Locus 2335

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 6,658,899 – 6,658,998
Length 99
Max. P 0.989863
window3774

overview

Window 4

Location 6,658,899 – 6,658,998
Length 99
Sequences 6
Columns 104
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 77.63
Mean single sequence MFE -36.90
Consensus MFE -24.60
Energy contribution -24.88
Covariance contribution 0.28
Combinations/Pair 1.16
Mean z-score -3.12
Structure conservation index 0.67
SVM decision value 2.18
SVM RNA-class probability 0.989863
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 6658899 99 - 27905053
UGGGCCAAGUCUGCGGUCUAGUCGCUGGUCUAGUCUGCGGUCUACGGGCUUUAGUCUAUGGU-----CUAUAGUCUCUGGUCCAUAGUACGAGUAUAUCCCCAC
((((((.((.((((((.((((.(....).)))).)))))).))...)))....((((((((.-----(((.......))).)))))).))..........))). ( -34.90)
>DroSec_CAF1 43654 99 - 1
UGGGCCAAGUCUGCGGUCUAGUCGCUGGUCUAGUCUGCGGUCUACGGGAUAUAGUCUAUGGU-----CUAUAGUCUUUGGACCAUGGUACGAGUAUAUCCCCAC
.......((.((((((.((((.(....).)))).)))))).))..(((((((((((((((((-----(((.......)))))))))).))...))))))))... ( -41.10)
>DroSim_CAF1 44204 99 - 1
UGGGCCAAGUCUGCGGUCUAGUCGCUGGUCUAGUCUGCGGUCUACGGGCUAUAGUCUAUGGU-----CUAUAGUCUUUGGUCCAUGGUACGAGUAUAUCCCCAC
(((((((((.((((((.((((.(....).)))).)))))).))..(((((((((.(....).-----))))))))).)))))))(((...((.....)).))). ( -39.10)
>DroEre_CAF1 44707 98 - 1
UGGGCCAAGUCUGCGGUCUAGUCUCUGGUCUAGUCUGCGGUCUACCAGCUAUGGUCUAUGGCUAUGGCUAUGGCCUGUGCUCCAU------AGCAUAUUCCCAC
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>DroYak_CAF1 44770 97 - 1
UGGGCCAAGUCUGCGGUCUAGUCUCUGGUCUAGUCUGCGGUCUACCAGCCCUAGUCUAUAGCUAUGGC-AUGGUCUGUGCUCCAC------AGCAUAUUCCCAC
((((...((.((((((.((((.(....).)))).)))))).))(((((((.((((.....)))).)))-.)))).((((((....------))))))..)))). ( -37.50)
>DroAna_CAF1 45276 78 - 1
UGGGCCAAGUCUGUGGUCUAGUCCCUGGUCUAGUCUGCGGUCUAUGGUCUAUGCUCUAUGGC-----UUAU----------------UCCG-----AUUCCCAU
(((((((((.(((..(.((((.(....).)))).)..))).)).))))))).(((....)))-----....----------------....-----........ ( -25.70)
>consensus
UGGGCCAAGUCUGCGGUCUAGUCGCUGGUCUAGUCUGCGGUCUACGGGCUAUAGUCUAUGGC_____CUAUAGUCUGUGGUCCAU__UACGAGUAUAUCCCCAC
((((...((.((((((.((((.(....).)))).)))))).)).........((.((((((......)))))).)).......................)))). (-24.60 = -24.88 +   0.28)

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