Locus 2178

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 6,235,136 – 6,235,256
Length 120
Max. P 0.671768
window3546

overview

Window 6

Location 6,235,136 – 6,235,256
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 83.22
Mean single sequence MFE -51.45
Consensus MFE -31.99
Energy contribution -32.88
Covariance contribution 0.89
Combinations/Pair 1.29
Mean z-score -2.64
Structure conservation index 0.62
SVM decision value 0.29
SVM RNA-class probability 0.671768
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 6235136 120 + 27905053
AUCGGGCAGCAGGCGAGGUUCUAGCAAUAGAUCCAGCCGGCGAGAUGUGAUCCGUGGUGACGGAAUCGCCUAGGAAGAGCAGGCAACGUGCCUUCUGAAUGCUCUGCAGCUUGGGAAGAU
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>DroGri_CAF1 1971 120 + 1
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>DroSim_CAF1 666 120 + 1
AUCGGGCAGCAGGCGAGGUCCUAGCAAUGGAUCCAGCCGGCGAGAUGUGGUCCGUGGUCACGGAAUCGCCCAGGAAGAGCAGGCAACGUGCCUUCUGGAUGCUCUGCAGCUUGGGAAGAU
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>DroYak_CAF1 669 120 + 1
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>DroMoj_CAF1 2401 120 + 1
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>DroAna_CAF1 903 120 + 1
AACGAGCCGCUGGCGAUGUCCUGGCAAUAGAUCCCGCAGGGGAGAUAUGAUCCGUAGUCACGGAAUCGCCCAGGAAAAGCAGACAGCGCGCCUUCUGGAUGCUCUGCUGCUUGGGCAGAU
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>consensus
AUCGAGCAGCAGGCGAGGUCCUAGCAAUAGAUCCAGCCGGCGAGAUGUGAUCCGUGGUCACGGAAUCGCCCAGGAAGAGCAGGCAACGCGCCUUCUGAAUGCUCUGCAGCUUGGGAAGAU
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alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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