Locus 2079

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	5,916,833 – 5,916,935
Length	102
Max. P	0.975162

overview

Window 5

Location	5,916,833 – 5,916,935
Length	102
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	78.16
Mean single sequence MFE	-37.18
Consensus MFE	-33.14
Energy contribution	-32.31
Covariance contribution	-0.83
Combinations/Pair	1.24
Mean z-score	-2.66
Structure conservation index	0.89
SVM decision value	1.73
SVM RNA-class probability	0.974590
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 5916833 102 + 27905053
AGCGAAUUU-UCCA--------------UAUGCAACUGCCAUUGGGAUAC-ACCCUGUGCUCGCUUUGAAUGAAAUGCAAGCAAGUGAACACAGCUGGUGGUAUCCAGUGGCCGUU--UG
.(((.((..-...)--------------).)))(((.(((((((((...(-((((((((.((((((.(..((.....))..))))))).)))))..))))...))))))))).)))--.. ( -36.20)
>DroGri_CAF1 35320 100 + 1
AGCU---UU-UCGC--------------UGUGCAAUUGCCACUGGGAUAUUGCCCUGUGCUCGCUUUGAAUAUUGUGUAAGCAAGUGAACACAGCUGGUGGUAUCCAGUGGCCGUU--UG
(((.---..-..))--------------)....(((.((((((((.((((..(((((((.((((((.(..(((...)))..))))))).)))))..))..)))))))))))).)))--.. ( -38.70)
>DroWil_CAF1 38684 108 + 1
AGCU----U-UCUA------GAUUCUUCUGUGCAACUGCCACUGGGAUAC-ACCCUGUGCUCGCUUUGAAUAUUGUGCAAACAAGUGAACACAGCUGGUGGUAUCCAGUGGCCGUUUUUU
.((.----.-..((------((....)))).))(((.(((((((((...(-((((((((.(((((........(((....)))))))).)))))..))))...))))))))).))).... ( -39.00)
>DroMoj_CAF1 36431 98 + 1
AGCU---UUCUCUC--------------UGUGCAAUUGCCGCUGGGAUAC-ACCCUGUGCUCGCUUUGAGU--UUAUGUUGCAAGUGAACACAGCUGGUGGUAUCCAGAGGCCGUU--GA
....---.......--------------....((((.(((.(((((...(-((((((((.((((((...((--.......)))))))).)))))..))))...))))).))).)))--). ( -34.00)
>DroAna_CAF1 30874 99 + 1
AGCUCAUUU----G--------------UGUGCAUCGGCUGCUGGGAUAC-ACCCUGUGCUCGCUUUGAAUGAAAUGCAAGCAAGUGAACACAGCUGGUGGUAUCCAGUGGCCGUU--UU
.((.((...----.--------------)).))..((((..(((((...(-((((((((.((((((.(..((.....))..))))))).)))))..))))...)))))..))))..--.. ( -41.20)
>DroPer_CAF1 35239 112 + 1
AGCU---CU-UCCGUGUCUCGUGU-CUCUGUGCAACUGCCGUUGGGAUAC-ACCCUGUGCUCGCUUUGAAUAUGGUGCAAGCAAGUGAACACAGCUGGUGGUAUCCAAUGGCCGUU--CU
.((.---(.-.(((.....)).).-....).))(((.(((((((((...(-((((((((.((((((................)))))).)))))..))))...))))))))).)))--.. ( -33.99)
>consensus
AGCU___UU_UCCA______________UGUGCAACUGCCACUGGGAUAC_ACCCUGUGCUCGCUUUGAAUAUUGUGCAAGCAAGUGAACACAGCUGGUGGUAUCCAGUGGCCGUU__UU
.................................(((.((((((((.((((.((((((((.((((((................)))))).)))))..))).)))))))))))).))).... (-33.14 = -32.31 +  -0.83)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	5,916,833 – 5,916,935
Length	102
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	78.16
Mean single sequence MFE	-33.77
Consensus MFE	-29.28
Energy contribution	-29.72
Covariance contribution	0.44
Combinations/Pair	1.04
Mean z-score	-2.84
Structure conservation index	0.87
SVM decision value	1.74
SVM RNA-class probability	0.975162
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 5916833 102 - 27905053
CA--AACGGCCACUGGAUACCACCAGCUGUGUUCACUUGCUUGCAUUUCAUUCAAAGCGAGCACAGGGU-GUAUCCCAAUGGCAGUUGCAUA--------------UGGA-AAAUUCGCU
..--(((.((((..((((((.(((..((((((((.(((...((.....))....))).)))))))))))-))))))...)))).))).....--------------....-......... ( -32.40)
>DroGri_CAF1 35320 100 - 1
CA--AACGGCCACUGGAUACCACCAGCUGUGUUCACUUGCUUACACAAUAUUCAAAGCGAGCACAGGGCAAUAUCCCAGUGGCAAUUGCACA--------------GCGA-AA---AGCU
..--....(((((((((((...((..((((((((.(((................))).))))))))))...))).))))))))........(--------------((..-..---.))) ( -32.69)
>DroWil_CAF1 38684 108 - 1
AAAAAACGGCCACUGGAUACCACCAGCUGUGUUCACUUGUUUGCACAAUAUUCAAAGCGAGCACAGGGU-GUAUCCCAGUGGCAGUUGCACAGAAGAAUC------UAGA-A----AGCU
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>DroMoj_CAF1 36431 98 - 1
UC--AACGGCCUCUGGAUACCACCAGCUGUGUUCACUUGCAACAUAA--ACUCAAAGCGAGCACAGGGU-GUAUCCCAGCGGCAAUUGCACA--------------GAGAGAA---AGCU
.(--((..(((.((((((((.(((..((((((((.(((.........--.....))).)))))))))))-)))).)))).)))..)))....--------------.......---.... ( -33.04)
>DroAna_CAF1 30874 99 - 1
AA--AACGGCCACUGGAUACCACCAGCUGUGUUCACUUGCUUGCAUUUCAUUCAAAGCGAGCACAGGGU-GUAUCCCAGCAGCCGAUGCACA--------------C----AAAUGAGCU
..--..((((..((((((((.(((..((((((((.(((...((.....))....))).)))))))))))-)))).))))..))))..((.((--------------.----...)).)). ( -34.30)
>DroPer_CAF1 35239 112 - 1
AG--AACGGCCAUUGGAUACCACCAGCUGUGUUCACUUGCUUGCACCAUAUUCAAAGCGAGCACAGGGU-GUAUCCCAACGGCAGUUGCACAGAG-ACACGAGACACGGA-AG---AGCU
..--(((.(((.((((((((.(((..((((((((.(((................))).)))))))))))-)))).)))).))).)))........-..........(...-.)---.... ( -32.39)
>consensus
AA__AACGGCCACUGGAUACCACCAGCUGUGUUCACUUGCUUGCACAAUAUUCAAAGCGAGCACAGGGU_GUAUCCCAGCGGCAGUUGCACA______________CAGA_AA___AGCU
........(((.((((((((.(((..((((((((.(((................))).))))))))))).)))).)))).)))..................................... (-29.28 = -29.72 +   0.44)

alignment

secondary structure

dotplot

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