Locus 2110

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 6,021,553 – 6,021,698
Length 145
Max. P 0.880736
window3449 window3450 window3451

overview

Window 9

Location 6,021,553 – 6,021,658
Length 105
Sequences 6
Columns 117
Reading direction forward
Mean pairwise identity 75.46
Mean single sequence MFE -52.93
Consensus MFE -29.65
Energy contribution -29.93
Covariance contribution 0.28
Combinations/Pair 1.20
Mean z-score -1.87
Structure conservation index 0.56
SVM decision value 0.91
SVM RNA-class probability 0.880736
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 6021553 105 + 27905053
CGAAUAUGCCGCCACCGCCGGCUCCCGGCC------------AACCGGCCGGAGCUGCUCCGGAGCUGUCGUUGAGCUUUGGCGCCGGCAAAACCCCGGCGACGGCCGCACCUGCUC
......(((.(((..((((((...((((((------------....)))))).(((((.((((((((.......)))))))).).))))......))))))..))).)))....... ( -52.20)
>DroPse_CAF1 31528 105 + 1
CCAAUAUGCCACCUCCGCCGGCACCGGGGC------------AACCGGCUGGAGCCGCUCCGGAGCUGUCGCUGAGCUUCGGGGCCGGCAAGGCGCCGACUACAGCGGCUCCGGCAC
......((((......((((....).((..------------..))))).(((((((((((((((((.......))))))))((.((((.....)))).))..))))))))))))). ( -54.70)
>DroGri_CAF1 39605 117 + 1
CAAAUAUGCCGCCACCGCCGGCACCCGGUCAGGUGCCGCCGCAGCCCACCGGCGCCGCACCGGAGCUAUCACUAAGCUUUGGCGCUGGCAAGGCUCCGGUCUCGGCGGCUCCUGCGC
.......((((((......((((((......))))))((((.((((..(((((((((.....(((((.......))))))))))))))...)))).))))...))))))........ ( -59.00)
>DroSim_CAF1 33444 105 + 1
CGAACAUGCCGCCACCGCCGGCUCCCGGCC------------AACCGGCCGGAGCUGCUCCGGAGCUGUCGUUGAGCUUUGGCGCCGGCAAAACCCCGGCGACGGCUGCACCUGCUC
......(((.(((..((((((...((((((------------....)))))).(((((.((((((((.......)))))))).).))))......))))))..))).)))....... ( -52.20)
>DroWil_CAF1 35870 117 + 1
CAAAUAUGCCGCCACCGCCGGCACCAGGCCAAUUGCCACCGCAACCGUCUGGAGCUGCCCCAGAGUUGGCAUUGAGUUUUGGUGCUGGCAAGGCGCCAACUUCGGCAGCACCGGGUC
.......((((((...(((((((((((((((((.((((.((....))(((((.......)))))..)))))))).).))))))))))))..)))(((......))).......))). ( -47.70)
>DroPer_CAF1 31524 104 + 1
CCAAUAUGCCACCUCCGCCGGCACCGGGGC------------AACCGGCUGGAGCCGCUCCGGAGCUGUCGCUGAGCUUCGGGGCCGGCAAGGCGCCGAC-ACAGCGGCUCAGGCAC
......((((.........(((.(((((((------------....(((....)))))))))).)))(((((((.(..((((.(((.....))).)))))-.)))))))...)))). ( -51.80)
>consensus
CAAAUAUGCCGCCACCGCCGGCACCCGGCC____________AACCGGCCGGAGCCGCUCCGGAGCUGUCGCUGAGCUUUGGCGCCGGCAAGGCGCCGACGACGGCGGCACCGGCUC
.......((.(((.(((((((.......................))))).)).(((((.((((((((.......)))))))).)).)))..............))).))........ (-29.65 = -29.93 +   0.28)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 0

Location 6,021,553 – 6,021,658
Length 105
Sequences 6
Columns 117
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 75.46
Mean single sequence MFE -57.25
Consensus MFE -33.91
Energy contribution -34.42
Covariance contribution 0.50
Combinations/Pair 1.39
Mean z-score -1.51
Structure conservation index 0.59
SVM decision value 0.34
SVM RNA-class probability 0.694087
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 6021553 105 - 27905053
GAGCAGGUGCGGCCGUCGCCGGGGUUUUGCCGGCGCCAAAGCUCAACGACAGCUCCGGAGCAGCUCCGGCCGGUU------------GGCCGGGAGCCGGCGGUGGCGGCAUAUUCG
(((...((((.(((..((((((((((((((....).)))))))).......(((((((((...))))((((....------------)))).))))))))))..))).)))).))). ( -55.70)
>DroPse_CAF1 31528 105 - 1
GUGCCGGAGCCGCUGUAGUCGGCGCCUUGCCGGCCCCGAAGCUCAGCGACAGCUCCGGAGCGGCUCCAGCCGGUU------------GCCCCGGUGCCGGCGGAGGUGGCAUAUUGG
((((((((((((((...((((((.....)))))).(((.((((.......)))).)))))))))))).((((((.------------((....))))))))......)))))..... ( -57.80)
>DroGri_CAF1 39605 117 - 1
GCGCAGGAGCCGCCGAGACCGGAGCCUUGCCAGCGCCAAAGCUUAGUGAUAGCUCCGGUGCGGCGCCGGUGGGCUGCGGCGGCACCUGACCGGGUGCCGGCGGUGGCGGCAUAUUUG
..((....(((((((...(((.(((((((((.(((((..((((.......))))..))))))))).....))))).)))((((((((....)))))))).))))))).))....... ( -64.60)
>DroSim_CAF1 33444 105 - 1
GAGCAGGUGCAGCCGUCGCCGGGGUUUUGCCGGCGCCAAAGCUCAACGACAGCUCCGGAGCAGCUCCGGCCGGUU------------GGCCGGGAGCCGGCGGUGGCGGCAUGUUCG
(((((..(((.(((..((((((((((((((....).)))))))).......(((((((((...))))((((....------------)))).))))))))))..))).)))))))). ( -56.30)
>DroWil_CAF1 35870 117 - 1
GACCCGGUGCUGCCGAAGUUGGCGCCUUGCCAGCACCAAAACUCAAUGCCAACUCUGGGGCAGCUCCAGACGGUUGCGGUGGCAAUUGGCCUGGUGCCGGCGGUGGCGGCAUAUUUG
......(((((((((..(((((((((..(((((((((....((((..(....)..))))((((((......))))))))))....)))))..)))))))))..)))))))))..... ( -56.50)
>DroPer_CAF1 31524 104 - 1
GUGCCUGAGCCGCUGU-GUCGGCGCCUUGCCGGCCCCGAAGCUCAGCGACAGCUCCGGAGCGGCUCCAGCCGGUU------------GCCCCGGUGCCGGCGGAGGUGGCAUAUUGG
(((((.((((((((..-((((((.....)))))).(((.((((.......)))).)))))))))))..((((((.------------((....))))))))......)))))..... ( -52.60)
>consensus
GAGCAGGAGCCGCCGUAGCCGGCGCCUUGCCGGCGCCAAAGCUCAACGACAGCUCCGGAGCAGCUCCAGCCGGUU____________GGCCGGGUGCCGGCGGUGGCGGCAUAUUCG
........((((((((.(((((.(((..((((((.....((((.......)))).(((((...)))))))))))..................))).))))).))))))))....... (-33.91 = -34.42 +   0.50)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 1

