| Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 5,087,736 – 5,087,856 |
| Length | 120 |
| Max. P | 0.535466 |
| Location | 5,087,736 – 5,087,856 |
|---|---|
| Length | 120 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 82.94 |
| Mean single sequence MFE | -33.95 |
| Consensus MFE | -23.32 |
| Energy contribution | -23.27 |
| Covariance contribution | -0.05 |
| Combinations/Pair | 1.27 |
| Mean z-score | -1.64 |
| Structure conservation index | 0.69 |
| SVM decision value | 0.00 |
| SVM RNA-class probability | 0.535466 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 5087736 120 + 27905053 GCAGCGACUACCCGGUGAUCUUCAACAUCAUCCUGUGGUUCAUGGUCGUCUUCGGACUGUCUCUGCUGGCUAUCUGCUACGCCAUCGCUGCCAUGGAUCCCGGCAGGGACUCCAUCAUUU (((((((((((..((((((.......))))))..)))))..((((.(((...((((..(((......)))..))))..))))))))))))).(((((((((....)))).)))))..... ( -44.40) >DroVir_CAF1 982 120 + 1 ACGAAGACUAUCCCGUAAUUUUCAAUAUUAUCCUAUGGUUCAUGGUUAUCUUCGGCCUGUCGCUGCUGGCCAUCUGCUAUGCCAUUGGAGCUAUGGAUCCCGGCAGGGACUCCAUCAUUU ..(((((.(((...))).))))).......(((.((((..((((((.......((((.((....)).))))....)))))))))).)))...(((((((((....)))).)))))..... ( -33.70) >DroGri_CAF1 2464 120 + 1 AUGAUAAUUAUCCUGUCAUUUUCAACAUUAUCUUGUGGUUUAUGGUCAUCUUCGCCCUGUCGCUGUUGGCCAUUUGCUACGCCAUUGGUUCCAUGGAUCCCGGCAGGGACUCCAUCAUUU (((((.....(((((((.................(((((..(((((((.(..((......))..).)))))))..))))).((((.(....))))).....))))))).....))))).. ( -33.40) >DroWil_CAF1 981 120 + 1 AUGACGACUAUCCAGUCAUCUUCAACAUCAUUCUUUGGUUCAUGGUCAUCUUUGGUCUGUCCCUUUUGGCCAUAUGCUAUGCCAUUGCUGCCAUGGAUCCCGGCAGAGAUUCCAUCAUCU ((((.((((....))))((((...........(..(((..(((((.(((...(((((..........))))).)))))))))))..)(((((.........)))))))))....)))).. ( -26.10) >DroMoj_CAF1 833 120 + 1 ACGAAGAUUAUCCAGUCAUUUUCAACAUCAUCCUGUGGUUCAUGGUCAUAUUCGGCCUGUCGCUUUUGGCCAUCUGCUACGCCAUCGGCUCCAUGGAUCCCGGCCGGGACUCCAUCAUCU ..((((((.........))))))...........(((((..(((((((.(..(((....)))..).)))))))..)))))(((...)))...(((((((((....)))).)))))..... ( -33.70) >DroAna_CAF1 825 120 + 1 GCAGCGACUACCCCGUGAUCUUCAACAUCAUCCUGUGGUUCAUGGUUGUCUUCGGCCUCUCUUUGCUGGCCAUCUGCUACGCCAUUGCCGCUAUGGAUCCCGGCAGGGACUCUAUCAUCU ((.((((((((...(((((.......)))))...)))))).(((((.((....((((..........))))....))...))))).)).)).(((((((((....)))).)))))..... ( -32.40) >consensus ACGACGACUAUCCAGUCAUCUUCAACAUCAUCCUGUGGUUCAUGGUCAUCUUCGGCCUGUCGCUGCUGGCCAUCUGCUACGCCAUUGCUGCCAUGGAUCCCGGCAGGGACUCCAUCAUCU .................................((((((..(((((((....((((.....)))).)))))))..))))))...........(((((((((....)))).)))))..... (-23.32 = -23.27 + -0.05)
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