Locus 1871

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 5,365,969 – 5,366,101
Length 132
Max. P 0.802189
window3075 window3076 window3077

overview

Window 5

Location 5,365,969 – 5,366,067
Length 98
Sequences 6
Columns 108
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 80.82
Mean single sequence MFE -50.24
Consensus MFE -31.73
Energy contribution -33.62
Covariance contribution 1.89
Combinations/Pair 1.17
Mean z-score -1.88
Structure conservation index 0.63
SVM decision value 0.42
SVM RNA-class probability 0.728123
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 5365969 98 - 27905053
AGCGGAGCGGCGGCAGCGGCCGCCACCCAUCAUCUACAUUCCACGGCGGCAGCUGCAGCGGCCGUCGCUGC------CGGCG-CCCAGAUAACCACCG---CGCAGCA
.((((.(((.((((((((((.(((....................)))(((.((....)).)))))))))))------)).))-)...(.....).)))---)...... ( -45.05)
>DroPse_CAF1 865 101 - 1
AGCGGGGCUGCAGCGGCGGCAGCCACUCACCACUUACAUUCCACGGCGGCGGCGGCCGCUGCCG---CUG----GGCAACUGUCGCAGAUGUCGGCUGGACCGCAGCA
.((((((((((.......)))))).....(((((.(((((...((((((((((....)))))))---)))----(((....)))...))))).)).))).)))).... ( -50.50)
>DroSec_CAF1 1166 98 - 1
AGCGGAGCGGCUGCAGCGGCCGCCACCCAUCAUCUACAUUCCACGGCGGCAGCUGCAGCGGCCGUCGCUGC------CAGCG-CCCAGAUAACCACCG---CGCAGCA
(((((.((.((((((((.((((((....................)))))).)))))))).))..)))))((------..(((-(.............)---))).)). ( -46.57)
>DroEre_CAF1 1252 107 - 1
AGCGGUGCCGCGGCAGCUGCUGCCACCCAUCAUCUACAUUCCACGGCGGCAGCCGCAGCGGCCGUUGCUGCCCAGGCCAGCG-CCCAGAUGUCCGCCGGGCCGCAGCA
....(.(((((.((.(((((((((....................))))))))).)).))))))(((((.((((.(((..(((-......)))..))))))).))))). ( -54.05)
>DroYak_CAF1 3790 107 - 1
AGCGGUGCGGCGGCAGCGGCCGCCACCCAUCAUCUACAUUCCACGGCGGCAGCUGCAGCGGCCGUCGCUGCCCAAGCCAGCG-CCCAGAUGUCCGCCGGGCCGCAGCA
.(((((.((((((((((.((((((....................)))))).)))))...((.(((.(((.....)))..)))-.)).......))))).))))).... ( -53.45)
>DroAna_CAF1 1504 107 - 1
AGCGGAGCGGCGGCUGCGGCCGCUACACACCACCUACAUUCCACGGCGGCAGCUGCGGCUGCUGUCGCUGCCCAGGCAACAG-CUCAGAUGUCCGCCGGGCCGCAGCA
.((((.(..(((((....)))))..)..............((.((((((((.(((.(((((.((((........)))).)))-))))).)).)))))))))))).... ( -51.80)
>consensus
AGCGGAGCGGCGGCAGCGGCCGCCACCCAUCAUCUACAUUCCACGGCGGCAGCUGCAGCGGCCGUCGCUGC___GGCCAGCG_CCCAGAUGUCCGCCGGGCCGCAGCA
.((((..((((((..((.((((((....................)))))).)).((((((.....)))))).....................))))))..)))).... (-31.73 = -33.62 +   1.89)

