Locus 1596

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 4,581,277 – 4,581,379
Length 102
Max. P 0.533245
window2637

overview

Window 7

Location 4,581,277 – 4,581,379
Length 102
Sequences 6
Columns 108
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 85.13
Mean single sequence MFE -51.83
Consensus MFE -39.97
Energy contribution -41.00
Covariance contribution 1.03
Combinations/Pair 1.20
Mean z-score -1.82
Structure conservation index 0.77
SVM decision value -0.00
SVM RNA-class probability 0.533245
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 4581277 102 - 27905053
GGCAACGUCGGCGUCGGCGUU------GGGGUCAACGUCGGCGUCGCCGUUGGCAGCGGCAGCCGGUACAAGGUGACGGCCCGCUGUGUGCCCGAAGUGAGCAUCACG
(((((((.(((((((((((((------(....)))))))))))))).)))).(((((((..((((.(((...))).)))))))))))..)))....(((.....))). ( -54.40)
>DroVir_CAF1 7456 99 - 1
GGC---GCCGGCUCCGGCGCU------GCCGUCGGUGUCGGCGUCAGCGUUGGCAGCGGCAGUCGCUACAAGGUGACCGCUCGCUGUGUGCCAGAAGUGAGCAUCACA
(((---((((((.((((((..------..)))))).))))))))).(((...((((((((.((((((....)))))).)).)))))).))).....(((.....))). ( -53.60)
>DroSec_CAF1 5096 102 - 1
GGCAACGUCGGCGUCGGCGUU------GGGGUCAACGUCGGCGUCGCCGUUGUCAGCGGCAGCCGGUACAAGGUGACGGCCCGCUGUGUGCCCGAAGUGAGCAUCACG
(((((((.(((((((((((((------(....)))))))))))))).)))))))(((((..((((.(((...))).)))))))))((((((.(.....).))).))). ( -54.80)
>DroEre_CAF1 5142 108 - 1
GGCAACGUCGGCGUCGGCGUCGGCGUUGGGGUCAACGUCGGCGUCGCCGUUGGCAGCGGCAGCCGGUACAAGGUGACGGCCCGCUGUGUGCCCGAAGUGAGCAUCACG
(((((((((((((.((((((((((((((....)))))))))))))).)))))))(((((..((((.(((...))).))))))))))).))))....(((.....))). ( -57.90)
>DroYak_CAF1 5353 102 - 1
GGCAACGUCGGCGUCGGCGUC------GGGGUCAACGUCGGCGUCGCCGUUGGCAGCGGCAGCCGGUACAAGGUGACGGCCCGCUGUGUGCCCGAAGUGAGCAUCACG
(((((((.((((((((((((.------.......)))))))))))).)))).(((((((..((((.(((...))).)))))))))))..)))....(((.....))). ( -50.40)
>DroAna_CAF1 5022 90 - 1
GGCCACGCCGGU------------------GUCAAUGUCGGCGUCGCCGUUGGCAGCGGCAGUCGGUACAAGGUGACGGCCCGCUGCGUCCCGGAAGUGAGCAUCACC
(((.((((((..------------------(....)..)))))).)))....((((((((.((((.(....).)))).).)))))))(..((....).)..)...... ( -39.90)
>consensus
GGCAACGUCGGCGUCGGCGUU______GGGGUCAACGUCGGCGUCGCCGUUGGCAGCGGCAGCCGGUACAAGGUGACGGCCCGCUGUGUGCCCGAAGUGAGCAUCACG
(((.((((((((((.(((.((......)).))).)))))))))).)))....(((((((..((((.(((...))).))))))))))).........(((.....))). (-39.97 = -41.00 +   1.03)

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