Locus 1859

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	5,332,729 – 5,332,878
Length	149
Max. P	0.944261

overview

Window 7

Location	5,332,729 – 5,332,838
Length	109
Sequences	6
Columns	112
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	81.11
Mean single sequence MFE	-42.90
Consensus MFE	-29.72
Energy contribution	-28.87
Covariance contribution	-0.86
Combinations/Pair	1.31
Mean z-score	-1.24
Structure conservation index	0.69
SVM decision value	-0.04
SVM RNA-class probability	0.514592
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 5332729 109 + 27905053
AUCCCAGCUGAGAUCCCUGCUGAGCGUUGCCAAGCAACUGGCCCUGGCUCUGA---CCACCAUUGGGAAGGUUGUGAGCCACGUCCCUGAGUGGCUCGCCGUUGGGUCCCAG
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>DroPse_CAF1 10314 112 + 1
AGCCCAGCUGUCCGCCUUGCUGAACAUUUCCCAGCAGCUGGCCCUGGCCUUGGUUUCCGCCGUUGGGCAGAUUGUGAGCCACGUCCUUCAGUGGCUCACCGUUCGGACCUAG
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>DroEre_CAF1 9510 109 + 1
AUCCAAGCUGAGAUCCUUGCUGAGCGUUGCCUAGCAACUGGCCCUGGCUCUGA---CCACCGUUGGGCAGGUUGUGGGCCACAUCCCUGAGUGGCUCGCCGUUGGGUCCCAG
......(((.((.......)).)))(..(((((((((((.(((((((......---))).....)))).))))(((((((((........))))))))).)))))))..).. ( -42.50)
>DroYak_CAF1 2279 109 + 1
AUCCAAGCUGAGAUCCUUGCUGAGCGUUGCCAAGCAACUGGCCCUGGCUCUGA---CCCCCGUUAGGCAGGUUAUGAGCCACAUCCCUAAGUGGCUCGCCGUUGGGUCCCAG
.......(((.((((((((((..((...))..)))))..(((((((.(.((((---(....))))))))))....(((((((........))))))))))...))))).))) ( -42.10)
>DroAna_CAF1 10407 109 + 1
CUCCGAGCUGGCCGCUCUGUUGCACAUUGCCCAGCAGCUGGUUCUGGUUUUGG---CCACCAUUGGGCAGGUUGUGAGCCACGUCCUUCAGCGGCUCACCGUUGGGUCCCAG
..((.(((.((((((......))....(((((((....((((...(((....)---)))))))))))))))))(((((((.(........).))))))).))).))...... ( -39.70)
>DroPer_CAF1 3457 112 + 1
AGCCCAGCUGUCCGCCUUGCUGAACAUUUCCCAACAGCUGGCCCUGGCCUUGGUUUCCGCCGUUGGGCAGAUUGUGAGCCACGUCCUUCAGUGGCUCACCGUUCGGACCUAG
.........((((((...)).((((((((((((((....(((....)))..(((....))))))))).)))).(((((((((........))))))))).)))))))).... ( -45.00)
>consensus
AUCCCAGCUGACAGCCUUGCUGAACAUUGCCCAGCAACUGGCCCUGGCUCUGA___CCACCGUUGGGCAGGUUGUGAGCCACGUCCCUCAGUGGCUCACCGUUGGGUCCCAG
.....(((..........))).......(((.(((((((.(((((((............)))..)))).))))(((((((((........))))))))).))).)))..... (-29.72 = -28.87 +  -0.86)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	5,332,729 – 5,332,838
Length	109
Sequences	6
Columns	112
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	81.11
Mean single sequence MFE	-46.06
Consensus MFE	-27.33
Energy contribution	-26.97
Covariance contribution	-0.36
Combinations/Pair	1.29
Mean z-score	-2.01
Structure conservation index	0.59
SVM decision value	0.28
SVM RNA-class probability	0.667387
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 5332729 109 - 27905053
CUGGGACCCAACGGCGAGCCACUCAGGGACGUGGCUCACAACCUUCCCAAUGGUGG---UCAGAGCCAGGGCCAGUUGCUUGGCAACGCUCAGCAGGGAUCUCAGCUGGGAU
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>DroPse_CAF1 10314 112 - 1
CUAGGUCCGAACGGUGAGCCACUGAAGGACGUGGCUCACAAUCUGCCCAACGGCGGAAACCAAGGCCAGGGCCAGCUGCUGGGAAAUGUUCAGCAAGGCGGACAGCUGGGCU
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>DroEre_CAF1 9510 109 - 1
CUGGGACCCAACGGCGAGCCACUCAGGGAUGUGGCCCACAACCUGCCCAACGGUGG---UCAGAGCCAGGGCCAGUUGCUAGGCAACGCUCAGCAAGGAUCUCAGCUUGGAU
((((((.((...((((.(((((........))))).).....(((.(((....)))---.))).))).((((..(((((...))))))))).....)).))))))....... ( -39.50)
>DroYak_CAF1 2279 109 - 1
