Locus 233

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 926,318 – 926,469
Length 151
Max. P 0.899123
window418 window419

overview

Window 8

Location 926,318 – 926,437
Length 119
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 82.80
Mean single sequence MFE -39.72
Consensus MFE -28.42
Energy contribution -30.03
Covariance contribution 1.62
Combinations/Pair 1.18
Mean z-score -3.12
Structure conservation index 0.72
SVM decision value 1.01
SVM RNA-class probability 0.899123
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 926318 119 + 27905053
CGAAAUGAUCUAUUUUUGUCAGUGUAUUAUUGUGCUAUCAUGG-UGCCGUGCUCAGUGUUCUUGUACCUAAUUGCCAUGGCUUUCUGGGCGCAGCCUGAGCAUCGGAGUCCAUACUUUUG
(((((........)))))..((..((....))..))...((((-..((((((((((.((...((..((((...((....))....))))..))))))))))).)))...))))....... ( -34.20)
>DroSec_CAF1 15366 119 + 1
CGAAAGUCUUUAUUUUUGUCAGUGUAUUAUCGUGCUAUCAUGG-UGCCGUGCUCAGUGCUCUUGUGCCUAAUUGCCAUGGCAUUCUGGGCGCAGCCUGAGCAUCGGGAUCCAUACUUUUG
(((((((..........(..((..(......)..))..)((((-(.((((((((((.(((...(((((((..(((....)))...))))))))))))))))).))).).))))))))))) ( -44.60)
>DroSim_CAF1 21246 119 + 1
CGAAAGUCUCUAUUUUUGUCAGUGUAUUAUCGUGCUAUCAUGG-UGCCGUGCUCAGUGCUCUUGUGCCUAAUUGCCAUGGCAUUCUGGGCGCAGCCUGAGCAUCGGGAUCCAUACUUUUG
(((((((..........(..((..(......)..))..)((((-(.((((((((((.(((...(((((((..(((....)))...))))))))))))))))).))).).))))))))))) ( -44.60)
>DroEre_CAF1 16424 112 + 1
-----GGCUCU--UUUUUCCAGUGUAUUAUCGAGAUAUCAUGC-UGCCGUGCUCAGUGCUCUUGUGCCUAAUUGCCAUGGCAUUUUGGGCGCAGCCUGAGCAUCGGUAUCCAUACUUUUG
-----((....--......((((((..(((....)))..))))-))((((((((((.(((...((((((((.(((....)))..)))))))))))))))))).)))...))......... ( -40.80)
>DroYak_CAF1 35709 119 + 1
CGAUAGGCUCUAUUUUUGCCAGUGUAAUAUUGUGAUAUCAUGG-UGCCUUGCUUAGUGCUCUUGUGGCUAAUUGCCAUGGCAUUUUGGGCGCAGCCUGAGCAUCGGGAUCUAUACUUUUA
.....(((.........)))((((((.(((..((....))..)-))((((((((((.(((...(((.((((.(((....)))..)))).)))))))))))))..)))...)))))).... ( -38.00)
>DroAna_CAF1 13774 101 + 1
----------UCUUUUUGUUAGUGCAGAAAC--GCUAUCAAAAUUGCCGU-------GCUCUUGUGCCUAAUUGCCAUGGCAUUGUGGGCGCACCCUGAGCAUCGGGAUCUAUACUUUUC
----------...(((((.(((((......)--)))).)))))...((((-------((((.((((((((..(((....)))...))))))))....))))).))).............. ( -36.10)
>consensus
CGAAAGGCUCUAUUUUUGUCAGUGUAUUAUCGUGCUAUCAUGG_UGCCGUGCUCAGUGCUCUUGUGCCUAAUUGCCAUGGCAUUCUGGGCGCAGCCUGAGCAUCGGGAUCCAUACUUUUG
.......................................((((.(.((((((((((.((...((((((((..(((....)))...))))))))))))))))).))).).))))....... (-28.42 = -30.03 +   1.62)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 9

