Locus 2049

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 5,813,682 – 5,813,792
Length 110
Max. P 0.691154
window3355

overview

Window 5

Location 5,813,682 – 5,813,792
Length 110
Sequences 6
Columns 119
Reading direction forward
Mean pairwise identity 80.26
Mean single sequence MFE -42.35
Consensus MFE -22.45
Energy contribution -24.07
Covariance contribution 1.62
Combinations/Pair 1.21
Mean z-score -2.21
Structure conservation index 0.53
SVM decision value 0.33
SVM RNA-class probability 0.691154
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 5813682 110 + 27905053
CUAAAAUGACCACCACAGUGGUGCGUUUGGCGGCCGAGGUGGCUGCCGGCAAGCAGCUACCCUCGUCGUUGACCAUCAAAACCAACAAGCGCUACGGUGGCC---CGGUGCAG------
......(((((.((((.(((((((..((((((((.(((((((((((......))))))).))))))))(((.....)))..))))...))))))).))))..---.))).)).------ ( -46.30)
>DroVir_CAF1 102236 116 + 1
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................(((((((.(((.((.(..((((((((((((.(.....).)))))).))))))..).))))).............((....))...))))))).....---... ( -38.10)
>DroSim_CAF1 105922 110 + 1
CUAAAAUGACCACCACAGUGGUGCGUUUGGCGGCCGAGGUGGCUGCCGGCAAGCAGCUACCCCCGUCGUUGACCAUCAAAACCAACAAGCGCUACGGUGGUC---AGGUGCAG------
......((((((((...(((((((....(((((..(.(((((((((......)))))))))))))))((((...........))))..))))))))))))))---).......------ ( -50.30)
>DroEre_CAF1 102125 110 + 1
CGAAAAUGACCACCACAGUGGUGCGAUUGGCGGCCGAGGUGGCUGCCGGCAAGCAGCUACCCUCGUCGCUGACCAUCAAAACCAACAAGCGUUACGGUGGAC---AGGUGCAG------
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>DroYak_CAF1 91113 116 + 1
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>DroAna_CAF1 57575 109 + 1
CCAAAAUGACAACAACGGUGGUGCGACUGGCAGCUGAAGUGGCGGCAGGCAAACAGCUUCCUGCCUCACUUACCAUCAAAACCAAUCGGCGGUACGGAGC-C---AGUCAGAG------
......((((......((((((((........))..((((((.((((((.((.....))))))))))))))))))))..........(((........))-)---.))))...------ ( -35.70)
>consensus
CCAAAAUGACCACCACAGUGGUGCGAUUGGCGGCCGAGGUGGCUGCCGGCAAGCAGCUACCCUCGUCGCUGACCAUCAAAACCAACAAGCGCUACGGUGGAC___AGGUGCAG______
.............(((.(((((((..(((((((.((((((((((((......)))))))))....))))))..........))))...))))))).))).................... (-22.45 = -24.07 +   1.62)

alignment

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secondary structure

Postscript

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