Locus 1994

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	5,643,464 – 5,643,664
Length	200
Max. P	0.980431

overview

Window 1

Location	5,643,464 – 5,643,584
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	92.50
Mean single sequence MFE	-35.28
Consensus MFE	-31.80
Energy contribution	-31.88
Covariance contribution	0.08
Combinations/Pair	1.15
Mean z-score	-1.69
Structure conservation index	0.90
SVM decision value	1.86
SVM RNA-class probability	0.980431
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 5643464 120 - 27905053
GGUGUACAUAGGCUUCUUGUACAUGUAUUAUUAUGGAUACGGCGGCCAUGGAUUCUUCUUGAUCACCUUCAACGUGGUGGUGCACACCAUGAUGUACACCUACUACUACCAGUCGUCCCU
(((((((((.((((.(((((.((((......)))).))).)).))))...........((((......))))(((((((.....)))))))))))))))).................... ( -35.10)
>DroSec_CAF1 17238 120 - 1
GGUGUACGUAAGCUUCUUGUACCUGUAUUAUUAUGGAUACGGCGGCCAUGGGCUCUUCUUGGUCACCAUCAACGUGGUGGUGCACACCAUGAUGUACACCUACUACUACCAAUCCUCCCU
(((((((((.(((((..((..((((((((......))))))).)..)).))))).....(((((((((((.....)))))))...))))..))))))))).................... ( -38.50)
>DroSim_CAF1 18350 120 - 1
GGUGUACGCAGGCUUCUUGUACCUGUAUUAUUAUGGAUACGGCGGCCAUGGGCUCUUCUUGGUCACCUUCAACGUGGUGGUGCACACCAUGAUGUACACCUACUACUACCAGUCCUCCCU
((((((((((((.........))))).......((((...((.(((((.(((....)))))))).)))))).(((((((.....)))))))..))))))).................... ( -37.20)
>DroEre_CAF1 17674 120 - 1
GGUGUACGUGGGCUUUUUGUACAUGUAUUAUUAUGGAUACGGCGGCCAUGGGUUCUUCUUGGUCACUUUCAACGUGGUUGUGCACACCAUGAUGUACACCUACUACUAUCAGUCAUCCCU
((((((.(((((.....((((((((((((......)))))((.(((((.(((....)))))))).)).....((((((.(....)))))))))))))))))))))).))).......... ( -32.50)
>DroYak_CAF1 18235 120 - 1
GGUGUACAUAGGCUUUUUGUACAUGUACUACUAUGGAUACGGCGGCCAUGGCUUCUUCUUGGUCACUUUCAACGUGGUUGUGCACACCAUGAUGUACACCUACUACUAUCAGUCUUCCCU
(((((((((..((.....))...(((((.((((((.....((.(((((.((.....)).))))).)).....)))))).))))).......))))))))).................... ( -33.10)
>consensus
GGUGUACGUAGGCUUCUUGUACAUGUAUUAUUAUGGAUACGGCGGCCAUGGGUUCUUCUUGGUCACCUUCAACGUGGUGGUGCACACCAUGAUGUACACCUACUACUACCAGUCCUCCCU
(((((((((..((.....))...((((((((((((.....((.(((((.(((....)))))))).)).....)))))))))))).......))))))))).................... (-31.80 = -31.88 +   0.08)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 2

