Locus 1587

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	4,543,190 – 4,543,284
Length	94
Max. P	0.840694

overview

Window 9

Location	4,543,190 – 4,543,284
Length	94
Sequences	5
Columns	94
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	88.78
Mean single sequence MFE	-29.05
Consensus MFE	-20.44
Energy contribution	-19.92
Covariance contribution	-0.52
Combinations/Pair	1.25
Mean z-score	-2.51
Structure conservation index	0.70
SVM decision value	0.75
SVM RNA-class probability	0.840694
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 4543190 94 + 27905053
GGGGCCAUAACCCAUAAACGUUUGGACGGGCAUACAUACAUAUAUGUAUGAUGUAGCCCACUCGGCGUAUGCGUAAUUAUGGUCAUCACCCCGG
(((((((((((.(((..((((..((..((((.(((((.((((....))))))))))))).))..))))))).))...)))))......)))).. ( -31.30)
>DroSec_CAF1 343 91 + 1
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..(((((((((.((((..(((.(((.(...((((((((....))))))---))..).))).)))...)))).))...))))))).......... ( -28.30)
>DroSim_CAF1 342 91 + 1
GCGGCCAUAACCCAUAAACGUUUGGAUGGCCAUACAUAUGUAUAUGUA---UGUAGCCCACACGGCGUAUGCGUAAUUAUGGUCAUCACCCCGG
.(((........((........))((((((((((..(((((((((((.---(((.....)))..)))))))))))..))))))))))...))). ( -29.70)
>DroEre_CAF1 343 87 + 1
GCGAUUAUAACCCAUAAACGUUUGGG----CGUACAUAUGUAUAUGUA---UCUAGCCCGCACGGCGUAUGCGUAAUUAUGGUCAUCACCCCGG
..(((((((((.((((..(((.((((----((((((((....))))))---)...))))).)))...)))).))...))))))).......... ( -25.60)
>DroYak_CAF1 278 87 + 1
GCGGUUAUAACCCAUAAACGUUUGGG----CGUACAUAUGUAUAUGUA---UGUAGCCCACACGGCGUAUGCGUAAUUAUGGUCAUCAUCCCGG
.(((.......((((((.(((.((((----(.(((((((......)))---))))))))).)))(((....)))..))))))........))). ( -30.36)
>consensus
GCGGCCAUAACCCAUAAACGUUUGGA_GG_CAUACAUAUGUAUAUGUA___UGUAGCCCACACGGCGUAUGCGUAAUUAUGGUCAUCACCCCGG
..((((((((.(((........)))...........(((((((((((....((.....))....))))))))))).)))))))).......... (-20.44 = -19.92 +  -0.52)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	4,543,190 – 4,543,284
Length	94
Sequences	5
Columns	94
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	88.78
Mean single sequence MFE	-30.08
Consensus MFE	-20.70
Energy contribution	-20.70
Covariance contribution	-0.00
Combinations/Pair	1.10
Mean z-score	-2.60
Structure conservation index	0.69
SVM decision value	0.63
SVM RNA-class probability	0.805540
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 4543190 94 - 27905053
CCGGGGUGAUGACCAUAAUUACGCAUACGCCGAGUGGGCUACAUCAUACAUAUAUGUAUGUAUGCCCGUCCAAACGUUUAUGGGUUAUGGCCCC
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>DroSec_CAF1 343 91 - 1
CCGGGGUGAUGACCAUAAUUACGCAUACGCCGUGUGGGCUACA---UACAUAUGUAUAUGUAUGACCGUCCAAACGUUUAUGGGUUAUGGCCGC
..(.(((.((((((((((....((....))(((.(((((..((---((((((....))))))))...))))).))).)))).)))))).))).) ( -31.60)
>DroSim_CAF1 342 91 - 1
CCGGGGUGAUGACCAUAAUUACGCAUACGCCGUGUGGGCUACA---UACAUAUACAUAUGUAUGGCCAUCCAAACGUUUAUGGGUUAUGGCCGC
..(.(((.((((((......((((((((...)))))(((..((---((((((....))))))))))).......))).....)))))).))).) ( -30.00)
>DroEre_CAF1 343 87 - 1
CCGGGGUGAUGACCAUAAUUACGCAUACGCCGUGCGGGCUAGA---UACAUAUACAUAUGUACG----CCCAAACGUUUAUGGGUUAUAAUCGC
..(.(((.((((((......((((((.....))))((((....---((((((....)))))).)----)))....)).....)))))).))).) ( -24.00)
>DroYak_CAF1 278 87 - 1
CCGGGAUGAUGACCAUAAUUACGCAUACGCCGUGUGGGCUACA---UACAUAUACAUAUGUACG----CCCAAACGUUUAUGGGUUAUAACCGC
.(((....((((((((((....((....))(((.(((((((((---((........)))))).)----)))).))).)))).))))))..))). ( -28.20)
>consensus
CCGGGGUGAUGACCAUAAUUACGCAUACGCCGUGUGGGCUACA___UACAUAUACAUAUGUAUG_CC_UCCAAACGUUUAUGGGUUAUGGCCGC
..(.(((.((((((((((....((....))(((.((((........((((((....))))))......)))).))).)))).)))))).))).) (-20.70 = -20.70 +  -0.00)

alignment

secondary structure

dotplot

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