Locus 2299

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 6,541,234 – 6,541,335
Length 101
Max. P 0.984931
window3716 window3717

overview

Window 6

Location 6,541,234 – 6,541,335
Length 101
Sequences 6
Columns 105
Reading direction forward
Mean pairwise identity 79.41
Mean single sequence MFE -32.73
Consensus MFE -20.63
Energy contribution -22.05
Covariance contribution 1.42
Combinations/Pair 1.25
Mean z-score -3.55
Structure conservation index 0.63
SVM decision value 1.99
SVM RNA-class probability 0.984931
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 6541234 101 + 27905053
GGUAGCAUCUUCA---UGAUCGUCCUCACAUUCUGUUGCAUAGCGAU-UGUCGUUUCGAUCUACUUGAUUGUGUAUCUAAACGGCAAUCGCUAUAUAAUGCGAUA
((..(.(((....---.))))..))........((((((((((((((-((((((((.(((.(((......))).))).))))))))))))))).....))))))) ( -33.90)
>DroSec_CAF1 18130 101 + 1
GGUAGCAUCUUUA---UGAUCGUCCUCACAUUCUGUUGCAUAGCGAU-UGUCGUUUCGAUCUACUUGGUUGUGUAUCUUAACGGCAAUCGCUAUAUGAUGCGAUA
....(((((....---(((......)))...........((((((((-(((((((..(((.(((......))).)))..)))))))))))))))..))))).... ( -34.40)
>DroSim_CAF1 17563 101 + 1
GGCAGCAUCUUUA---UGAUCGUCCUCACAUUCUGUUGCAUAGCGAU-UGUCGUUUCGAUCUACUUGGUUGUGUAUCUUAACGGCAAUCGCUAUAUGAUGCGAUA
.((((((......---(((......))).....))))))((((((((-(((((((..(((.(((......))).)))..)))))))))))))))........... ( -34.50)
>DroEre_CAF1 20356 101 + 1
GGCACCAUCUUCA---UCCUCGUCCUCACAUUGUGUUGCAUAGUGAU-UGUCGUUUCGAUCUACUUGAUUGUGUAUCUGAACGGCAAUCGCUAUAUGAUGCGAUA
.............---.............((((((((..((((((((-((((((((.(((.(((......))).))).))))))))))))))))..)))))))). ( -34.20)
>DroYak_CAF1 18555 102 + 1
GGUAGCGUCGUCA---UGCUCGUCCUCACAUUGUGUUGCAUAGUGAUUUGUCGUUUCGAUAUACUUGAUUGUGUAUCUGAACGGCAAUCGCUAUAUGAUGCGAUA
((.(((((....)---))))...))....((((((((..(((((((((.(((((((.(((((((......))))))).))))))))))))))))..)))))))). ( -39.40)
>DroAna_CAF1 23853 101 + 1
GGAGCUGUGUCCGUAUUGACUAUAACCAUACUGUACAGCAU---CAU-UGUGGGCACCAUUUUUAUUAUCGUCUACCUUAAUGGCAACAUCUACAUGCUGCGGUA
.((((((((.(.((((.(........))))).))))))).)---)..-.((((((...............))))))....((.(((.(((....))).))).)). ( -19.96)
>consensus
GGUAGCAUCUUCA___UGAUCGUCCUCACAUUCUGUUGCAUAGCGAU_UGUCGUUUCGAUCUACUUGAUUGUGUAUCUUAACGGCAAUCGCUAUAUGAUGCGAUA
.................................((((((((((((((.((((((((.(((.(((......))).))).))))))))))))))).....))))))) (-20.63 = -22.05 +   1.42)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 7

Location 6,541,234 – 6,541,335
Length 101
Sequences 6
Columns 105
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 79.41
Mean single sequence MFE -27.40
Consensus MFE -10.64
Energy contribution -11.20
Covariance contribution 0.56
Combinations/Pair 1.24
Mean z-score -2.70
Structure conservation index 0.39
SVM decision value 0.27
SVM RNA-class probability 0.661707
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 6541234 101 - 27905053
UAUCGCAUUAUAUAGCGAUUGCCGUUUAGAUACACAAUCAAGUAGAUCGAAACGACA-AUCGCUAUGCAACAGAAUGUGAGGACGAUCA---UGAAGAUGCUACC
....(((((.(((((((((((.(((((.(((..((......))..))).))))).))-))))))))).........((((......)))---)...))))).... ( -30.40)
>DroSec_CAF1 18130 101 - 1
UAUCGCAUCAUAUAGCGAUUGCCGUUAAGAUACACAACCAAGUAGAUCGAAACGACA-AUCGCUAUGCAACAGAAUGUGAGGACGAUCA---UAAAGAUGCUACC
....(((((.(((((((((((.((((..(((..((......))..)))..)))).))-)))))))))........(((((......)))---))..))))).... ( -33.30)
>DroSim_CAF1 17563 101 - 1
UAUCGCAUCAUAUAGCGAUUGCCGUUAAGAUACACAACCAAGUAGAUCGAAACGACA-AUCGCUAUGCAACAGAAUGUGAGGACGAUCA---UAAAGAUGCUGCC
....(((((.(((((((((((.((((..(((..((......))..)))..)))).))-)))))))))........(((((......)))---))..))))).... ( -33.30)
>DroEre_CAF1 20356 101 - 1
UAUCGCAUCAUAUAGCGAUUGCCGUUCAGAUACACAAUCAAGUAGAUCGAAACGACA-AUCACUAUGCAACACAAUGUGAGGACGAGGA---UGAAGAUGGUGCC
....(((((((((((.(((((.((((..(((..((......))..)))..)))).))-))).))))....(((...)))..........---.....))))))). ( -25.30)
>DroYak_CAF1 18555 102 - 1
UAUCGCAUCAUAUAGCGAUUGCCGUUCAGAUACACAAUCAAGUAUAUCGAAACGACAAAUCACUAUGCAACACAAUGUGAGGACGAGCA---UGACGACGCUACC
..((((((..(((((.((((..((((..((((.((......)).))))..))))...)))).))))).......))))))((...(((.---.......))).)) ( -21.10)
>DroAna_CAF1 23853 101 - 1
UACCGCAGCAUGUAGAUGUUGCCAUUAAGGUAGACGAUAAUAAAAAUGGUGCCCACA-AUG---AUGCUGUACAGUAUGGUUAUAGUCAAUACGGACACAGCUCC
(((((((((((....)))))))......))))...............((.((....(-((.---(((((....))))).)))...(((......)))...)).)) ( -21.00)
>consensus
UAUCGCAUCAUAUAGCGAUUGCCGUUAAGAUACACAAUCAAGUAGAUCGAAACGACA_AUCGCUAUGCAACACAAUGUGAGGACGAUCA___UGAAGAUGCUACC
..((((((..(((((.(((((.((((..(((..((......))..)))..)))).)).))).))))).......))))))......................... (-10.64 = -11.20 +   0.56)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:31:57 2006