Location	5,643,504 – 5,643,624
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	91.67
Mean single sequence MFE	-35.86
Consensus MFE	-31.82
Energy contribution	-31.78
Covariance contribution	-0.04
Combinations/Pair	1.18
Mean z-score	-1.56
Structure conservation index	0.89
SVM decision value	1.25
SVM RNA-class probability	0.936192
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 5643504 120 - 27905053
GCCAGAUAUCGUUCCUGCACGUUUUCCACCACGUAUACAUGGUGUACAUAGGCUUCUUGUACAUGUAUUAUUAUGGAUACGGCGGCCAUGGAUUCUUCUUGAUCACCUUCAACGUGGUGG
((..((......))..)).......(((((((((...(((((((((((.((....))))))).((((((......))))))...))))))((((......)))).......))))))))) ( -35.20)
>DroSec_CAF1 17278 120 - 1
GCCAGAUAUCCUUCCUGCACGUCUUCCACCACGUAUACAUGGUGUACGUAAGCUUCUUGUACCUGUAUUAUUAUGGAUACGGCGGCCAUGGGCUCUUCUUGGUCACCAUCAACGUGGUGG
((..((......))..)).......(((((((((....((((((..((..(((((..((..((((((((......))))))).)..)).))))).....))..))))))..))))))))) ( -37.30)
>DroSim_CAF1 18390 120 - 1
GCCAGAUAUCCUUCCUGCACGUCUUCCACCACGUAUACAUGGUGUACGCAGGCUUCUUGUACCUGUAUUAUUAUGGAUACGGCGGCCAUGGGCUCUUCUUGGUCACCUUCAACGUGGUGG
((..((......))..)).......(((((((((((.(((((((...(((((.........)))))..))))))).))))((.(((((.(((....)))))))).))......))))))) ( -38.60)
>DroEre_CAF1 17714 120 - 1
GACAGAUAUCCUUUCUGCACGUUUUCCACCACGUAUACAUGGUGUACGUGGGCUUUUUGUACAUGUAUUAUUAUGGAUACGGCGGCCAUGGGUUCUUCUUGGUCACUUUCAACGUGGUUG
..((((.......))))((((((........(((((.(((((((((((((..(.....)..)))))).))))))).)))))..(((((.(((....))))))))......)))))).... ( -35.70)
>DroYak_CAF1 18275 120 - 1
GUCAGAUAUCCUUCCUGCACGUUUUCCACCAUGUGUACAUGGUGUACAUAGGCUUUUUGUACAUGUACUACUAUGGAUACGGCGGCCAUGGCUUCUUCUUGGUCACUUUCAACGUGGUUG
(((((.........))).)).......(((((((...((((((((((((..((.....))..)))))).))))))((...((.(((((.((.....)).))))).)).)).))))))).. ( -32.50)
>consensus
GCCAGAUAUCCUUCCUGCACGUUUUCCACCACGUAUACAUGGUGUACGUAGGCUUCUUGUACAUGUAUUAUUAUGGAUACGGCGGCCAUGGGUUCUUCUUGGUCACCUUCAACGUGGUGG
(.(((.........)))).......(((((((((((.((((((((((((..((.....))..)))))).)))))).))))((.(((((.(((....)))))))).))......))))))) (-31.82 = -31.78 +  -0.04)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 3

