Locus 1708

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 4,904,807 – 4,904,913
Length 106
Max. P 0.789352
window2816 window2817

overview

Window 6

Location 4,904,807 – 4,904,913
Length 106
Sequences 6
Columns 117
Reading direction forward
Mean pairwise identity 76.35
Mean single sequence MFE -22.18
Consensus MFE -8.26
Energy contribution -9.08
Covariance contribution 0.82
Combinations/Pair 1.13
Mean z-score -2.26
Structure conservation index 0.37
SVM decision value 0.20
SVM RNA-class probability 0.629809
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 4904807 106 + 27905053
AA-----AGAAUAUAGAGCAAC--AAAGCACGCAAA--AUAAUCGAAAUGAAAAUUCAGCAUUAUAAAUUGCACGAU--UAUAAUUGCAUAGACUUGCAAUGGAGCUGACAAGUUGC
..-----..........(((((--....((.((...--(((((((...(((....)))(((........))).))))--))).((((((......))))))...))))....))))) ( -23.90)
>DroVir_CAF1 16379 104 + 1
AU-----UAAGUGUAGCGCACACGAAGACACGCAAA--AUAAUAGAAAUGAA-AUUUGAAAUUUUAAAUUGCAUUAUAUUGUUAUGGCAUGAA----UAAUA-UGCUGACAAGUUGU
..-----...((((..((....))...))))(((((--((((((..((((.(-((((((....))))))).)))).)))))))..((((((..----...))-))))......)))) ( -19.40)
>DroGri_CAF1 16393 105 + 1
UG-----CAAUUGUAGCGCAAUUGCAGACACGCAACAUAUAAUAGAAAUGGA-AUUUGAGAUUAUAAAUUGCAUUAUUUUGUUAUGGC-UGAA----UAAUA-UGCUGACAUGUUGG
((-----((((((.....))))))))......((((((((((((((((((.(-(((((......)))))).)))..)))))))))(((-....----.....-.)))...)))))). ( -25.20)
>DroSec_CAF1 12645 106 + 1
AC-----AGAAUGUAGAGCAAC--AAAGCACGCAAA--AUAAUCGAAAUGAAAAUUCAAUAUUAUAAAUUGCACGAU--UAUAAUUGCAUAGACUUGCAAUGGAGCUGACAAGUUGC
..-----..........(((((--....((.((...--(((((((.(((....)))((((.......))))..))))--))).((((((......))))))...))))....))))) ( -19.60)
>DroSim_CAF1 12630 106 + 1
AC-----AGAAUGUAGAGCAAC--AAAGCACGCAAA--AUAAUCGAAAUGAAAACUCAAUAUUAUAAAUUGCACGAU--UAUAAUUGCAUAGACUUGCAAUGGAGCUGACAAGUUGC
..-----..........(((((--....((.((...--(((((((.(((..................)))...))))--))).((((((......))))))...))))....))))) ( -18.17)
>DroYak_CAF1 12487 110 + 1
AUACAUGAAAAUGUAGAGCAAC--AAAACACGCAAA--AUAAUCGAAAUGAA-AUUCGAUAUUGUAAAUUGCACGAU--UAUAAUUGCACAGACGUGCAAUGUGGCUGACAAGUUGC
.(((((....)))))..(((((--.......(((((--(((.(((((.....-.))))))))).....)))).((.(--((((.((((((....))))))))))).))....))))) ( -26.80)
>consensus
AC_____AAAAUGUAGAGCAAC__AAAACACGCAAA__AUAAUCGAAAUGAA_AUUCAAUAUUAUAAAUUGCACGAU__UAUAAUUGCAUAGACUUGCAAUGGAGCUGACAAGUUGC
...........(((...((............((((...(((((.(((.......)))...)))))...))))...........((((((......))))))...))..)))...... ( -8.26 =  -9.08 +   0.82)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 7

Location 4,904,807 – 4,904,913
Length 106
Sequences 6
Columns 117
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 76.35
Mean single sequence MFE -21.42
Consensus MFE -7.87
Energy contribution -9.97
Covariance contribution 2.10
Combinations/Pair 1.11
Mean z-score -2.44
Structure conservation index 0.37
SVM decision value 0.58
SVM RNA-class probability 0.789352
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 4904807 106 - 27905053
GCAACUUGUCAGCUCCAUUGCAAGUCUAUGCAAUUAUA--AUCGUGCAAUUUAUAAUGCUGAAUUUUCAUUUCGAUUAU--UUUGCGUGCUUU--GUUGCUCUAUAUUCU-----UU
(((((......((......))((((..((((((..(((--((((.(((........)))(((....)))...)))))))--.)))))))))).--)))))..........-----.. ( -22.50)
>DroVir_CAF1 16379 104 - 1
ACAACUUGUCAGCA-UAUUA----UUCAUGCCAUAACAAUAUAAUGCAAUUUAAAAUUUCAAAU-UUCAUUUCUAUUAU--UUUGCGUGUCUUCGUGUGCGCUACACUUA-----AU
......(((..(((-(((..----..(((((...((.((((.((((.(((((........))))-).))))..)))).)--)..))))).....))))))...)))....-----.. ( -15.80)
>DroGri_CAF1 16393 105 - 1
CCAACAUGUCAGCA-UAUUA----UUCA-GCCAUAACAAAAUAAUGCAAUUUAUAAUCUCAAAU-UCCAUUUCUAUUAUAUGUUGCGUGUCUGCAAUUGCGCUACAAUUG-----CA
...(((((.(((((-(((..----....-.............((((.(((((........))))-).))))......)))))))))))))..(((((((.....))))))-----). ( -20.11)
>DroSec_CAF1 12645 106 - 1
GCAACUUGUCAGCUCCAUUGCAAGUCUAUGCAAUUAUA--AUCGUGCAAUUUAUAAUAUUGAAUUUUCAUUUCGAUUAU--UUUGCGUGCUUU--GUUGCUCUACAUUCU-----GU
(((((......((......))((((..((((((..(((--((((...((((((......)))))).......)))))))--.)))))))))).--)))))..........-----.. ( -22.00)
>DroSim_CAF1 12630 106 - 1
GCAACUUGUCAGCUCCAUUGCAAGUCUAUGCAAUUAUA--AUCGUGCAAUUUAUAAUAUUGAGUUUUCAUUUCGAUUAU--UUUGCGUGCUUU--GUUGCUCUACAUUCU-----GU
(((((......((......))((((..((((((..(((--((((...((((((......)))))).......)))))))--.)))))))))).--)))))..........-----.. ( -22.00)
>DroYak_CAF1 12487 110 - 1
GCAACUUGUCAGCCACAUUGCACGUCUGUGCAAUUAUA--AUCGUGCAAUUUACAAUAUCGAAU-UUCAUUUCGAUUAU--UUUGCGUGUUUU--GUUGCUCUACAUUUUCAUGUAU
(((((....((((...((((((((..((((....))))--..)))))))).......((((((.-.....))))))...--...)).))....--)))))..(((((....))))). ( -26.10)
>consensus
GCAACUUGUCAGCUCCAUUGCAAGUCUAUGCAAUUAUA__AUCGUGCAAUUUAUAAUAUCGAAU_UUCAUUUCGAUUAU__UUUGCGUGCUUU__GUUGCUCUACAUUCU_____AU
(((((.....(((...((((((......))))))..........(((((...(((((...((((....))))..)))))...))))).)))....)))))................. ( -7.87 =  -9.97 +   2.10)

alignment

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secondary structure

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