Locus 2004

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	5,688,471 – 5,688,670
Length	199
Max. P	0.954699

overview

Window 2

Location	5,688,471 – 5,688,564
Length	93
Sequences	6
Columns	100
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	80.34
Mean single sequence MFE	-31.73
Consensus MFE	-20.87
Energy contribution	-21.23
Covariance contribution	0.36
Combinations/Pair	1.04
Mean z-score	-2.91
Structure conservation index	0.66
SVM decision value	1.45
SVM RNA-class probability	0.954699
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 5688471 93 + 27905053
--GCUGGCUACUUAGUUUCCGAGGCAU----UUGGU-UGCUGUUGCCAUAUUGGCUGCGACAUAUAGUUGCGUUAUGGCCAAAUGAUUGAGUGGGCCAAU
--..((((((((((((........(((----(((((-(......(((.....))).(((((.....))))).....)))))))))))))))).))))).. ( -31.10)
>DroSec_CAF1 29863 95 + 1
UUCCUGGCUACUUAGUUGCCGAGCCAG----UUGGU-UGCUUUUGCCAUAUUGGCUGCGAUGUAUAGUUGCGUUAUGGCCAAAUGAUUGAGUGGGCCAAU
....(((((((((((((((((((((((----(((((-.......)))).)))))))(((((.....)))))....)))).....)))))))).))))).. ( -35.80)
>DroSim_CAF1 31035 93 + 1
---CUGGCUACUUAGUUGCCGAGGCAG----UUGGUGCGCUGUUGCCAUAUUGGCUGCGAUAUAUAGUUGCGUUAUGGCCAAAUGAUUGAGUGGGCCAAU
---.(((((((((((((((((..((((----(..(((.((....))..)))..)))(((((.....)))))))..)))).....)))))))).))))).. ( -32.20)
>DroEre_CAF1 27720 78 + 1
----UGGCUACUUAGUUGCAGAGGCAG----------------UUUUGUAUUGGCUGCGA--UAUAGUUGCAUUAUGGCCAAAUGAUUGAGUGGGCCAAG
----(((((((((((((((((((....----------------)))))).((((((((((--(...))))).....))))))..)))))))).))))).. ( -25.50)
>DroYak_CAF1 31068 93 + 1
----UGGCUACUUAGUUGCAGAGGCAGAGAGUUGGU-AGCUGCUGCUGUAUUGGCUGCGA--UAUAGUUGCGUUAUGGCCAAAUGAUUGAGAGGGCCAAG
----(((((.(((((((((((.(((((..(.....)-..))))).)))).((((((((((--(...))))).....))))))..)))))))..))))).. ( -32.10)
>DroAna_CAF1 31189 87 + 1
UUCUUGGCUACUUAGUUGCAGGGGCCG----UUGGC-UG------GUUUAUUGGCUGCGA--UUUAGUUGCGUUAUGGCCAAAUGAUUGAGUGGCCUAAG
..(((((((((((((((.....(((((----(.(((-..------(....)..)))((((--(...)))))...))))))....)))))))))))).))) ( -33.70)
>consensus
___CUGGCUACUUAGUUGCAGAGGCAG____UUGGU_UGCUGUUGCCAUAUUGGCUGCGA__UAUAGUUGCGUUAUGGCCAAAUGAUUGAGUGGGCCAAG
....(((((((((((((((....)).........................((((((((((.......)))).....))))))..)))))))))).))).. (-20.87 = -21.23 +   0.36)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 3

Location	5,688,564 – 5,688,670
Length	106
Sequences	4
Columns	112
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	81.48
Mean single sequence MFE	-37.92
Consensus MFE	-22.67
Energy contribution	-22.43
Covariance contribution	-0.25
Combinations/Pair	1.30
Mean z-score	-2.60
Structure conservation index	0.60
SVM decision value	1.32
SVM RNA-class probability	0.941978
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 5688564 106 + 27905053
AGUGGCGCUAAUGCGGAAUCGUGCUAGAGCUCGCCACUCGAAUAUGGCG--GCAACGUGCAAAAGUGCCAUAA-UGCUGCGCCAUACAAUCAUUAGCAUACUGUCA---AUG
.(((((((....(((..((.(..((...((.(((((........))))(--....)).))...))..).))..-))).))))))).....((((..(.....)..)---))) ( -31.30)
>DroEre_CAF1 27798 104 + 1
AGUGGCGCUAAUGCGGAAUCGUGCUAGUGCCUGCCACUCGAAUGUGGCG--GCAACGUGCAAAAGUGCCAUAA-UGCUGCUCCAU--AAUCAUUAGCAUACUGGCA---AUG
...(((((((..(((....)))..)))))))((((((......))))))--((.....)).....(((((..(-(((((......--......))))))..)))))---... ( -36.80)
>DroYak_CAF1 31161 109 + 1
AGUGGCGCUAAUGCGGAAUCGUGCUAGUGGCUGCCACUCGAAAGUGGUGGUGCAACGUGCAGAAGUGCCAUAA-UGCUGCACCAU--AAUCAUUAGCAUACUGGCAAUAAUG
.....(((....)))......(((((((((((((((((....))))))((((((.((((((....)))....)-)).))))))..--.......))).))))))))...... ( -37.40)
>DroAna_CAF1 31276 104 + 1
AGUGCCACUAAUGGGG-AGCGUGCCGAGGCAUGCCUCUCGACAAUGGCA--GCAACGUGCGAAAGUUGCACAAUUGCUGCCCCAU--AAUCAUUAUCCAACUGGCA---CUG
(((((((....((((.-.((((((....))))))..)))).....((((--((((.((((((...))))))..))))))))....--..............)))))---)). ( -46.20)
>consensus
AGUGGCGCUAAUGCGGAAUCGUGCUAGUGCCUGCCACUCGAAAAUGGCG__GCAACGUGCAAAAGUGCCAUAA_UGCUGCACCAU__AAUCAUUAGCAUACUGGCA___AUG
.((((((((..((((....(((((.......((((((......))))))..)).)))))))..))))))))......................................... (-22.67 = -22.43 +  -0.25)

alignment

secondary structure

dotplot

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