Locus 2133

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 6,099,669 – 6,099,770
Length 101
Max. P 0.995864
window3483

overview

Window 3

Location 6,099,669 – 6,099,770
Length 101
Sequences 5
Columns 101
Reading direction forward
Mean pairwise identity 89.55
Mean single sequence MFE -34.98
Consensus MFE -28.82
Energy contribution -30.94
Covariance contribution 2.12
Combinations/Pair 1.09
Mean z-score -2.62
Structure conservation index 0.82
SVM decision value 2.62
SVM RNA-class probability 0.995864
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 6099669 101 + 27905053
CAUAGAGGGGUUGGGUUCCUUCGUCGGGAUUGCUGCGCAGAUUAAUGCUGCAUGCAUAAUCCUGUGGAGCGUAAUUACCGCAGCUAACGCUAACCCAGCAA
.........((((((((.....(.(((...((((.(((((((((.(((.....))))))).))))).))))......))))(((....))))))))))).. ( -37.20)
>DroSec_CAF1 11757 101 + 1
CAUUGAGGGGUUGAGAUCCUACGUCAGGAAAGCUGCGCAGAUUAAUGCUCCAUGCAUAAUCCUGUAGAGCGUAAUUACCGCAGCUAACGCUAACCCAGCAG
...((..((((((...((((.....)))).(((((((..(((((.(((((..((((......))))))))))))))..))))))).....))))))..)). ( -35.10)
>DroSim_CAF1 12273 101 + 1
CAUUGAGGGGUUGGGCUCCUUCGUAGGGAAAGCUGCGCAGAUUAAUGCUCCAUGCAUAAUCCUGUGGAGCGUAAUUACCGCAGCUAACGCUAACCCAGCAG
...((..(((((((..((((.....)))).(((((((..(((((.(((((((((........))))))))))))))..)))))))....)))))))..)). ( -42.30)
>DroEre_CAF1 11892 96 + 1
CAUUGAAGG-----ACUCCCACAUCGGGAAAGCUGCGCAGAUUAAUGCUGCAUGCAUAAUCCUGUGGAGCGUAAUUACCGCAGCUAGCGCUAACCCAGCAG
...((..((-----..((((.....)))).(((((((..(((((.((((.((((........)))).)))))))))..))))))).........))..)). ( -29.00)
>DroYak_CAF1 12088 96 + 1
CAUUGAAGG-----ACUCCUACAUCGGGAAAGCUGCGCAGAUUAAUGCUCCAUGCAUAAUCCUGUGGAGCGUAAUUACCGCAGCUAACGCUAACCCAGCAG
...((..((-----..((((.....)))).(((((((..(((((.(((((((((........))))))))))))))..))))))).........))..)). ( -31.30)
>consensus
CAUUGAGGGGUUG_GCUCCUACGUCGGGAAAGCUGCGCAGAUUAAUGCUCCAUGCAUAAUCCUGUGGAGCGUAAUUACCGCAGCUAACGCUAACCCAGCAG
..(((..((((((...((((.....)))).(((((((..(((((.(((((((((........))))))))))))))..))))))).....))))))..))) (-28.82 = -30.94 +   2.12)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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