| Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 5,577,041 – 5,577,161 |
| Length | 120 |
| Max. P | 0.786438 |
| Location | 5,577,041 – 5,577,161 |
|---|---|
| Length | 120 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 77.83 |
| Mean single sequence MFE | -41.43 |
| Consensus MFE | -25.29 |
| Energy contribution | -24.55 |
| Covariance contribution | -0.74 |
| Combinations/Pair | 1.41 |
| Mean z-score | -1.69 |
| Structure conservation index | 0.61 |
| SVM decision value | 0.57 |
| SVM RNA-class probability | 0.786438 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 5577041 120 + 27905053 CGUGCUCAUGAUCUCGUGCAGAUGUCUUCCCUCUAUCUGAAGACCGAGUAUAAAGUCCGCGAGGCUCUUCAGCAGCUUAAGCUGCAGUUUGUACUCCUGAGUCUGCGCUUGCGAGGUCUC .........((((((((((((((((((((.........)))))).((((((((((.((....)))......(((((....)))))..)))))))))....))))))....)))))))).. ( -45.90) >DroPse_CAF1 9283 120 + 1 AGUGGUCAGCAGAUCGUGCAGAUGUUUCCCUUCCAGCUGCAAGCCUAGUAUAAGGUCUCCCAAGCUCUGCAGCAACAACAGUUGCAGCUUGUACUCCUGAGUUUGGGCUAGCGGGGUUUC ...((..((((..((.....))))))..))......((((.(((((((....(((.....((((((..(((((.......)))))))))))....)))....))))))).))))...... ( -36.60) >DroEre_CAF1 8376 120 + 1 CGUGCUCAUGAUUUCAUGCAGAUGUCUUCCCUCUAUCUGCAGGCCGAGUAUAAAGUCCGCCAGGCUCUUCAGGAGCUUAAGCUGCAGUUUGUACUCCUGAGUCUGCGCUCGUGAGGUCUC ....(((((((.....((((((((.........))))))))((.(.........).))(((((((((...(((((..(((((....)))))..)))))))))))).)))))))))..... ( -41.40) >DroYak_CAF1 8411 120 + 1 CGUGCUCAUGAUCUCAUGCAGAUGUCUGCCCUCUAUUUGCAGGCCGAGUAUAAAGUCCGCCAGGCUCUUCAGCAGUUUAAGCUGCAGUUUGUACUCCUGAGUCUGCGCUUGUAGGGUCUC (((.((((((....)))).)))))...(((((.((..((((((((((((((((((.((....)))......(((((....)))))..)))))))))..).)))))))..)).)))))... ( -39.10) >DroMoj_CAF1 11566 120 + 1 AGUGUUCAGCAGGUCGUGCAGAUGCUUGCCCUCAAUCUGCAGGCUGCGUAUGACUGUCGGAAGAUCCUGCAGCAGCUUAAGCUGCAGUUUGUACUCCUGUGUGGACGCUUUUAAGAUUUC (((((((((((((..((((((((((((((.........))))))...(((.((...((....)))).))).(((((....))))).)))))))).))))).))))))))........... ( -45.20) >DroPer_CAF1 11228 120 + 1 AGUGGUCAGCAGCUCGUGCAGAUGUUUCCCUUCCAGCUGCAAGCCUAGUAUAAGGUCUGCCAAGCUCUGCAGCAACAACAGUUGCAGCUUGUACUCCUGAGUUUGGGCUAGCGGGGUUUC ..((((..((((((.(....((....))....).))))))..((((......))))..))))((((((((.(((((....)))))((((((.(((....))).)))))).)))))))).. ( -40.40) >consensus AGUGCUCAGCAGCUCGUGCAGAUGUCUCCCCUCUAUCUGCAGGCCGAGUAUAAAGUCCGCCAGGCUCUGCAGCAGCUUAAGCUGCAGUUUGUACUCCUGAGUCUGCGCUUGCGAGGUCUC ................((((((((.........))))))))(((((((((((((..((....)).......(((((....)))))..)))))))))..((((....))))....)))).. (-25.29 = -24.55 + -0.74)
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