alignment

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secondary structure

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dotplot

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Window 6

Location 5,365,996 – 5,366,101
Length 105
Sequences 6
Columns 108
Reading direction forward
Mean pairwise identity 84.05
Mean single sequence MFE -58.35
Consensus MFE -39.51
Energy contribution -41.40
Covariance contribution 1.89
Combinations/Pair 1.17
Mean z-score -2.55
Structure conservation index 0.68
SVM decision value 0.22
SVM RNA-class probability 0.639574
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 5365996 105 + 27905053
---GCAGCGACGGCCGCUGCAGCUGCCGCCGUGGAAUGUAGAUGAUGGGUGGCGGCCGCUGCCGCCGCUCCGCUCAGCGGCGUGAUAUGGAUGCCCGGCGGCAGCUGG
---((((((.....))))))(((((((((((.((.((.((.((.((((((((((((....)))))))))((((...))))))).)).)).)).))))))))))))).. ( -64.00)
>DroPse_CAF1 899 101 + 1
----CAG---CGGCAGCGGCCGCCGCCGCCGUGGAAUGUAAGUGGUGAGUGGCUGCCGCCGCUGCAGCCCCGCUAAUAGGUGUGAUGUGAAUUCCGGGCGGCAGCUGG
----(((---((((.((((((((((((((............)))))).)))))))).)))))))((((.(((((....((.((.......)).)).)))))..)))). ( -54.50)
>DroSec_CAF1 1193 105 + 1
---GCAGCGACGGCCGCUGCAGCUGCCGCCGUGGAAUGUAGAUGAUGGGUGGCGGCCGCUGCAGCCGCUCCGCUCAGCGGCGUGAUGUGGAUGCCCGGCGGCAGCUGG
---((((((.....))))))(((((((((((.((.((.((.((.(((((((((.((....)).))))))((((...))))))).)).)).)).))))))))))))).. ( -60.00)
>DroEre_CAF1 1285 108 + 1
UGGGCAGCAACGGCCGCUGCGGCUGCCGCCGUGGAAUGUAGAUGAUGGGUGGCAGCAGCUGCCGCGGCACCGCUCAACGGGGUGAUGUGGAUGCCCGGCGGCAGCUGG
...(((((.......))))).(((((((((.................)))))))))((((((((((((((((((((......))).)))).))))..))))))))).. ( -58.03)
>DroYak_CAF1 3823 108 + 1
UGGGCAGCGACGGCCGCUGCAGCUGCCGCCGUGGAAUGUAGAUGAUGGGUGGCGGCCGCUGCCGCCGCACCGCUCAACGGAGUGAUGUGGAUGCCCGGCGGCAGCUGG
...((((((.....))))))(((((((((((.((.((.((.((...((((((((((....)))))))).))((((....)))).)).)).)).))))))))))))).. ( -63.80)
>DroAna_CAF1 1537 108 + 1
UGGGCAGCGACAGCAGCCGCAGCUGCCGCCGUGGAAUGUAGGUGGUGUGUAGCGGCCGCAGCCGCCGCUCCGCUCAGUGGCGUAAUAUGGAUGCCGUGCGGAAGCUGA
..(((.((....((.(((((.(((((((((..........))))))).)).))))).)).)).)))(((((((....((((((.......)))))).)))).)))... ( -49.80)
>consensus
___GCAGCGACGGCCGCUGCAGCUGCCGCCGUGGAAUGUAGAUGAUGGGUGGCGGCCGCUGCCGCCGCUCCGCUCAGCGGCGUGAUGUGGAUGCCCGGCGGCAGCUGG
...(((((.......)))))(((((((((((.((.((((.(.((.(((((((((((.......)))))..)))))).)).)...)))).....))))))))))))).. (-39.51 = -41.40 +   1.89)

alignment

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secondary structure

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dotplot

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Window 7

Location 5,365,996 – 5,366,101
Length 105
Sequences 6
Columns 108
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 84.05
Mean single sequence MFE -50.82
Consensus MFE -37.65
Energy contribution -39.65
Covariance contribution 2.00
Combinations/Pair 1.21
Mean z-score -2.70
Structure conservation index 0.74
SVM decision value 0.62
SVM RNA-class probability 0.802189
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 5365996 105 - 27905053
CCAGCUGCCGCCGGGCAUCCAUAUCACGCCGCUGAGCGGAGCGGCGGCAGCGGCCGCCACCCAUCAUCUACAUUCCACGGCGGCAGCUGCAGCGGCCGUCGCUGC---
..((((((((((((((...........)))(.(((..((.(.((((((....)))))).))).))).).........)))))))))))((((((.....))))))--- ( -56.20)
>DroPse_CAF1 899 101 - 1
CCAGCUGCCGCCCGGAAUUCACAUCACACCUAUUAGCGGGGCUGCAGCGGCGGCAGCCACUCACCACUUACAUUCCACGGCGGCGGCGGCCGCUGCCG---CUG----
...(((((((((................(((......)))((....)))))))))))....................((((((((((....)))))))---)))---- ( -44.00)
>DroSec_CAF1 1193 105 - 1
CCAGCUGCCGCCGGGCAUCCACAUCACGCCGCUGAGCGGAGCGGCUGCAGCGGCCGCCACCCAUCAUCUACAUUCCACGGCGGCAGCUGCAGCGGCCGUCGCUGC---
..((((((((((((((...........)))(.(((..((.(((((((...)))))))...)).))).).........)))))))))))((((((.....))))))--- ( -52.30)
>DroEre_CAF1 1285 108 - 1
CCAGCUGCCGCCGGGCAUCCACAUCACCCCGUUGAGCGGUGCCGCGGCAGCUGCUGCCACCCAUCAUCUACAUUCCACGGCGGCAGCCGCAGCGGCCGUUGCUGCCCA
...((((((((((((((.((.(.(((......)))).))))))(((((....)))))....................)))))))))).((((((.....))))))... ( -49.70)
>DroYak_CAF1 3823 108 - 1
CCAGCUGCCGCCGGGCAUCCACAUCACUCCGUUGAGCGGUGCGGCGGCAGCGGCCGCCACCCAUCAUCUACAUUCCACGGCGGCAGCUGCAGCGGCCGUCGCUGCCCA
..(((((((((((((......((((.(((....))).)))).((((((....))))))................)).)))))))))))((((((.....))))))... ( -56.50)
>DroAna_CAF1 1537 108 - 1
UCAGCUUCCGCACGGCAUCCAUAUUACGCCACUGAGCGGAGCGGCGGCUGCGGCCGCUACACACCACCUACAUUCCACGGCGGCAGCUGCGGCUGCUGUCGCUGCCCA
......(((((.((((...........)))...).)))))((((((((.((((((((......((.((..........)).)).....)))))))).))))))))... ( -46.20)
>consensus
CCAGCUGCCGCCGGGCAUCCACAUCACGCCGCUGAGCGGAGCGGCGGCAGCGGCCGCCACCCAUCAUCUACAUUCCACGGCGGCAGCUGCAGCGGCCGUCGCUGC___
...((((((((((((.............((((...))))...((((((....))))))................)).)))))))))).((((((.....))))))... (-37.65 = -39.65 +   2.00)

alignment

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