Locus 2176

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 6,233,834 – 6,233,951
Length 117
Max. P 0.995832
window3544

overview

Window 4

Location 6,233,834 – 6,233,951
Length 117
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 84.27
Mean single sequence MFE -33.90
Consensus MFE -33.61
Energy contribution -33.61
Covariance contribution -0.00
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -5.13
Structure conservation index 0.99
SVM decision value 2.62
SVM RNA-class probability 0.995832
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 6233834 117 + 27905053
AACUUCGAUCGCGUCCUGAAUUUAUAUCGAGUUAUCUAAGGAAAUAGUAGCCGUGAUUUUACCCA--AGAAU-UUUUCACAUAUCACAGUUGCUGUUUCUUUUAGAUAGCUCUUUUGUAA
.....................(((((..(((((((((((((((((((((((.(((((........--.....-.........))))).))))))))))).))))))))))))...))))) ( -33.75)
>DroPse_CAF1 7682 105 + 1
------------GUCCUGAAUUUAUAUCGAGUUAUCUAAGGAAAUAGUAGCCGUGAUUUAACAUA--CAAAU-CCUUUACAUAUCACAGUUGCUGUUUCUUUUAGAUAGCUCUUUUGUAA
------------.........(((((..(((((((((((((((((((((((.(((((........--.....-.........))))).))))))))))).))))))))))))...))))) ( -33.75)
>DroSim_CAF1 9156 117 + 1
AACUUCGAUCGCGUCCUGAAUUUAUAUCGAGUUAUCUAAGGAAAUAGUAGCCGUGAUUUUACCCA--UGCAU-UUUUCACAUAUCACAGUUGCUGUUUCUUUUAGAUAGCUCUUUUGUAA
.....................(((((..(((((((((((((((((((((((.(((((........--.....-.........))))).))))))))))).))))))))))))...))))) ( -33.75)
>DroWil_CAF1 5814 116 + 1
AUCUUCG---CCGACAUGAAUUUAUAUCGAGUUAUCUAAGGAAAUAGUAGCCGUGAUUUUAAUUAUUCAAAU-CUUUGACAUAUCACAGUUGCUGUUUCUUUUAGAUAGCUCUUUUGUAA
.......---...........(((((..(((((((((((((((((((((((.(((((.((((..........-..))))...))))).))))))))))).))))))))))))...))))) ( -34.50)
>DroAna_CAF1 9408 101 + 1
-----------------AGAUUUAUAUCGAGUUAUCUAAGGAAAUAGUAGCCGUGAUUUUACCCU--CGAAGUCAUUCCCAUAUCACAGUUGCUGUUUCUUUUAGAUAGCUCUUUUGUAA
-----------------.(((....)))(((((((((((((((((((((((.(((((........--.(((....)))....))))).))))))))))).))))))))))))........ ( -33.92)
>DroPer_CAF1 7618 106 + 1
------------GUCCUGAAUUUAUAUCGAGUUAUCUAAGGAAAUAGUAGCCGUGAUUUAACAUA-ACAAAU-CCUUUACAUAUCACAGUUGCUGUUUCUUUUAGAUAGCUCUUUUGUAA
------------.........(((((..(((((((((((((((((((((((.(((((........-......-.........))))).))))))))))).))))))))))))...))))) ( -33.70)
>consensus
____________GUCCUGAAUUUAUAUCGAGUUAUCUAAGGAAAUAGUAGCCGUGAUUUUACCCA__CAAAU_CUUUCACAUAUCACAGUUGCUGUUUCUUUUAGAUAGCUCUUUUGUAA
.....................(((((..(((((((((((((((((((((((.(((((.........................))))).))))))))))).))))))))))))...))))) (-33.61 = -33.61 +  -0.00)

alignment

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secondary structure

Postscript

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