| Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 751,602 – 751,717 |
| Length | 115 |
| Max. P | 0.748311 |
| Location | 751,602 – 751,717 |
|---|---|
| Length | 115 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 91.17 |
| Mean single sequence MFE | -42.42 |
| Consensus MFE | -38.83 |
| Energy contribution | -39.05 |
| Covariance contribution | 0.22 |
| Combinations/Pair | 1.05 |
| Mean z-score | -1.27 |
| Structure conservation index | 0.92 |
| SVM decision value | 0.47 |
| SVM RNA-class probability | 0.748311 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 751602 115 - 27905053 GGCCGAUAGGAUUGUCGCGUCGGCGAUCCAAGGUAUCCGCUGCCUUCUUCGUCAGAGAAGGGGUCAUCGAGUCGCUGCAUUGAUUGCGAUAGUCCCAUGCCGCUGCAGC--GUGCAA--- ........((((((((((((((..(((((((((((.....))))))((((......)))))))))..)))..))).(((.....)))))))))))..((((((....))--).))).--- ( -44.20) >DroVir_CAF1 12882 115 - 1 GGUCUGUAGGAUUGUCGCGUCGGCGAUCCAAGGUAUCCGCUGCCUUCUUCGUCAGAGAAGGGGUCAUCGAGUCGUUGCAUUGAUUGCGAUAAUCCCAUGCCGCUGCAGC--GUGCAA--- ........((((((((((((((..(((((((((((.....))))))((((......)))))))))..)))((((......)))))))))))))))..((((((....))--).))).--- ( -44.30) >DroPse_CAF1 20368 110 - 1 GGUCGAUAGGAUUGUCGCGUCGGCGAUCCAAGGUAUCCGCUGCCUUCUUCGUCAGAGAAGGGGUCAUCGAGUCGCUGCAUUGAUUGCGAUAGUCCCAUGUCGCUGUAGA--G-------- ((.(((((((((((((((((((..(((((((((((.....))))))((((......)))))))))..)))..))).(((.....)))))))))))..))))))).....--.-------- ( -41.50) >DroWil_CAF1 10726 118 - 1 GGUCUAUAGGAUUGUCGCGUCGGCGAUCCAAGGUAUCCGCUGCCUUCUUCGUCAGAGAAGGGGUCAUCGAGUCGUUGCAUUGAUUGCGAUAAUCCCAUGCCGCUAAAUU--GUUUAUAUA (((..((.((((((((((((((..(((((((((((.....))))))((((......)))))))))..)))((((......))))))))))))))).)))))........--......... ( -39.50) >DroAna_CAF1 8802 117 - 1 GGUCGGUAGGAUUGUCGCGUCGGCGAUCCAAGGUAUCCGCUGCCUUCUUCGUCAGAGAAGGGGUCAUCGAGUCGCUGCAUUGAUUGCGAUAGUCCCAUGCCGCUGUAGCAGGUGUAG--- ((.(((((((((((((((((((..(((((((((((.....))))))((((......)))))))))..)))..))).(((.....)))))))))))..))))))).............--- ( -43.50) >DroPer_CAF1 20458 110 - 1 GGUCGAUAGGAUUGUCGCGUCGGCGAUCCAAGGUAUCCGCUGCCUUCUUCGUCAGAGAAGGGGUCAUCGAGUCGCUGCAUUGAUUGCGAUAGUCCCAUGUCGCUGUAGA--G-------- ((.(((((((((((((((((((..(((((((((((.....))))))((((......)))))))))..)))..))).(((.....)))))))))))..))))))).....--.-------- ( -41.50) >consensus GGUCGAUAGGAUUGUCGCGUCGGCGAUCCAAGGUAUCCGCUGCCUUCUUCGUCAGAGAAGGGGUCAUCGAGUCGCUGCAUUGAUUGCGAUAGUCCCAUGCCGCUGUAGC__GUG_A____ ((.(((((((((((((((((((..(((((((((((.....))))))((((......)))))))))..)))((((......)))))))))))))))..)))))))................ (-38.83 = -39.05 + 0.22)
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