Locus 1730

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	4,972,489 – 4,972,693
Length	204
Max. P	0.974850

overview

Window 3

Location	4,972,489 – 4,972,586
Length	97
Sequences	6
Columns	97
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	89.90
Mean single sequence MFE	-26.18
Consensus MFE	-20.79
Energy contribution	-20.77
Covariance contribution	-0.03
Combinations/Pair	1.10
Mean z-score	-2.25
Structure conservation index	0.79
SVM decision value	0.06
SVM RNA-class probability	0.562449
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 4972489 97 - 27905053
CCUACAAACUGACAAAGAGUCAACUUCUCAGCCUAUGGCCAAACGUGCCGCCAUGUGAGGCGCAUAUGAAAACUGUCAAAGUGUAUGGAAGAUACCA
((((((...(((((..(((.......)))....(((((((..(((((....)))))..))).)))).......)))))...)))).))......... ( -24.70)
>DroSec_CAF1 79328 97 - 1
CCUACAAACUGACAAAGAGUCAACUUCUCAGCCUAUGGCCAAACGUGCCGCCAUGUGAGGCGCGUUUGAAAAAUGUCAAAGUGUAUGGAAGAUACCA
((((((...(((((..(((.......))).(((...)))((((((((((.........)))))))))).....)))))...)))).))......... ( -30.70)
>DroSim_CAF1 81140 97 - 1
CCUACAAACUGACAAAGAGUCAACUUCUCAGCCUAUGGCCAAACGUGCCGCCAUGUGAGGCGCGUUUGAAAACUGUCAAAGUGUAUGGAAGAUACCA
((((((...(((((..(((.......))).(((...)))((((((((((.........)))))))))).....)))))...)))).))......... ( -30.50)
>DroEre_CAF1 80015 97 - 1
CCUACAAACUGACAAAGAGUCAUCUUUUCAGCCUAUAGCCAAACGUGCCGCCAUGUGAGGAGCGUUUGAAAACUGUCAAAGUAUAUGGAAGAUACCA
........((((.(((((....))))))))).(((((..(((((((.((.........)).)))))))...(((.....))).)))))......... ( -20.30)
>DroYak_CAF1 81032 97 - 1
CCUACAAACUGACAAAGAGUCAACUUUUCAGCCUAUAGCCAAACGUGCCGCCAUGUGAGGCGCGUUUGAAAACUGUCAAAGUAUAUGGAAGAUACCA
........((((.((((......)))))))).(((((..((((((((((.........))))))))))...(((.....))).)))))......... ( -24.00)
>DroAna_CAF1 75373 86 - 1
C-------CUGACAAAAAGUCAACUU--CAGCCUAUGGCCAAACGUGCUGCCAU--GAAGCGCGUUUGAAAAGUGUCAAAGUAUCUAGCAGAUACAC
.-------.(((((............--..(((...)))((((((((((.....--..)))))))))).....)))))..(((((.....))))).. ( -26.90)
>consensus
CCUACAAACUGACAAAGAGUCAACUUCUCAGCCUAUGGCCAAACGUGCCGCCAUGUGAGGCGCGUUUGAAAACUGUCAAAGUAUAUGGAAGAUACCA
.........(((((................((.....))((((((((((.........)))))))))).....)))))..((((.......)))).. (-20.79 = -20.77 +  -0.03)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	4,972,515 – 4,972,618
Length	103
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	77.67
