Locus 2077

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 5,907,408 – 5,907,574
Length 166
Max. P 0.931226
window3392 window3393

overview

Window 2

Location 5,907,408 – 5,907,502
Length 94
Sequences 4
Columns 100
Reading direction forward
Mean pairwise identity 89.52
Mean single sequence MFE -29.30
Consensus MFE -21.62
Energy contribution -21.38
Covariance contribution -0.25
Combinations/Pair 1.19
Mean z-score -1.82
Structure conservation index 0.74
SVM decision value 0.32
SVM RNA-class probability 0.687200
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 5907408 94 + 27905053
UGGCGGUAACUGUGUUUGUGGAAGUGCAAGCCAUGGCUGUGUGUGUAUCGGGCGAGUGGUUAUAUAUUUGUAUAUGGGGUAUAU------AUGUACCACC
.((.((((.((((((((((......))))).)))))..(((((((..(((.(((((((......)))))))...)))..)))))------)).)))).)) ( -24.10)
>DroSec_CAF1 21176 94 + 1
UGGCGGUGACUGUGCUUGUGGAAGUGCAAGCCAUGGCUGUGUGUGUAUCGGGCGAGUGGUUAUAUAGUUGUAUACGGGGUAUAU------AUGUGACUCU
.(((.(((.(((..(((....)))..).)).))).)))(((((((..(((.((((.((......)).))))...)))..)))))------))........ ( -24.90)
>DroSim_CAF1 9221 94 + 1
UGGCGGUGACUGUGCUUGUGGAAGUGCAAGCCAUGGCUGUGUGUGUAUCGGGCGAGUGGUUAUAUAUUUGUAUACGGGGUAUAU------AUGUGCCACU
(((((....)((..(((....)))..)).))))((((((((((((..(((.(((((((......)))))))...)))..)))))------))).)))).. ( -32.80)
>DroYak_CAF1 11248 100 + 1
UGGUGGUGACUGUGCCUGUGGAAGUGCAAGCCAUGGCUGUGUGAGUAUCGCGCGAGCAGUUAUAUAUUUGUAUAUGGGGUAUAUACCAGUAUGUGCCACU
.(((((((((((((((.((((.........)))))))((((((.....)))))).))))))(((((((.(((((((...))))))).))))))))))))) ( -35.40)
>consensus
UGGCGGUGACUGUGCUUGUGGAAGUGCAAGCCAUGGCUGUGUGUGUAUCGGGCGAGUGGUUAUAUAUUUGUAUACGGGGUAUAU______AUGUGCCACU
.....((((((.((((((.....(..((.((....))))..)......))))))...))))))............((((((((((....)))))))).)) (-21.62 = -21.38 +  -0.25)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 3

Location 5,907,469 – 5,907,574
Length 105
Sequences 4
Columns 107
Reading direction forward
Mean pairwise identity 90.00
Mean single sequence MFE -31.77
Consensus MFE -24.55
Energy contribution -24.30
Covariance contribution -0.25
Combinations/Pair 1.14
Mean z-score -2.59
Structure conservation index 0.77
SVM decision value 1.21
SVM RNA-class probability 0.931226
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 5907469 105 + 27905053
AUAUAUUUGUAUAUGGGGUAUAUAUGUACCACCAUAUAAGCUUCGGAGUGCGCCAGUGCAGUCGCAUGUGUGUAUUUG--UAUCCGUAUCUGUAGCUGCAUUGGUAU
.........((((((((((((....))))).))))))).((........))(((((((((((..((.(((((.((...--.)).))))).))..))))))))))).. ( -37.20)
>DroSec_CAF1 21237 107 + 1
AUAUAGUUGUAUACGGGGUAUAUAUGUGACUCUAUAUAAGCUUCGGAGUGCGCCAGUGCAGUCGCAUGUGUGUAUUUGUGUAUCUGUAUCUGUAGAUGCAUUGGUAU
.............((((((.((((((......)))))).))))))((((((((..((((....))))..))))))))(((((((((......)))))))))...... ( -30.30)
>DroSim_CAF1 9282 107 + 1
AUAUAUUUGUAUACGGGGUAUAUAUGUGCCACUAUAUAAACUUCGGAGUGCGCCAGUGCAGUCGCAUGUAUGUAUUUGUGUAUCUGUAUCUGUAGAUGCAUUGGUAU
((((((.(((...((((((.((((((......)))))).))))))((.((((....)))).))))).))))))((..(((((((((......)))))))))..)).. ( -31.50)
>DroEre_CAF1 11006 105 + 1
AUGUAUUUGUAUAUGGGGUAUAUAUGUGCCACUAUAUAAGCUUCGGUGUGCGCCAGUGCAAUCGCAUGUGUGUAUUUG--UAGCUGUAUCUGUGUCUGCAUUCAUAU
(((((....((((((((((((....))))).)))))))((((.(((.((((((..((((....))))..)))))))))--.))))...........)))))...... ( -28.10)
>consensus
AUAUAUUUGUAUACGGGGUAUAUAUGUGCCACUAUAUAAGCUUCGGAGUGCGCCAGUGCAGUCGCAUGUGUGUAUUUG__UAUCUGUAUCUGUAGAUGCAUUGGUAU
........((((.((((((.((((((......)))))).))))))..))))(((((((((...(((.(((((.((......)).))))).)))...))))))))).. (-24.55 = -24.30 +  -0.25)

alignment

Postscript

secondary structure

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