Locus 147

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 762,978 – 763,095
Length 117
Max. P 0.918585
window239

overview

Window 9

Location 762,978 – 763,095
Length 117
Sequences 6
Columns 117
Reading direction forward
Mean pairwise identity 76.63
Mean single sequence MFE -45.28
Consensus MFE -27.61
Energy contribution -26.70
Covariance contribution -0.91
Combinations/Pair 1.53
Mean z-score -1.90
Structure conservation index 0.61
SVM decision value 1.12
SVM RNA-class probability 0.918585
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 762978 117 + 27905053
AGAAUGAGGGCUAAUUUAACAGCUGCAGCUCUGUUGGAGCAAGCGGAGAGUUCAGAGUGCUCCGAAGGCUACGUACCGGAAGUUGAUUCAGGUAGCUCUGAGUAUUCGUCUUGCCAG
........(((..........(((.((((...)))).)))(((((((...(((((((((((.....)))....((((.(((.....))).))))))))))))..)))).)))))).. ( -35.70)
>DroVir_CAF1 24214 114 + 1
CGGAUGCGCGCCAAUUUGAACGCUGCGGCUUUGCUGGAGCAGGCGGAGAGCAGCGAAUGCUCCGAGGGCUAUAUGCCAGAAAUGGAUUCGGGCAGCUCAGAGUACUCGU---ACCAG
.((.((((.(..........((((((..(((((((......))))))).))))))..(((((.(((.(((.....(((....))).....)))..))).)))))).)))---))).. ( -45.70)
>DroGri_CAF1 22439 114 + 1
CGGAUGCGUGCCAAUCUCAAUGCUGCUGCGCUGCUGGAGCAAGCGGAGAGCAGUGAGUGCUCCGAGGGUUACAUGCCCGAAAUGGAUUCGGGCAGUUCGGAGUACUCGU---AUCAG
..(((((..............((((((.(.(((((......))))).)))))))(((((((((((((....).((((((((.....)))))))).))))))))))))))---))).. ( -55.00)
>DroWil_CAF1 21907 114 + 1
CGGAUUCGUGCCAAUAUGGCUGCUGCCGCAUUGCUAGAGCAAGCAGAAAGUUCAGAAUGCUCUGAGGGUUAUGUACCCGAAAUGGAUUCGGGAAGCUCUGAAUAUUCGU---AUCAA
..(((.((.((.(((.((((....)))).)))))((((((..(((.((..((((((....))))))..)).))).((((((.....))))))..))))))......)).---))).. ( -35.60)
>DroMoj_CAF1 22100 114 + 1
CGCAUGCGAGCCAACUUGAACGCAGCCGCGCUGCUGGAGCAGGCGGAGAGCAGCGAAUGCUCUGAGGGCUAUUUGCCCGAAAUGGACUCGGGCAGCUCAGAAUAUUCGU---AUCAG
.((.((((..(......)..)))).((((.((((....))))))))...)).(((((((.((((((......((((((((.......)))))))))))))).)))))))---..... ( -47.50)
>DroAna_CAF1 20159 117 + 1
CGGAUGAGGGCCAAUCUGACGGCGGCUGCCCUGCUAGAGCAGGCGGAGAGUUCCGAGUGCUCGGAGGGCUACGUGCCGGAGGUGGAUUCUGGGAGCUCGGAGUAUUCGUCCUGCCAG
.(((((((..(((..((..((((((..(((((.((.(((((..(((......)))..))))))))))))..).)))))..)))))(((((((....))))))).)))))))...... ( -52.20)
>consensus
CGGAUGCGGGCCAAUUUGAACGCUGCCGCGCUGCUGGAGCAAGCGGAGAGCACCGAAUGCUCCGAGGGCUACGUGCCCGAAAUGGAUUCGGGCAGCUCAGAGUAUUCGU___ACCAG
.........((.........(((....)))(((((......)))))...))...((((((((...(((((....(((((((.....)))))))))))).)))))))).......... (-27.61 = -26.70 +  -0.91)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

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