Locus 2137

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	6,103,762 – 6,103,859
Length	97
Max. P	0.934001

overview

Window 8

Location	6,103,762 – 6,103,859
Length	97
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	84.01
Mean single sequence MFE	-29.88
Consensus MFE	-29.07
Energy contribution	-29.07
Covariance contribution	-0.00
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-1.70
Structure conservation index	0.97
SVM decision value	1.23
SVM RNA-class probability	0.934001
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 6103762 97 + 27905053
GAAAA-------------------AAA--A--GGAUCGACGAGGAUGGGAUUCGAACCCACGCGUGCAGAGCACAUUGGAUUAGCAGUCCAACGCCUUAACCUCUCGGCCACCUCGUCAU
.....-------------------...--.--.....(((((((.((((.......)))).((((((...)))).((((((.....)))))).))................))))))).. ( -29.30)
>DroVir_CAF1 14414 114 + 1
GAAAAUUAAA-UAAACUG-AAAAAAUA--A--ACCUCGACGAGGAUGGGAUUCGAACCCACGCGUGCAGAGCACAUUGGAUUAGCAGUCCAACGCCUUAACCUCUCGGCCACCUCGUCAU
..........-.......-........--.--.....(((((((.((((.......)))).((((((...)))).((((((.....)))))).))................))))))).. ( -29.30)
>DroGri_CAF1 16575 116 + 1
ACAAAAAAAGU----AUAUAAUAAAAACAGUUGUUGCGACGAGGAUGGGAUUCGAACCCACGCGUGCAGAGCACAUUGGAUUAGCAGUCCAACGCCUUAACCUCUCGGCCACCUCGUCUG
.........((----(.(((((.......))))))))(((((((.((((.......)))).((((((...)))).((((((.....)))))).))................))))))).. ( -30.60)
>DroSim_CAF1 16454 110 + 1
GAAAAAUAAA-UAAAC---AAAA--AA--A--GGAGCGACGAGGAUGGGAUUCGAACCCACGCGUGCAGAGCACAUUGGAUUAGCAGUCCAACGCCUUAACCUCUCGGCCACCUCGUCAU
..........-.....---....--..--.--.....(((((((.((((.......)))).((((((...)))).((((((.....)))))).))................))))))).. ( -29.30)
>DroEre_CAF1 16130 112 + 1
GAAAAAUAAA-UAAAC---AAAAAAGA--A--CGGACGACGAGGAUGGGAUUCGAACCCACGCGUGCAGAGCACAUUGGAUUAGCAGUCCAACGCCUUAACCUCUCGGCCACCUCGUCAC
..........-.....---........--.--.....(((((((.((((.......)))).((((((...)))).((((((.....)))))).))................))))))).. ( -29.30)
>DroAna_CAF1 12733 109 + 1
-AAUAAUAAU-AAUGC---AAA--AUA--A--GGCCCGACGAGGAUGGGAUUCGAACCCACGCGUGCAGAGCACAUUGGAUUAGCAGUCCAACGCCUUAACCUCUCGGCCACCUCGUCCU
-.........-.....---...--...--.--((((.((.((((.((((.......)))).((((((...)))).((((((.....)))))).)).....)))))))))).......... ( -31.50)
>consensus
GAAAAAUAAA_UAAAC___AAAA_AAA__A__GGAGCGACGAGGAUGGGAUUCGAACCCACGCGUGCAGAGCACAUUGGAUUAGCAGUCCAACGCCUUAACCUCUCGGCCACCUCGUCAU
.....................................(((((((.((((.......)))).((((((...)))).((((((.....)))))).))................))))))).. (-29.07 = -29.07 +  -0.00)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	6,103,762 – 6,103,859
Length	97
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	84.01
Mean single sequence MFE	-35.45
Consensus MFE	-35.23
Energy contribution	-35.23
Covariance contribution	-0.00
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-1.59
Structure conservation index	0.99
SVM decision value	1.19
SVM RNA-class probability	0.927761
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 6103762 97 - 27905053
AUGACGAGGUGGCCGAGAGGUUAAGGCGUUGGACUGCUAAUCCAAUGUGCUCUGCACGCGUGGGUUCGAAUCCCAUCCUCGUCGAUCC--U--UUU-------------------UUUUC
.(((((((((((((....)))))..((((((((.......))))))((((...))))))(((((.......)))))))))))))....--.--...-------------------..... ( -35.50)
>DroVir_CAF1 14414 114 - 1
AUGACGAGGUGGCCGAGAGGUUAAGGCGUUGGACUGCUAAUCCAAUGUGCUCUGCACGCGUGGGUUCGAAUCCCAUCCUCGUCGAGGU--U--UAUUUUUU-CAGUUUA-UUUAAUUUUC
..((((((((((((....)))))..((((((((.......))))))((((...))))))(((((.......))))))))))))((((.--.--.....)))-)......-.......... ( -35.90)
>DroGri_CAF1 16575 116 - 1
CAGACGAGGUGGCCGAGAGGUUAAGGCGUUGGACUGCUAAUCCAAUGUGCUCUGCACGCGUGGGUUCGAAUCCCAUCCUCGUCGCAACAACUGUUUUUAUUAUAU----ACUUUUUUUGU
..((((((((((((....)))))..((((((((.......))))))((((...))))))(((((.......))))))))))))......................----........... ( -35.40)
>DroSim_CAF1 16454 110 - 1
AUGACGAGGUGGCCGAGAGGUUAAGGCGUUGGACUGCUAAUCCAAUGUGCUCUGCACGCGUGGGUUCGAAUCCCAUCCUCGUCGCUCC--U--UU--UUUU---GUUUA-UUUAUUUUUC
..((((((((((((....)))))..((((((((.......))))))((((...))))))(((((.......)))))))))))).....--.--..--....---.....-.......... ( -35.20)
>DroEre_CAF1 16130 112 - 1
GUGACGAGGUGGCCGAGAGGUUAAGGCGUUGGACUGCUAAUCCAAUGUGCUCUGCACGCGUGGGUUCGAAUCCCAUCCUCGUCGUCCG--U--UCUUUUUU---GUUUA-UUUAUUUUUC
..((((((((((((....)))))..((((((((.......))))))((((...))))))(((((.......)))))))))))).....--.--........---.....-.......... ( -35.20)
>DroAna_CAF1 12733 109 - 1
AGGACGAGGUGGCCGAGAGGUUAAGGCGUUGGACUGCUAAUCCAAUGUGCUCUGCACGCGUGGGUUCGAAUCCCAUCCUCGUCGGGCC--U--UAU--UUU---GCAUU-AUUAUUAUU-
..((((((((((((....)))))..((((((((.......))))))((((...))))))(((((.......))))))))))))..((.--.--...--...---))...-.........- ( -35.50)
>consensus
AUGACGAGGUGGCCGAGAGGUUAAGGCGUUGGACUGCUAAUCCAAUGUGCUCUGCACGCGUGGGUUCGAAUCCCAUCCUCGUCGAGCC__U__UUU_UUUU___GUUUA_UUUAUUUUUC
..((((((((((((....)))))..((((((((.......))))))((((...))))))(((((.......))))))))))))..................................... (-35.23 = -35.23 +  -0.00)

alignment

secondary structure

dotplot

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