CUGGGACCCAACGGCGAGCCACUUAGGGAUGUGGCUCAUAACCUGCCUAACGGGGG---UCAGAGCCAGGGCCAGUUGCUUGGCAACGCUCAGCAAGGAUCUCAGCUUGGAU
((((((.((...((((((((((........)))))))...((((.((....)))))---)....))).((((..(((((...))))))))).....)).))))))....... ( -45.30)
>DroAna_CAF1 10407 109 - 1
CUGGGACCCAACGGUGAGCCGCUGAAGGACGUGGCUCACAACCUGCCCAAUGGUGG---CCAAAACCAGAACCAGCUGCUGGGCAAUGUGCAACAGAGCGGCCAGCUCGGAG
.((((........(((((((((........)))))))))......))))..(.(((---((....((((.........))))((..((.....))..))))))).)...... ( -41.24)
>DroPer_CAF1 3457 112 - 1
CUAGGUCCGAACGGUGAGCCACUGAAGGACGUGGCUCACAAUCUGCCCAACGGCGGAAACCAAGGCCAGGGCCAGCUGUUGGGAAAUGUUCAGCAAGGCGGACAGCUGGGCU
...(((((((((((((((((((........)))))))))......((((((((((....)...(((....))).)))))))))...))))).....(((.....)))))))) ( -55.20)
>consensus
CUGGGACCCAACGGCGAGCCACUGAAGGACGUGGCUCACAACCUGCCCAACGGUGG___CCAAAGCCAGGGCCAGCUGCUGGGCAACGCUCAGCAAGGAGCUCAGCUGGGAU
...((.(((...((((((((((........))))))).....(((((....)))))........))).)))))(((((...(....)((...))........)))))..... (-27.33 = -26.97 +  -0.36)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	5,332,767 – 5,332,878
Length	111
Sequences	6
Columns	117
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	77.93
Mean single sequence MFE	-48.99
Consensus MFE	-29.49
Energy contribution	-29.72
Covariance contribution	0.22
Combinations/Pair	1.28
Mean z-score	-2.23
Structure conservation index	0.60
SVM decision value	1.34
SVM RNA-class probability	0.944261
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 5332767 111 - 27905053
CAUAAAGCUGCCCGAGGGCUUGGGAGGUGUGGGCAUCGGCCUGGGACCCAACGGCGAGCCACUCAGGGACGUGGCUCACAACCUUCCCAAUGGUGG---UCAGAGCCAG---GGCCA
.........((((..(((((..((.((((....))))..))..)).)))...((((((((((........)))))))((.(((........))).)---)....))).)---))).. ( -48.50)
>DroVir_CAF1 10844 114 - 1
UCUUAAGCUACCCGAAGGAUUAGGUGGUGUGGGCAUUGGCCUAGGCCCCAACGGUGAGCCUCUAAAGGAUGUCGCCCACAAUCUGCCUAAUGGUGGUAAUCAGAACGCU---UCCCA
(((...(((((((....)((((((..((((((((.....((((((((((...)).).))))....))).....)))))))..)..))))))))))))....))).....---..... ( -39.50)
>DroGri_CAF1 12108 117 - 1
UCUCAAGCUGCCCGAGGGUCUCGGCGGCGUUGGCAUUGGUCUGGGCCCCAACGGUGAGCCGCUGAAGGAUGUGGCUCACAAUCUGCCCAAUGGUGGCAAUCAGAACGCUGCCUCUCA
......((((((.(((...)))))))))...((((.((.((((.((((((...(((((((((........)))))))))...........))).)))...)))).)).))))..... ( -48.44)
>DroMoj_CAF1 11030 114 - 1
UCUAAAGCUGCCCGAGGGAUUGGGUGGCGUUGGCAUCGGCCUAGGGCCCAACGGUGAGCCACUGAAAGAUGUGGCCCACAAUCUGCCGAAUGGCGGCAAUCAAAACGCC---ACACA
......((..(((((....)))))..)).((((((..((((...)))).....(((.(((((........))))).)))....)))))).(((((..........))))---).... ( -48.00)
>DroAna_CAF1 10445 111 - 1
CGUUAAGCUGCCGGAGGGCUUGGGCGGAGUCGGCAUCGGCCUGGGACCCAACGGUGAGCCGCUGAAGGACGUGGCUCACAACCUGCCCAAUGGUGG---CCAAAACCAG---AACCA
.(((..((..(((..((((((((((((.((((....)))))))...)))))..(((((((((........))))))))).....))))..)))..)---)...)))...---..... ( -47.90)
>DroPer_CAF1 3495 114 - 1
UGUCAAACUGCCCGAGGGACUGGGCGGUGUGGGCAUUGGCCUAGGUCCGAACGGUGAGCCACUGAAGGACGUGGCUCACAAUCUGCCCAACGGCGGAAACCAAGGCCAG---GGCCA
...((.((((((((......)))))))).))(((.(((((((.(((.......(((((((((........)))))))))..((((((....)))))).))).)))))))---.))). ( -61.60)
>consensus
UCUAAAGCUGCCCGAGGGAUUGGGCGGUGUGGGCAUCGGCCUAGGACCCAACGGUGAGCCACUGAAGGACGUGGCUCACAAUCUGCCCAAUGGUGG_AAUCAAAACCAG___ACCCA
.......(((((.......((((((((....(((....)))............(((((((((........)))))))))...)))))))).)))))..................... (-29.49 = -29.72 +   0.22)

alignment

secondary structure

dotplot

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