Location	5,643,544 – 5,643,664
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	92.75
Mean single sequence MFE	-30.48
Consensus MFE	-26.76
Energy contribution	-26.32
Covariance contribution	-0.44
Combinations/Pair	1.19
Mean z-score	-1.77
Structure conservation index	0.88
SVM decision value	1.82
SVM RNA-class probability	0.978702
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 5643544 120 + 27905053
GUAUCCAUAAUAAUACAUGUACAAGAAGCCUAUGUACACCAUGUAUACGUGGUGGAAAACGUGCAGGAACGAUAUCUGGCGAUACUUCUUUCUGAAUAUAAAGAACACAGUCUCCAGCAG
...(((............(((((((....)).)))))((((((....)))))))))...(((......)))....((((.(((..((((((........))))))....))).))))... ( -26.40)
>DroSec_CAF1 17318 120 + 1
GUAUCCAUAAUAAUACAGGUACAAGAAGCUUACGUACACCAUGUAUACGUGGUGGAAGACGUGCAGGAAGGAUAUCUGGCGAUACUUCUUUCUGAGUAUAAAGAACACCGUCUCCAGCAG
(((((............))))).....(((......(((((((....)))))))(.(((((..(((((((((((((....)))).))))))))).((.......))..))))).)))).. ( -32.40)
>DroSim_CAF1 18430 120 + 1
GUAUCCAUAAUAAUACAGGUACAAGAAGCCUGCGUACACCAUGUAUACGUGGUGGAAGACGUGCAGGAAGGAUAUCUGGCGAUACUUCUUUCUGAGUAUAAAGAACACAGUCUCCAGCAG
(((((............))))).......((((...(((((((....)))))))(.((((((((((((((((((((....)))).)))))))))...........))).)))).).)))) ( -34.10)
>DroEre_CAF1 17754 120 + 1
GUAUCCAUAAUAAUACAUGUACAAAAAGCCCACGUACACCAUGUAUACGUGGUGGAAAACGUGCAGAAAGGAUAUCUGUCGAUACUUCUUUCUCAGUAUAAAGAAUACAGUCUCCAGCAG
((((........)))).(((((........(((((.(((((((....)))))))....))))).((((((((((((....)))).))))))))..))))).................... ( -29.20)
>DroYak_CAF1 18315 120 + 1
GUAUCCAUAGUAGUACAUGUACAAAAAGCCUAUGUACACCAUGUACACAUGGUGGAAAACGUGCAGGAAGGAUAUCUGACGAUACUUCUUUCUCAGUAUAAAGAAUACAGUCUCCAGCAG
...(((......(((((((..(.....)..)))))))((((((....))))))))).....(((((((((((((((....)))).))))))))..((((.....))))........))). ( -30.30)
>consensus
GUAUCCAUAAUAAUACAUGUACAAGAAGCCUACGUACACCAUGUAUACGUGGUGGAAAACGUGCAGGAAGGAUAUCUGGCGAUACUUCUUUCUGAGUAUAAAGAACACAGUCUCCAGCAG
((((........))))...........((.(((((.(((((((....)))))))....)))))(((((((((((((....)))).)))))))))......................)).. (-26.76 = -26.32 +  -0.44)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	5,643,544 – 5,643,664
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	92.75
Mean single sequence MFE	-30.68
Consensus MFE	-25.84
Energy contribution	-25.24
Covariance contribution	-0.60
Combinations/Pair	1.14
Mean z-score	-1.49
Structure conservation index	0.84
SVM decision value	0.65
SVM RNA-class probability	0.810035
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 5643544 120 - 27905053
CUGCUGGAGACUGUGUUCUUUAUAUUCAGAAAGAAGUAUCGCCAGAUAUCGUUCCUGCACGUUUUCCACCACGUAUACAUGGUGUACAUAGGCUUCUUGUACAUGUAUUAUUAUGGAUAC
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>DroSec_CAF1 17318 120 - 1
CUGCUGGAGACGGUGUUCUUUAUACUCAGAAAGAAGUAUCGCCAGAUAUCCUUCCUGCACGUCUUCCACCACGUAUACAUGGUGUACGUAAGCUUCUUGUACCUGUAUUAUUAUGGAUAC
..((((((((((((((.....)))).(((.(((..(((((....))))).))).)))..)))))))....((((((((...)))))))).))).....(((.(((((....))))).))) ( -29.70)
>DroSim_CAF1 18430 120 - 1
CUGCUGGAGACUGUGUUCUUUAUACUCAGAAAGAAGUAUCGCCAGAUAUCCUUCCUGCACGUCUUCCACCACGUAUACAUGGUGUACGCAGGCUUCUUGUACCUGUAUUAUUAUGGAUAC
.((.(((((((.(((((((((........))))).(((((....))))).......))))))).)))).)).((((.(((((((...(((((.........)))))..))))))).)))) ( -29.50)
>DroEre_CAF1 17754 120 - 1
CUGCUGGAGACUGUAUUCUUUAUACUGAGAAAGAAGUAUCGACAGAUAUCCUUUCUGCACGUUUUCCACCACGUAUACAUGGUGUACGUGGGCUUUUUGUACAUGUAUUAUUAUGGAUAC
..((((((((..((((.....))))((((((((..(((((....))))).)))))).))...))))))((((((((((...))))))))))))........((((......))))..... ( -32.40)
>DroYak_CAF1 18315 120 - 1
CUGCUGGAGACUGUAUUCUUUAUACUGAGAAAGAAGUAUCGUCAGAUAUCCUUCCUGCACGUUUUCCACCAUGUGUACAUGGUGUACAUAGGCUUUUUGUACAUGUACUACUAUGGAUAC
.((.((((((((((((((((......))))).((((((((....))))..)))).)))).).)))))).)).((((.((((((((((((..((.....))..)))))).)))))).)))) ( -32.40)
>consensus
CUGCUGGAGACUGUGUUCUUUAUACUCAGAAAGAAGUAUCGCCAGAUAUCCUUCCUGCACGUUUUCCACCACGUAUACAUGGUGUACGUAGGCUUCUUGUACAUGUAUUAUUAUGGAUAC
.((.(((((((((((((((((........))))))(((((....)))))......)))).))).)))).)).((((.((((((((((((..((.....))..)))))).)))))).)))) (-25.84 = -25.24 +  -0.60)

alignment

secondary structure

dotplot

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