Locus 1988

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 5,620,372 – 5,620,463
Length 91
Max. P 0.982003
window3249

overview

Window 9

Location 5,620,372 – 5,620,463
Length 91
Sequences 6
Columns 99
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 76.91
Mean single sequence MFE -34.05
Consensus MFE -23.98
Energy contribution -24.62
Covariance contribution 0.64
Combinations/Pair 1.21
Mean z-score -2.35
Structure conservation index 0.70
SVM decision value 1.90
SVM RNA-class probability 0.982003
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 5620372 91 - 27905053
GAGGGCUUCCCAGGUGGCUGUUGGGCCAAAAUGUUGGCCAGCGGCUCCCUCACACUAAUGCUUGUGUAUCCCUCUGU--GGAAU------AAAACAUUU
(((((......(((..((((((((.((((....))))))))))))..))).((((........))))..)))))(((--.....------...)))... ( -34.80)
>DroPse_CAF1 6709 97 - 1
GGAGGCUUGCCCGGUGGCUGUUGUGCCAGUAUAUUGGCCAGCGGCUCACGCACGCUAAUACUUGUGUAUCCCUCUGU--GAAGUGGUUAAAGAUCAUUC
(((((........((((((((((.(((((....)))))))))))).)))(((((........)))))...)))))..--..(((((((...))))))). ( -32.70)
>DroWil_CAF1 3205 93 - 1
GGCGGUUUACCGGGUGGCUGUUGCGCCAAUAUAUUGGCCAAAGGCUCCCGCACACUGAUGCUGGUAUAGCCCUCUAUUUAAAAU------AAUAAAUGU
(((....(((((((.((((.(((.(((((....)))))))).)))))))(((......))).))))..)))...((((((....------..)))))). ( -30.60)
>DroYak_CAF1 3100 91 - 1
GGGGGUUUCCCUGGGGGCUGUUGGGCCAAAAUGUUGGCCAGCGGCUCCCUCACACUAAUGCUUGUGUAUCCCUCUGC--AGAAU------AAAACAUUU
(((((.......((((((((((((.((((....))))))))))))))))..((((........))))..)))))...--.....------......... ( -38.30)
>DroAna_CAF1 3483 91 - 1
GACGGCUUUCCUGGUGGCUGUUGGGCUAAAAUAUUUGCCAGCGGUUCCCGCACGCUGAUGCUUGUGUAGCCCUCUGC--AAAUA------AGUAGAUUA
(((((((........)))))))(((((...((((..(((((((((....)).)))))..))..)))))))))(((((--.....------.)))))... ( -31.90)
>DroPer_CAF1 7083 97 - 1
GGAGGCUUGCCCGGUGGCUGUUGCGCCAGUAUAUUGGCCAGCGGCUCACGCACGCUAAUGCUUGUGUAUCCCUCUGU--GAAGUGGUUAAAGAUCAUUC
(((((..(((...((((((((((.(((((....)))))))))))).)))(((.((....)).))))))..)))))..--..(((((((...))))))). ( -36.00)
>consensus
GGAGGCUUCCCCGGUGGCUGUUGGGCCAAAAUAUUGGCCAGCGGCUCCCGCACACUAAUGCUUGUGUAUCCCUCUGU__AAAAU______AAAACAUUU
(((((.......((.((((((((.(((((....))))))))))))).))..((((........))))...)))))........................ (-23.98 = -24.62 +   0.64)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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