Mean single sequence MFE	-28.72
Consensus MFE	-17.32
Energy contribution	-17.32
Covariance contribution	0.00
Combinations/Pair	1.14
Mean z-score	-1.46
Structure conservation index	0.60
SVM decision value	0.10
SVM RNA-class probability	0.582843
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 4972515 103 - 27905053
AAAGUAUCUGACAGAUACAUAUG--------CUCGUGCUGCCUACAAACUGACAAAGAGUCAACUUCUCAGCCUAUGGCCAAACGUGCCGCCAU------GUGAGGCGCAUAUGAAA---
...(((((.....)))))(((((--------(..(.((((.........((((.....))))......)))))....(((..(((((....)))------))..)))))))))....--- ( -27.06)
>DroPse_CAF1 118361 107 - 1
---GUAUCUGACAGAUACAUUUG--------CUAGCGAUGCCUACAAACUGACAAAAAGUCAACUC--CAGCCUAGGCCCGGACGUGCCACAGUGCCGCCGCGUGGCGCAUUUGAAAAGA
---(((((.....))))).((((--------.(((......))))))).((((.....))))..((--(.((....))..))).(((((((.(((....))))))))))........... ( -28.40)
>DroEre_CAF1 80041 103 - 1
AAAGUAUCUGACAGAUACAUAUG--------CUCGUGCUGCCUACAAACUGACAAAGAGUCAUCUUUUCAGCCUAUAGCCAAACGUGCCGCCAU------GUGAGGAGCGUUUGAAA---
...(((((.....)))))..(((--------((((.((((........((((.(((((....)))))))))....)))))..(((((....)))------))...))))))......--- ( -23.40)
>DroYak_CAF1 81058 103 - 1
AAAGUAUCUGACAGAUACAUAUG--------CUCGUGCUGCCUACAAACUGACAAAGAGUCAACUUUUCAGCCUAUAGCCAAACGUGCCGCCAU------GUGAGGCGCGUUUGAAA---
...(((((.....)))))....(--------((...((((.........((((.....))))......))))....)))((((((((((.....------....))))))))))...--- ( -29.26)
>DroAna_CAF1 75399 100 - 1
CAAGUAUCUGACAGAUACAUAUGCCGGCAUGCUCCUGCUGC-------CUGACAAAAAGUCAACUU--CAGCCUAUGGCCAAACGUGCUGCCAU--------GAAGCGCGUUUGAAA---
...(((((.....)))))....(((((((.((....)))))-------)((((.....))))....--........)))((((((((((.....--------..))))))))))...--- ( -35.80)
>DroPer_CAF1 124800 107 - 1
---GUAUCUGACAGAUACAUUUG--------CUAGCGAUGCCUACAAACUGACAAAAAGUCAACUC--CAGCCUAGGCCCGGACGUGCCACAGUGCCGCCGCGUGGCGCAUUUGAAAAGA
---(((((.....))))).((((--------.(((......))))))).((((.....))))..((--(.((....))..))).(((((((.(((....))))))))))........... ( -28.40)
>consensus
AAAGUAUCUGACAGAUACAUAUG________CUCGUGCUGCCUACAAACUGACAAAAAGUCAACUU__CAGCCUAUGGCCAAACGUGCCGCCAU______GUGAGGCGCAUUUGAAA___
...(((((.....)))))..................((((.........((((.....))))......)))).......((((.(((((...............))))).))))...... (-17.32 = -17.32 +   0.00)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 5

