Locus 2250

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	6,388,026 – 6,388,128
Length	102
Max. P	0.803005

overview

Window 8

Location	6,388,026 – 6,388,128
Length	102
Sequences	6
Columns	117
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	79.78
Mean single sequence MFE	-33.12
Consensus MFE	-22.82
Energy contribution	-22.98
Covariance contribution	0.17
Combinations/Pair	1.19
Mean z-score	-1.65
Structure conservation index	0.69
SVM decision value	0.62
SVM RNA-class probability	0.803005
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 6388026 102 + 27905053
GA----CUGUCUGCACGACUGUCAAGUUGUCAAAAGUGCCACGGCCUGGCCAUAUUGUGAACAAACAAAUGUUCAAG--AUUGUCGUGGCCUAGGCCUAGAGCAAA---AU------
.(----((...((.((((((....))))))))..)))(((..((((((((((((((.((((((......)))))).)--))....)))))).)))))..).))...---..------ ( -35.30)
>DroVir_CAF1 163231 106 + 1
GAGUCUUAGUCUGCACGACUGUCAAGUUGUCAAAACUGCCAUGGCCCGGCCAUAUUAUGGCCAAACAAAUGCCCCAACAACGAUCGUGGCCUAGGCCUAGACAACA-----------
..((((..(((((.((((((....)))))).......((((((..(.((((((...)))))).......((......))..)..)))))).)))))..))))....----------- ( -32.90)
>DroGri_CAF1 193765 114 + 1
GAGUCUUGGUCUGCACGACUGUCAAGUUGUCAAAAGUGCCAUGGCCCGGCCAUAUUAUGGCUAAACAAAUGCCCCA---ACGAUCGUGGCCUAGGCCUAGACGAUCAAAACAACCAU
..((((.((((((.((((((....)))))))...((.((((((..(.((((((...))))))........(.....---.))..))))))))))))).))))............... ( -33.50)
>DroMoj_CAF1 211317 106 + 1
GGGUCCGUGUCUGCACGACUGUCAAGUUGUCAAAACUGCCAUGGCUUGGCCAUAUUCUGGCCUAACAAAUGCCCAAACAGCGAUCGUGGCCUAGGCCUAGACCGGC-----------
....(((.(((((.((((((....))))))............(((((((((((..((((......))...((.......))))..)))))).))))))))))))).----------- ( -33.50)
>DroAna_CAF1 150969 102 + 1
GA----CUGUCUGCACGACUGUCAAGUUGUCAAAAGUGCCACGGCCCGGCCAUAUUGUGGGCAAACAAAUGUUCGAG--AUUGUCGUGGCCUAGGCCUAGAACGAA---AC------
((----(.(((.....))).)))...((((....((.(((..((((((((...(((.((((((......)))))).)--)).)))).))))..)))))...)))).---..------ ( -30.80)
>DroPer_CAF1 157812 101 + 1
GA----CUGUCUGCACGACUGUCAAGUUGUCAAAACUGCCACGGCCUGGCCAUAUUGUGGCCAAACAAAUGCUCAAG--AUUGUCGUGGCCUAGGCCUAGACCAGA---G-------
..----(((((((.(((((.(((.((((.....))))((....(..(((((((...)))))))..)....))....)--)).)))))(((....))))))).))).---.------- ( -32.70)
>consensus
GA____CUGUCUGCACGACUGUCAAGUUGUCAAAACUGCCACGGCCCGGCCAUAUUGUGGCCAAACAAAUGCCCAAG__ACGAUCGUGGCCUAGGCCUAGACCAAA___A_______
........(((((.((((((....)))))).......(((..((((.((((((...)))))).................((....))))))..))).)))))............... (-22.82 = -22.98 +   0.17)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	6,388,026 – 6,388,128
Length	102
Sequences	6
Columns	117
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	79.78
Mean single sequence MFE	-34.93
Consensus MFE	-24.02
Energy contribution	-24.22
Covariance contribution	0.19
Combinations/Pair	1.15
Mean z-score	-1.49
Structure conservation index	0.69
SVM decision value	0.42
SVM RNA-class probability	0.728108
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 6388026 102 - 27905053
------AU---UUUGCUCUAGGCCUAGGCCACGACAAU--CUUGAACAUUUGUUUGUUCACAAUAUGGCCAGGCCGUGGCACUUUUGACAACUUGACAGUCGUGCAGACAG----UC
------..---..((((...(((((.(((((.(.....--).((((((......)))))).....))))))))))..)))).............(((.(((.....))).)----)) ( -32.40)
>DroVir_CAF1 163231 106 - 1
-----------UGUUGUCUAGGCCUAGGCCACGAUCGUUGUUGGGGCAUUUGUUUGGCCAUAAUAUGGCCGGGCCAUGGCAGUUUUGACAACUUGACAGUCGUGCAGACUAAGACUC
-----------.((((((..(((....)))......(((((..((((......((((((((...))))))))((....)).))))..)))))..)))((((.....))))..))).. ( -37.60)
>DroGri_CAF1 193765 114 - 1
AUGGUUGUUUUGAUCGUCUAGGCCUAGGCCACGAUCGU---UGGGGCAUUUGUUUAGCCAUAAUAUGGCCGGGCCAUGGCACUUUUGACAACUUGACAGUCGUGCAGACCAAGACUC
......((((((...((((.(((((.(((((.....((---((.(((.........))).)))).))))))))))...((((..(((.(.....).)))..)))))))))))))).. ( -36.50)
>DroMoj_CAF1 211317 106 - 1
-----------GCCGGUCUAGGCCUAGGCCACGAUCGCUGUUUGGGCAUUUGUUAGGCCAGAAUAUGGCCAAGCCAUGGCAGUUUUGACAACUUGACAGUCGUGCAGACACGGACCC
-----------...((((..(((....))).....((.((((((.((..(((((((((((.....)))))..((....)).............))))))..)).)))))))))))). ( -39.40)
>DroAna_CAF1 150969 102 - 1
------GU---UUCGUUCUAGGCCUAGGCCACGACAAU--CUCGAACAUUUGUUUGCCCACAAUAUGGCCGGGCCGUGGCACUUUUGACAACUUGACAGUCGUGCAGACAG----UC
------((---((.......(((((.(((((.......--..(((((....))))).........))))))))))...((((..(((.(.....).)))..))))))))..----.. ( -29.47)
>DroPer_CAF1 157812 101 - 1
-------C---UCUGGUCUAGGCCUAGGCCACGACAAU--CUUGAGCAUUUGUUUGGCCACAAUAUGGCCAGGCCGUGGCAGUUUUGACAACUUGACAGUCGUGCAGACAG----UC
-------.---....((((.(((....)))(((((...--.....((....(((((((((.....)))))))))....)).(((..(....)..))).)))))..))))..----.. ( -34.20)
>consensus
_______U___UCUGGUCUAGGCCUAGGCCACGACAAU__CUUGAGCAUUUGUUUGGCCACAAUAUGGCCAGGCCAUGGCACUUUUGACAACUUGACAGUCGUGCAGACAG____UC
...............((((.(((((.(((((...........(((((....))))).........))))))))))...(((....((((.........)))))))))))........ (-24.02 = -24.22 +   0.19)

alignment

secondary structure

dotplot

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