Locus 1635

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 4,767,278 – 4,767,398
Length 120
Max. P 0.520992
window2692

overview

Window 2

Location 4,767,278 – 4,767,398
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 84.17
Mean single sequence MFE -47.02
Consensus MFE -37.31
Energy contribution -36.93
Covariance contribution -0.38
Combinations/Pair 1.41
Mean z-score -1.53
Structure conservation index 0.79
SVM decision value -0.02
SVM RNA-class probability 0.520992
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 4767278 120 + 27905053
AUCGGCUGCAUGGUGAACGGCGCCGGUCUGGCCAUGGCCACCAUGGAUAUCAUUAAGUUGUAUGGCGGUGAACCGGCCAAUUUCCUGGAUGUCGGUGGUGGUGCCACUGCCGAGGCGGUC
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>DroVir_CAF1 4091 120 + 1
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>DroGri_CAF1 2731 120 + 1
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>DroWil_CAF1 3287 120 + 1
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>DroMoj_CAF1 2638 120 + 1
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>DroAna_CAF1 2675 120 + 1
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>consensus
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alignment

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Postscript

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