Location	4,972,546 – 4,972,656
Length	110
Sequences	5
Columns	110
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	98.00
Mean single sequence MFE	-31.92
Consensus MFE	-29.86
Energy contribution	-29.62
Covariance contribution	-0.24
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-1.27
Structure conservation index	0.94
SVM decision value	0.31
SVM RNA-class probability	0.682713
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 4972546 110 - 27905053
GGGAAGUAUAUGCCGGCUACGUGUAACGUGAGUUGGCCAAAGUAUCUGACAGAUACAUAUGCUCGUGCUGCCUACAAACUGACAAAGAGUCAACUUCUCAGCCUAUGGCC
(((((((((((((((((((((.....))).)))))))....(((((.....)))))))))((....))...........((((.....))))))))))).(((...))). ( -31.60)
>DroSec_CAF1 79385 110 - 1
GGGAAGUAUAUGCCGGCUACGUGUAACGUGAGUUGGCCAAAGUAUCUGACAGAUACAUAUGCUCGUGCUGCCUACAAACUGACAAAGAGUCAACUUCUCAGCCUAUGGCC
(((((((((((((((((((((.....))).)))))))....(((((.....)))))))))((....))...........((((.....))))))))))).(((...))). ( -31.60)
>DroSim_CAF1 81197 110 - 1
GGGAAGUAUAUGCCGGCUACGUGUAACGUGAGUUGGCCAAAGUAUCUGACAGAUACAUAUGCUCGUGCUGCCUACAAACUGACAAAGAGUCAACUUCUCAGCCUAUGGCC
(((((((((((((((((((((.....))).)))))))....(((((.....)))))))))((....))...........((((.....))))))))))).(((...))). ( -31.60)
>DroEre_CAF1 80072 110 - 1
GGGAAGUACAUGCCGGCUACGUGUAACGUGAGUUGGCCAAAGUAUCUGACAGAUACAUAUGCUCGUGCUGCCUACAAACUGACAAAGAGUCAUCUUUUCAGCCUAUAGCC
(((.(((((..((((((((((.....))).)))))))....(((((.....)))))........))))).))).....((((.(((((....)))))))))......... ( -33.50)
>DroYak_CAF1 81089 110 - 1
GGGAAGUACAUGCCGGCUACGUGUAACGUGAGUUGGCCAAAGUAUCUGACAGAUACAUAUGCUCGUGCUGCCUACAAACUGACAAAGAGUCAACUUUUCAGCCUAUAGCC
(((.(((((..((((((((((.....))).)))))))....(((((.....)))))........))))).))).....((((.((((......))))))))......... ( -31.30)
>consensus
GGGAAGUAUAUGCCGGCUACGUGUAACGUGAGUUGGCCAAAGUAUCUGACAGAUACAUAUGCUCGUGCUGCCUACAAACUGACAAAGAGUCAACUUCUCAGCCUAUGGCC
(((.(((((..((((((((((.....))).)))))))....(((((.....)))))........))))).)))......((((.....))))........((.....)). (-29.86 = -29.62 +  -0.24)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	4,972,586 – 4,972,693
Length	107
Sequences	5
Columns	107
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	99.07
Mean single sequence MFE	-37.52
Consensus MFE	-36.44
Energy contribution	-36.68
Covariance contribution	0.24
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-1.73
Structure conservation index	0.97
SVM decision value	1.74
SVM RNA-class probability	0.974850
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 4972586 107 - 27905053
AAACGUGCCCGGUGCAGUGAACACGGUUCGCUCUUCUGGGAAGUAUAUGCCGGCUACGUGUAACGUGAGUUGGCCAAAGUAUCUGACAGAUACAUAUGCUCGUGCUG
..(((..(((((...(((((((...)))))))...))))).(((((((((((((((((.....))).)))))))....(((((.....))))))))))))))).... ( -38.70)
>DroSec_CAF1 79425 107 - 1
AAACGUGCCCGGUGCAGUGAACACGGUUCGCUCUUCUGGGAAGUAUAUGCCGGCUACGUGUAACGUGAGUUGGCCAAAGUAUCUGACAGAUACAUAUGCUCGUGCUG
..(((..(((((...(((((((...)))))))...))))).(((((((((((((((((.....))).)))))))....(((((.....))))))))))))))).... ( -38.70)
>DroSim_CAF1 81237 107 - 1
AAACGUGCCCGGUGCAGUGAACACGGUUCGCUCUUCUGGGAAGUAUAUGCCGGCUACGUGUAACGUGAGUUGGCCAAAGUAUCUGACAGAUACAUAUGCUCGUGCUG
..(((..(((((...(((((((...)))))))...))))).(((((((((((((((((.....))).)))))))....(((((.....))))))))))))))).... ( -38.70)
>DroEre_CAF1 80112 107 - 1
AAACGUGCCCGGUGCAGUGAACACGGUUCGCUCUUCUGGGAAGUACAUGCCGGCUACGUGUAACGUGAGUUGGCCAAAGUAUCUGACAGAUACAUAUGCUCGUGCUG
.......(((((...(((((((...)))))))...))))).(((((..((((((((((.....))).)))))))....(((((.....)))))........))))). ( -38.30)
>DroYak_CAF1 81129 107 - 1
AAACGUGCCCGGUGCAGUGAACACGGUUCGUUCUUCUGGGAAGUACAUGCCGGCUACGUGUAACGUGAGUUGGCCAAAGUAUCUGACAGAUACAUAUGCUCGUGCUG
.......(((((.....(((((...))))).....))))).(((((..((((((((((.....))).)))))))....(((((.....)))))........))))). ( -33.20)
>consensus
AAACGUGCCCGGUGCAGUGAACACGGUUCGCUCUUCUGGGAAGUAUAUGCCGGCUACGUGUAACGUGAGUUGGCCAAAGUAUCUGACAGAUACAUAUGCUCGUGCUG
..(((..(((((...(((((((...)))))))...))))).(((((((((((((((((.....))).)))))))....(((((.....))))))))))))))).... (-36.44 = -36.68 +   0.24)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:17:54 2006