Locus 2143

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 6,118,142 – 6,118,262
Length 120
Max. P 0.500000
window3495

overview

Window 5

Location 6,118,142 – 6,118,262
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 82.89
Mean single sequence MFE -41.78
Consensus MFE -28.29
Energy contribution -29.60
Covariance contribution 1.31
Combinations/Pair 1.36
Mean z-score -1.56
Structure conservation index 0.68
SVM decision value -0.07
SVM RNA-class probability 0.500000
Prediction OTHER

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 6118142 120 + 27905053
CAGUAUCGAGCAAAUCUGCUCGCACUGGUGGGUCAACGAGAACGAUAAUGUGUCCUGUCUGGAUCUGGCCGAGGAUCUGGCCAAUCAGACCCCAGUGCGAUUGGAUGUCCUGCUUUCCCU
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>DroVir_CAF1 29982 120 + 1
CACCAUCGAGCAAAUUUGCUCGCAUUGGUGGGUGAACGAGAACGACAAUGUCUCCUGCCUUGAUUUGGCUGAGGAUUUGGCUAAUCAAACGCCGGUACGCCUCGAUGUACUCCUGUCACU
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>DroGri_CAF1 35501 120 + 1
CACCAUCGAGCAGAUCUGUUCGCAUUGGUGGGUCAACGAGAAUGAUAAUGUCUCCUGUCUGGAUUUGGCCGAGGAUUUGGCCAAUCAGACACCAGUGCGCCUCGAUGUCCUCCUCUCGCU
...((((((((.((.....))((((((((........((((((....)).))))..((((((..((((((((....))))))))))))))))))))))).)))))))............. ( -43.30)
>DroWil_CAF1 33234 120 + 1
CACCAUUGAGCAGAUCUGUUCACAUUGGUGGGUCAAUGAGAACGAUAAUGUAUCAUGUUUGGAUUUAGCUGAAGAUUUGGCCAACCAGACACCCGUGCGUCUGGAUGUUCUACUCUCACU
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>DroMoj_CAF1 42248 120 + 1
CACCAUCGAGCAGAUAUGCUCGCAUUGGUGGGUGAACGAGAACGACAAUGUGUCAUGUCUGGAUUUGGCCGAGGAUUUGGCGAAUCAGACGCCAGUGCGUCUCGACGUUCUGCUAUCGCU
(((((.((((((....))))))...)))))(((((..(((((((((.....)))..(((..((((((.((((....))))))))))((((((....)))))).)))))))).)..))))) ( -47.60)
>DroAna_CAF1 25965 120 + 1
CACCAUCGAGCAGAUCUGCUCGCACUGGUGGGUGAACGAGAACGACAACGUGUCCUGCCUGGACCUGGCCGAGGACCUAGCCAACCAGACCCCCGUGCGACUGGAUGUGCUAUUGUCCCU
...((...((((.((((..((((((.((.((((........(((....)))((((((((.......)))..)))))............))))))))))))..)))).))))..))..... ( -42.40)
>consensus
CACCAUCGAGCAGAUCUGCUCGCAUUGGUGGGUCAACGAGAACGACAAUGUGUCCUGUCUGGAUUUGGCCGAGGAUUUGGCCAAUCAGACACCAGUGCGACUCGAUGUCCUACUCUCACU
...(((((((((....)))))((((((((..............(((.....)))..((((((..(((((((......))))))))))))))))))))).....))))............. (-28.29 = -29.60 +   1.31)

alignment

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