Locus 1625

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 4,715,995 – 4,716,116
Length 121
Max. P 0.858708
window2675 window2676

overview

Window 5

Location 4,715,995 – 4,716,087
Length 92
Sequences 6
Columns 100
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 84.08
Mean single sequence MFE -20.22
Consensus MFE -18.47
Energy contribution -18.67
Covariance contribution 0.20
Combinations/Pair 1.04
Mean z-score -1.72
Structure conservation index 0.91
SVM decision value 0.82
SVM RNA-class probability 0.858708
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 4715995 92 - 27905053
UGCUAAAUAUUUGCAUUGAUUUAUUUAGUGCAUUAGACAGUGGCACUAAGUGGUAUUAUAAAUAUUUGGAACAAGUCUCCCACU--------ACCAGAAU
..(((((((((((...((((((((((((((((((....))).))))))))))).)))))))))))))))...............--------........ ( -19.70)
>DroSec_CAF1 61195 92 - 1
UGCUAAAUAUUUGCAUUGAUUUAUUUGGUGCAUUAGACAGUGGCACUAAGUGGUAUUAUAAAUAUUUGGAACAAGUCUACCCCC--------AGCAGAAU
((((.......(((((..(.....)..))))).(((((..((...(((((((..........)))))))..)).))))).....--------)))).... ( -19.60)
>DroSim_CAF1 64670 78 - 1
UGCUAAAUAUUUGCAUUGAUUUAUUUGGUGCAUUAGACAGUGGCACUAAGUGGUAUUAUAAAUAUUUGGAACAA----------------------GAAU
..(((((((((((...((((((((((((((((((....))).))))))))))).))))))))))))))).....----------------------.... ( -19.40)
>DroEre_CAF1 64926 92 - 1
UGCUAAAUAUUUGCAUUGAUUUAUUUGGUGCAUUAGACAGUGGCACUAAGUGGUAUUAUAAAUAUUUGGAACAAGUCUCACCCU--------ACCGGAAU
..(((((((((((...((((((((((((((((((....))).))))))))))).)))))))))))))))............((.--------...))... ( -19.90)
>DroWil_CAF1 65770 100 - 1
UGCUAAAUAUUUGCACUGAUUUAUUUGGUGCAUUAGAAGUUGGCACUAAGUGGAUAUAUAAAUAUUUGGGACAUGGCUAUAUAUUAUUUUUUACAUACAU
..(((((((((((.....(((((((((((((...........)))))))))))))...)))))))))))............................... ( -21.50)
>DroYak_CAF1 64549 92 - 1
UGCUAAAUAUUUGCAUUGAUUUAUUUGGUGCAUUAGACAGUGGCACUAAGUGGUAUUAUAAAUAUUUGGAACAGGUCUCUCCCU--------ACCAGAAU
..(((((((((((...((((((((((((((((((....))).))))))))))).)))))))))))))))....(((........--------)))..... ( -21.20)
>consensus
UGCUAAAUAUUUGCAUUGAUUUAUUUGGUGCAUUAGACAGUGGCACUAAGUGGUAUUAUAAAUAUUUGGAACAAGUCUCCCCCU________ACCAGAAU
..(((((((((((...(((((((((((((((...........))))))))))).)))))))))))))))............................... (-18.47 = -18.67 +   0.20)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 6

Location 4,716,017 – 4,716,116
Length 99
Sequences 6
Columns 103
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 80.63
Mean single sequence MFE -22.98
Consensus MFE -15.19
Energy contribution -15.47
Covariance contribution 0.28
Combinations/Pair 1.18
Mean z-score -2.01
Structure conservation index 0.66
SVM decision value 0.72
SVM RNA-class probability 0.831125
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 4716017 99 - 27905053
U----GUAUGUUUGUAGCCGAGUGCUAAAUGAAUGCUAAAUAUUUGCAUUGAUUUAUUUAGUGCAUUAGACAGUGGCACUAAGUGGUAUUAUAAAUAUUUGGA
.----..((((((((((((((((((((......((((((.....((((((((.....)))))))))))).)).)))))))...))))..)))))))))..... ( -25.40)
>DroVir_CAF1 84158 99 - 1
AUAACGCUCGU---UUUUCGAGUGUUAAAUGAAUGCUAAAUAUUUACGCUGAUUUAUUUGGUGCAUUAGAACCGGGCACUAAGUGCUA-UAUAAAUAUUAAGA
.(((((((((.---....)))))))))........((.(((((((((((..(.....)..)))...........(((((...))))).-..)))))))).)). ( -25.10)
>DroEre_CAF1 64948 98 - 1
-----GUUGGUUUGUAUGCGAGUGCUAAAUGAAUGCUAAAUAUUUGCAUUGAUUUAUUUGGUGCAUUAGACAGUGGCACUAAGUGGUAUUAUAAAUAUUUGGA
-----(((.((((((((....)))).)))).))).(((((((((((...((((((((((((((((((....))).))))))))))).))))))))))))))). ( -23.90)
>DroYak_CAF1 64571 99 - 1
C----GUAUGUUUGUAUGCGAGUGCUAAAUGAAUGCUAAAUAUUUGCAUUGAUUUAUUUGGUGCAUUAGACAGUGGCACUAAGUGGUAUUAUAAAUAUUUGGA
(----(.((((((((((((.(((((((......((((((.....(((((..(.....)..))))))))).)).))))))).....))).))))))))).)).. ( -24.60)
>DroMoj_CAF1 80331 94 - 1
-----ACUCGU---UUUUCGAGUGCUAAAUGAAUGCUAAAUAUUUACGCUGAUUUAUUUGGUGCAUUAGAACCGGGCACUGAGUGGCA-UAUAAAUAUUGAGA
-----(((((.---....)))))............((.((((((((.(((.....(((..((((...........))))..)))))).-..)))))))).)). ( -19.50)
>DroAna_CAF1 61876 88 - 1
---------------GUUCGAGUGCUAAACGAAUGCUAAAUAUUUGCACUGAUUUAUAUGGUGCAUUAGACCCUGACUCUAAGUGGUUUCUUAAAUAUUUGGA
---------------(((((.........))))).(((((((((((((((.........)))))...(((((((.......)).)))))...)))))))))). ( -19.40)
>consensus
_____GUUCGU___UAUUCGAGUGCUAAAUGAAUGCUAAAUAUUUGCACUGAUUUAUUUGGUGCAUUAGACACUGGCACUAAGUGGUAUUAUAAAUAUUUGGA
...................................(((((((((((.......(((((((((((...........))))))))))).....))))))))))). (-15.19 = -15.47 +   0.28)

alignment

Postscript

secondary structure

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