Locus 1828

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 5,227,590 – 5,227,710
Length 120
Max. P 0.500000
window3007

overview

Window 7

Location 5,227,590 – 5,227,710
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 80.17
Mean single sequence MFE -39.35
Consensus MFE -22.99
Energy contribution -24.42
Covariance contribution 1.42
Combinations/Pair 1.32
Mean z-score -1.63
Structure conservation index 0.58
SVM decision value -0.06
SVM RNA-class probability 0.500000
Prediction OTHER

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 5227590 120 + 27905053
AGGUGUACAUCGUGGGCGGAACAAUCCCUGAACUGGGCGAAAACGAUGCCAUCUACAACACCUGCACGGUUUGGUCACCCACUGGUGACCUUGUGGCCAAGCAUCGCAAGAUGCAUCUCU
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>DroPse_CAF1 1628 120 + 1
AGGUGUACAUUGUGGGUGGAACCAUUCCAGAGCUCGGCGAGAACGAUGCCAUCUACAAUACGUGUACGGUGUGGUCGCCCAGCGGCGAUCUGAUAGCCAAGCAUCGGAAGAUGCAUCUAU
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>DroEre_CAF1 3555 120 + 1
AGGUGUAUAUUGUUGGCGGAACGAUACCGGAACUGGGCGAAAACGAUGCCAUCUACAACACCUGCACUGUUUGGUCACCCACUGGUGAACUAGUGGCCAAGCACCGCAAGAUGCAUCUCU
((((((((..(((((.(((.......)))......((((.......)))).....)))))(.(((..(((((((....(((((((....))))))))))))))..))).))))))))).. ( -40.50)
>DroWil_CAF1 5555 120 + 1
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>DroAna_CAF1 1416 120 + 1
AGGUCUACAUAGUGGGAGGGACUAUUCCGGAACUGGGCGAAAAUGAUGCAAUUUAUAACACAUGCACCGUGUGGUCCCCGACUGGAGAUCUCAUUGCUAAGCACCGCAAGAUGCAUUUGU
((((((...((((.((..(((((((((((....)))).....(((.((((............)))).)))))))))))).)))).)))))).........(((.(....).)))...... ( -32.80)
>DroPer_CAF1 1601 120 + 1
AGGUGUACAUUGUGGGUGGAACCAUUCCAGAGCUCGGCGAGAACGAUGCCAUCUACAAUACGUGUACGGUGUGGUCGCCCAGCGGCGAUCUGAUAGCCAAGCAUCGGAAGAUGCAUCUAU
(((((((((((((((((((...(.(((....((...))..))).)...)))))))))....))))))(((..(((((((....))))))).....)))..(((((....))))))))).. ( -45.20)
>consensus
AGGUGUACAUUGUGGGCGGAACAAUUCCAGAACUGGGCGAAAACGAUGCCAUCUACAACACCUGCACGGUGUGGUCACCCACUGGCGAUCUGAUGGCCAAGCAUCGCAAGAUGCAUCUAU
..(((((..(((((((.((.......)).......((((.......)))).)))))))....)))))((((.(((((((....)))))))....))))..(((((....)))))...... (-22.99 = -24.42 +   1.42)

alignment

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