Location 6,021,583 – 6,021,698
Length 115
Sequences 6
Columns 117
Reading direction forward
Mean pairwise identity 78.67
Mean single sequence MFE -56.73
Consensus MFE -35.34
Energy contribution -35.32
Covariance contribution -0.02
Combinations/Pair 1.50
Mean z-score -1.82
Structure conservation index 0.62
SVM decision value 0.71
SVM RNA-class probability 0.830788
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 6021583 115 + 27905053
--AACCGGCCGGAGCUGCUCCGGAGCUGUCGUUGAGCUUUGGCGCCGGCAAAACCCCGGCGACGGCCGCACCUGCUCCACCACGUGGUGUCAGUGCGCCGACCAGUCCGGCCAAGUC
--....(((((((.(((..((((((((.......))))))))((((((.......)))))).((((.((((..((.((((...)))).))..))))))))..))))))))))..... ( -58.80)
>DroVir_CAF1 35012 117 + 1
GCAGCCUGCCGGCGCAGCUCCGGAGCUGUCGCUAAGCUUCGGCGCUGGCAAGGCACCGGCUUCGGCGGCUCCAGCGCCCCCGCGAGGCGUAAGCGCGCCCACCAGCCCAGCCAAGUC
((.((((((((((((.....(((((((.......))))))))))))))).))))...((((..(((((((...(((((.......))))).))).))))....))))..))...... ( -57.10)
>DroPse_CAF1 31558 115 + 1
--AACCGGCUGGAGCCGCUCCGGAGCUGUCGCUGAGCUUCGGGGCCGGCAAGGCGCCGACUACAGCGGCUCCGGCACCACCGCGUGGUGUCAGUGCCCCCACCAGUCCGGCCAAAUC
--..((((((((.((((((((((((((.......)))))))))).))))..(((((((.(....)))))...((((((((...))))))))...)))....)))).))))....... ( -62.40)
>DroGri_CAF1 39645 117 + 1
GCAGCCCACCGGCGCCGCACCGGAGCUAUCACUAAGCUUUGGCGCUGGCAAGGCUCCGGUCUCGGCGGCUCCUGCGCCGCCUCGUGGUGUCAGUGCACCAACCAGUCCGGCCAAGUC
...(((....)))(((((.((((((((.......)))))))).)).)))..((((((((.((.((((((......))))))...((((((....))))))...)).))))...)))) ( -53.80)
>DroWil_CAF1 35910 117 + 1
GCAACCGUCUGGAGCUGCCCCAGAGUUGGCAUUGAGUUUUGGUGCUGGCAAGGCGCCAACUUCGGCAGCACCGGGUCCACCAAGGGGCGUCAGUGCCCCCACCAGUCCGGCAAAGUC
....(((.((((.((((((...((((((((((..(...)..))(((.....))))))))))).))))))...((.....))..((((((....))))))..))))..)))....... ( -48.10)
>DroPer_CAF1 31554 114 + 1
--AACCGGCUGGAGCCGCUCCGGAGCUGUCGCUGAGCUUCGGGGCCGGCAAGGCGCCGAC-ACAGCGGCUCAGGCACCACCGCGUGGUGUCAGUGCUCCCACCAGUCCGGCCAAGUC
--..((((((((.((((((((((((((.......)))))))))).))))..(((((((..-....))))...((((((((...))))))))...)))....)))).))))....... ( -60.20)
>consensus
__AACCGGCCGGAGCCGCUCCGGAGCUGUCGCUGAGCUUCGGCGCCGGCAAGGCGCCGACUACGGCGGCUCCGGCACCACCGCGUGGUGUCAGUGCCCCCACCAGUCCGGCCAAGUC
.......((((((((((((((((((((.......))))))))...(((.......))).....))))))...(((((((((....))))...)))))........))))))...... (-35.34 = -35.32 +  -0.02)

alignment

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