Locus 206

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 868,989 – 869,109
Length 120
Max. P 0.958475
window361

overview

Window 1

Location 868,989 – 869,109
Length 120
Sequences 4
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 88.45
Mean single sequence MFE -43.93
Consensus MFE -32.06
Energy contribution -33.38
Covariance contribution 1.31
Combinations/Pair 1.06
Mean z-score -3.82
Structure conservation index 0.73
SVM decision value 1.49
SVM RNA-class probability 0.958475
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 868989 120 - 27905053
AAAGCAAACACAGGUACGAUUACGGUUACGGCUAUGGCUGUGGCUGUGGCUGUGGCUGUGGCUGUGGUGCCCGUGUAAAAGUAUCUGUGGCUCCGUAUCUGUAUCCGAAAGAUACGCAUA
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>DroSec_CAF1 44023 108 - 1
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>DroSim_CAF1 43228 108 - 1
AAAGCAAACACAGAUACGAUUACGGUUACGGCUAUGGCUCUGGU------------UGUGGCUGUGGUGGCCGUGUAAAAGUAUCUGUGGCUCCGUAUCUGUAUCCGAAAGAUACGCAUA
...((...(((((((((...((((((((((((((..((....))------------..))))))))...)))))).....))))))))).....((((((.........))))))))... ( -45.50)
>DroEre_CAF1 43245 106 - 1
AAAGCAAAC--AGAUACGAUUACGGUUACGGCUCUGGCUCUGGC------------UCUGGCUGUGCUGCCCGUUCAAGACUAUCUGUGGCUCCGUAUCUGUAUCCGAGAGAUACGCAUA
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>consensus
AAAGCAAACACAGAUACGAUUACGGUUACGGCUAUGGCUCUGGC____________UGUGGCUGUGGUGCCCGUGUAAAAGUAUCUGUGGCUCCGUAUCUGUAUCCGAAAGAUACGCAUA
...((...(((((((((...((((((((((((((((((....))............)))))))))))...))))).....))))))))).....((((((.........))))))))... (-32.06 = -33.38 +   1.31)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

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