Locus 1953

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 5,507,334 – 5,507,454
Length 120
Max. P 0.702552
window3209

overview

Window 9

Location 5,507,334 – 5,507,454
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 75.56
Mean single sequence MFE -37.18
Consensus MFE -21.31
Energy contribution -22.10
Covariance contribution 0.79
Combinations/Pair 1.55
Mean z-score -1.59
Structure conservation index 0.57
SVM decision value 0.36
SVM RNA-class probability 0.702552
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 5507334 120 - 27905053
CGUGGUUCUGGUCACCGAGCUGGGUAUGCUUAGCUCACAGAUGGCCGAGUACUUCUUCUAUGCGGUGGUAAUGCUAGUUUGCAUCAUCCUCUAUGCCCUUUUGGCCUUCGAUUACACUCU
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>DroVir_CAF1 1680 120 - 1
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>DroPse_CAF1 3256 120 - 1
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>DroGri_CAF1 2418 120 - 1
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>DroAna_CAF1 1760 120 - 1
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>DroPer_CAF1 2777 120 - 1
UGUGGUUGUGGUCACCGAGCUGGGUUUGCUGAGCUCCCAGAUGGACGAGUACUUCUUCUAUGCGGUGGUAAUGCUGGUUUGCAUCGUAAUCUUUGCACUCCUAGCCUACGACUACAUGCA
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>consensus
UGUGGUUCUGGUCACCGAGCUGGGUAUGCUUAGCUCCCAGAUGGACGAGUACUUCUUCUAUGCGGUGGUAAUGCUGGUUUGCAUCAUAAUCUUUGCCCUGCUGGCCUACGACUACACGCU
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alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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