Locus 1890

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 5,415,693 – 5,415,785
Length 92
Max. P 0.578319
window3101

overview

Window 1

Location 5,415,693 – 5,415,785
Length 92
Sequences 6
Columns 94
Reading direction forward
Mean pairwise identity 82.66
Mean single sequence MFE -33.73
Consensus MFE -21.72
Energy contribution -23.42
Covariance contribution 1.70
Combinations/Pair 1.24
Mean z-score -1.92
Structure conservation index 0.64
SVM decision value 0.09
SVM RNA-class probability 0.578319
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 5415693 92 + 27905053
--CCAUGGGUUCGCCUGCGUCAUUCGGCUGAUCGUAGAAUUCAUUUAGUUGUGGAUAUAGAGUGUUUACUGCGGUGGUCGGCUGGAGCAGGCGA
--........((((((((..((..(((((.(((((((.(..(((((.((.......)).)))))..).))))))))))))..))..)))))))) ( -37.60)
>DroVir_CAF1 4510 94 + 1
GUCCAUGGGCUGUACGGUGUUGUUGUGCUGAUCAUAGAAAUCGUUCAGUUGAGGAUACAGCGAGUUCACUUUGUAUGUGGGCUGCAAAAGGCGA
((((.(.(((((.(((((....(((((.....)))))..))))).))))).)))))...((.(((((((.......)))))))))......... ( -28.00)
>DroSec_CAF1 2643 92 + 1
--CCAUGGGUUCGCCUGCGUUGUCCGGCUGAUCGUAGAACUGAUUCAGUUUUGGAUAUAGAGUGUUUACUGCGGUGGUCGGCUGGAGCAGGCGA
--........((((((((....(((((((((((.((((((((...)))))))).......(.(((.....))).)))))))))))))))))))) ( -38.30)
>DroSim_CAF1 2629 92 + 1
--CCAUGGGUUCGCCUGCGUUGUCCGGCUGAUCGUAGAACUGAUUCAGUUUUGGAUAUAGAGUGUUUACUGAGGUGGUCGGCUGGAGCAGGCGA
--........((((((((....((((((((((((((((((((...)))))))).......(((....)))....)))))))))))))))))))) ( -37.70)
>DroEre_CAF1 2643 92 + 1
--CCAUGGGCUCACCAGCGUUGUCCGGUUGAUCGUAGAACUGAUUCAGUUGCGGAUAUAGUGUGUUUACUGCGGUAGUCGGCUGCAGCAGGCGA
--((.(((.....)))..((((((((..(.((((((((((((...)))))..((((((...)))))).))))))))..)))..))))).))... ( -25.50)
>DroYak_CAF1 2683 92 + 1
--CCAUGCGUUCGCCUGCGGUGUCUGGCUGAUCGUAGAACUGAUUCAGCUGCGGAUACAGAGUGUUUACUGCGGUGGUCGGCUGGAGGAGGCGA
--........((((((.(....((..(((((((...(((....))).(((((((..((.....))...))))))))))))))..))).)))))) ( -35.30)
>consensus
__CCAUGGGUUCGCCUGCGUUGUCCGGCUGAUCGUAGAACUGAUUCAGUUGUGGAUAUAGAGUGUUUACUGCGGUGGUCGGCUGGAGCAGGCGA
..........((((((((....(((((((((((((((((((.....))))..((((((...)))))).)))))...)))))))))))))))))) (-21.72 = -23.42 +   1.70)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

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