Location 926,358 – 926,469
Length 111
Sequences 6
Columns 112
Reading direction forward
Mean pairwise identity 88.50
Mean single sequence MFE -47.30
Consensus MFE -36.92
Energy contribution -38.82
Covariance contribution 1.89
Combinations/Pair 1.19
Mean z-score -2.69
Structure conservation index 0.78
SVM decision value 0.37
SVM RNA-class probability 0.708657
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 926358 111 + 27905053
UGG-UGCCGUGCUCAGUGUUCUUGUACCUAAUUGCCAUGGCUUUCUGGGCGCAGCCUGAGCAUCGGAGUCCAUACUUUUGGGGCUCGGCUUCGGGAGCCAAGAAGAGCCGAA
(((-..((((((((((.((...((..((((...((....))....))))..))))))))))).)))...)))..(((((..(((((..(....)))))).)))))....... ( -42.40)
>DroSec_CAF1 15406 111 + 1
UGG-UGCCGUGCUCAGUGCUCUUGUGCCUAAUUGCCAUGGCAUUCUGGGCGCAGCCUGAGCAUCGGGAUCCAUACUUUUGGGGCUCGGCUACGGGAGCCAAGAAGAGCCGAA
(((-(.((((((((((.(((...(((((((..(((....)))...))))))))))))))))).))).).))).........(((((((((.....)))).....)))))... ( -50.70)
>DroSim_CAF1 21286 111 + 1
UGG-UGCCGUGCUCAGUGCUCUUGUGCCUAAUUGCCAUGGCAUUCUGGGCGCAGCCUGAGCAUCGGGAUCCAUACUUUUGGGGCUCGGCUACGGGAGCCAAGAAGAGCCGAA
(((-(.((((((((((.(((...(((((((..(((....)))...))))))))))))))))).))).).))).........(((((((((.....)))).....)))))... ( -50.70)
>DroEre_CAF1 16457 111 + 1
UGC-UGCCGUGCUCAGUGCUCUUGUGCCUAAUUGCCAUGGCAUUUUGGGCGCAGCCUGAGCAUCGGUAUCCAUACUUUUGGGGCCCGGCUACGGGAGCCGAGAAGCGCCGAA
.((-((((((((((((.(((...((((((((.(((....)))..)))))))))))))))))).))))........((((((..((((....))))..)))))))))...... ( -54.60)
>DroYak_CAF1 35749 111 + 1
UGG-UGCCUUGCUUAGUGCUCUUGUGGCUAAUUGCCAUGGCAUUUUGGGCGCAGCCUGAGCAUCGGGAUCUAUACUUUUAAGGUUCGGCUACUGGAGCCAAGAAGGGCCGAA
.((-(.((((((((((.(((...(((.((((.(((....)))..)))).))))))))))))....((((((.........))))))((((.....))))...)))))))... ( -39.50)
>DroAna_CAF1 13802 105 + 1
AAAUUGCCGU-------GCUCUUGUGCCUAAUUGCCAUGGCAUUGUGGGCGCACCCUGAGCAUCGGGAUCUAUACUUUUCGGGCACGGCAACGGGAGCCCAGAAGAGCCAAA
......((((-------((((.((((((((..(((....)))...))))))))....))))).)))........((((((((((.((....))...)))).))))))..... ( -45.90)
>consensus
UGG_UGCCGUGCUCAGUGCUCUUGUGCCUAAUUGCCAUGGCAUUCUGGGCGCAGCCUGAGCAUCGGGAUCCAUACUUUUGGGGCUCGGCUACGGGAGCCAAGAAGAGCCGAA
(((.(.((((((((((.((...((((((((..(((....)))...))))))))))))))))).))).).))).........(((((((((.....)))).....)))))... (-36.92 = -38.82 +   1.89)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 09:38:21 2006