Locus 205

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	868,732 – 868,966
Length	234
Max. P	0.844543

overview

Window 9

Location	868,732 – 868,851
Length	119
Sequences	4
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	96.09
Mean single sequence MFE	-49.33
Consensus MFE	-46.40
Energy contribution	-46.27
Covariance contribution	-0.13
Combinations/Pair	1.05
Mean z-score	-1.82
Structure conservation index	0.94
SVM decision value	0.76
SVM RNA-class probability	0.844543
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 868732 119 - 27905053
-GGAUGUAGCUACCUGUAUGAAUGAGCCGCUCGGCUUGUGGGCCAUCUCGGGGGGAUCUGCCGGGGCCCACAUGUAUUUAUAGUGGGGACUGGCUGCAAUGAAUGGCCGGUCUGGUCUGU
-((((.......((..((((((((((((....))))((((((((...((((.((...)).))))))))))))..))))))))..))(((((((((.........))))))))).)))).. ( -49.30)
>DroSec_CAF1 43750 118 - 1
-GGAUGUAGCUACCUGUAUGAAUGAGCCGCUGGGCUUGUGGGCCAUCUCGGGGG-AUCUGCCGGGGCCCACAUGUAUUUAUAGUGGGGACUGGCUGCAAUGAAUGGCCGGUCUGGUCUGC
-....(((((((((((((((((((((((....))))((((((((...((((.(.-...).))))))))))))..)))))))).))))((((((((.........))))))))))).)))) ( -49.10)
>DroSim_CAF1 42962 119 - 1
-GGAUGUAGCUACCUGUAUGAAUGAGCCGCUCGGCUUGUGGGCCAUCCCGGGGGUAUCUGCCGGGGCCCACAUGUAUUUAUAGUGGGGACUGGCUGCAAUGAAUGGCCGGUCUGGUCUGC
-....(((((((((((((((((((((((....))))((((((((...((((.((...)).))))))))))))..)))))))).))))((((((((.........))))))))))).)))) ( -52.70)
>DroEre_CAF1 42986 119 - 1
UGGAUGUAGCUACCUGUAUGAAUGAGCCGCUCGCUUUGUGGGCCAUCACGGGGGUAUCUGCCGGGGCCCACAUGUAUUUAUAGUGG-GACUGGCUGCAAUGAAUGGCCGGUCUGGUCUGC
.....(((((((((..(((((((((((.....))).((((((((....(((.((...)).))).))))))))..))))))))..))-((((((((.........))))))))))).)))) ( -46.20)
>consensus
_GGAUGUAGCUACCUGUAUGAAUGAGCCGCUCGGCUUGUGGGCCAUCUCGGGGGUAUCUGCCGGGGCCCACAUGUAUUUAUAGUGGGGACUGGCUGCAAUGAAUGGCCGGUCUGGUCUGC
.....(((((((((..((((((((((((....))))((((((((....(((.((...)).))).))))))))..))))))))..)).((((((((.........))))))))))).)))) (-46.40 = -46.27 +  -0.13)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	868,851 – 868,966
Length	115
Sequences	4
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	96.17
Mean single sequence MFE	-37.22
Consensus MFE	-35.99
Energy contribution	-35.80
Covariance contribution	-0.19
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-1.74
Structure conservation index	0.97
SVM decision value	0.72
SVM RNA-class probability	0.833371
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 868851 115 - 27905053
GACCGGCCAGCUAUUAAGGGGCGUUUCAUUUUAUGUUUCAUUUGCGCCGACGUCGCUGAUGACGACAAAAUGAUAAUGACUCCAACAAAAGCACGAUGACGGAGACGCUGGCAGU-----
.....((((((......((((((((((((((..(((((((((.((((....).))).))))).)))))))))).)))).)))).................(....)))))))...----- ( -36.40)
>DroSec_CAF1 43868 115 - 1
GACCGGCCAGCUAUUAAGGGGCGUUUCAUUUUAUGUUUCAUUUGCGCCGACGUCGCUGAUGACGACAAAAUGAUAAUGACUCCAACAAAAGCACGAUGACGGAGACGCUGGCAGU-----
.....((((((......((((((((((((((..(((((((((.((((....).))).))))).)))))))))).)))).)))).................(....)))))))...----- ( -36.40)
>DroSim_CAF1 43081 115 - 1
GACCGGCCAGCUAUUAAGGGGCGUUUCAUUUUAUGUUUCAUUUGCGCCGACGUCGCUGAUGACGACAAAAUGAUAAUGACUCCAACAAAAGCACGAUGACGGAGACGCUGGCAGU-----
.....((((((......((((((((((((((..(((((((((.((((....).))).))))).)))))))))).)))).)))).................(....)))))))...----- ( -36.40)
>DroEre_CAF1 43105 120 - 1
GACCGGCCAGCUAUUAAGGGGCGUUUCAUUUUAUGUUUCAUUUGCGCCGACGUCGCUGAUGACGACAAAAUGAUAAUGACUCCAACAAAAGCCUCAUGACGGAGACGUUGGCAGUGGCUA
....(((((.((.....((((((((((((((..(((((((((.((((....).))).))))).)))))))))).)))).)))).......(((....((((....)))))))))))))). ( -39.70)
>consensus
GACCGGCCAGCUAUUAAGGGGCGUUUCAUUUUAUGUUUCAUUUGCGCCGACGUCGCUGAUGACGACAAAAUGAUAAUGACUCCAACAAAAGCACGAUGACGGAGACGCUGGCAGU_____
.....((((((......((((((((((((((..(((((((((.((((....).))).))))).)))))))))).)))).)))).................(....)))))))........ (-35.99 = -35.80 +  -0.19)

alignment

secondary structure

dotplot

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