAGCGAGU
(((..(((((.....)))))..)))...(((((((((((.(((((((((((.(((---(((((((.((...)).)))).))))))))))))).)))))).))))).)))) ( -59.00)
>DroEre_CAF1 5169 110 - 1
GGUGGAUGGCAGUUGGCUGUAUCCCGGUGCUCCUCCUGCUGCUGCACCAGCUGUUGGUGGCGGAGCGGCGACCACUCCGGCCGGCGGUGGUGUGAGGGCAAGGAGCGAGU
.(.(((((.(((....)))))))))...((((((((((((..(((((((.((((((((..(((((.((...)).))))))))))))))))))))..))).))))).)))) ( -55.30)
>DroYak_CAF1 5170 110 - 1
CGUGGAUGGCAGUUGGCUGUAUCCCGGUGCUCCGCCUGCUGCUCCACCAGCUGUUGCUGGCGGUGCAGCGACCACUCCCGCCGGCGGUGGUGUGAGGGCAAGGAGCGAGU
((.(((((.(((....)))))))))).(((((((((((((((.((.(((((....))))).)).)))))..((((..(((....)))..))).).))))..))))))... ( -59.00)
>DroAna_CAF1 4572 101 - 1
GGUGGAUGGCAGCUGACUGUAUGCUGGGACUCCUGACCCUGCUCCCC---CUGUA---GCUGGAGAUGGAGCCG---UAUUCGGUGGGGGGGUCAGUGCGAGUAGAGAGU
........(((.(((((.....((.(((.(....).))).)).((((---((...---((((((.(((....))---).))))))))))))))))))))........... ( -37.10)
>consensus
GGUGGAUGGCAGUUGGCUAUAGGCCGGAGCUCCUCCUGCUGCUCCACCGCCUGUU___GGCGGAGCGGCGACCACUCCGGCCGGCGGUGGUGUGAGGGCAAGGAGCGAGU
(((..(((((.....)))))..)))...(((((((((((((((((.((..........)).)))))))).((((((((....)).)))))).........))))).)))) (-31.84 = -33.90 +   2.06)

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