Locus 1404

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 4,093,074 – 4,093,194
Length 120
Max. P 0.517233
window2318

overview

Window 8

Location 4,093,074 – 4,093,194
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 96.08
Mean single sequence MFE -43.74
Consensus MFE -38.84
Energy contribution -38.68
Covariance contribution -0.16
Combinations/Pair 1.08
Mean z-score -1.19
Structure conservation index 0.89
SVM decision value -0.03
SVM RNA-class probability 0.517233
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 4093074 120 + 27905053
UGCCACGGGCUCACUGCCCAUUACGGUGCGUCACAUUGAGAGUGUCAUCCGAAUGUCCGAAGCGCACGCGCGGAUGCAUCUGCGCGAAAACGUAAUGGAGGCAGAUGUCAGCAUGGCCAU
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>DroSec_CAF1 4988 120 + 1
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>DroSim_CAF1 5034 120 + 1
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>DroEre_CAF1 5043 120 + 1
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>DroYak_CAF1 4976 120 + 1
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>consensus
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alignment

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secondary structure

Postscript

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Postscript

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