Locus 1400

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	4,090,797 – 4,090,971
Length	174
Max. P	0.940088

overview

Window 1

Location	4,090,797 – 4,090,917
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	94.67
Mean single sequence MFE	-50.34
Consensus MFE	-50.00
Energy contribution	-49.92
Covariance contribution	-0.08
Combinations/Pair	1.11
Mean z-score	-1.01
Structure conservation index	0.99
SVM decision value	0.12
SVM RNA-class probability	0.592420
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 4090797 120 - 27905053
AAGUCGCCAACCGGCGACGUCAUUGCUGCCCGCAGAUCGCGGCGUUCGGCGGCAUCGCUGGGCGUAUUUGGCGGUGGUGAACUGGGAUUGUCCAUUACGUGCGUCUGUUGUGCUUAGCGU
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>DroSec_CAF1 2711 120 - 1
AAGUCGCCAACCGGCGACGUCAUCGCUGCCCGCAGUUCGCGGCGUUCCGCGGCAUCGCUCGGCGUAUUUGGCGGUGGUGAACUGGGAGUGUCCAUAAUGUGCGUCUGUUGUGCUUAGCGU
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>DroSim_CAF1 2750 120 - 1
AAGUCGCCAACCGGCGACGUCAUCGCUGCCCGCAGUUCGCGGCGUUCCGCGGCAUCGCUCGGCGUAUUUGGCGGUGGUGAACUGGGAGUGUCCAUAAUGUGCGUCUUUUGUGCUUAGCGU
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>DroEre_CAF1 2766 120 - 1
AAGUCGCCCACCGGCGACGUCAUCGCUGCCCGCAGUUCGCGACGUUCGGCGGCAUCGCUGGGCGUAUUUGGCGGUGGUGAACUGGGAUUGUCCAUAACGUGCGUCUGUUGUGCUUAGCGU
..((((((....)))))).((((((((((((((.....)))((((((((((....))))))))))....))))))))))).(((((......(((((((......))))))))))))... ( -52.90)
>DroYak_CAF1 2699 120 - 1
AAGUCGCCCACCGGCGACGUCAUCGCUGCCCGCAGUUCGCGACGUUCGGCGGCAUCGCUGGGCGUAUUUGGCGGCGGUGAACUGGGAUUGUCCAUAACGUGUGUCUGUUAUGCUUAGCGU
..((((((....)))))).((((((((((((((.....)))((((((((((....))))))))))....))))))))))).(((((......(((((((......))))))))))))... ( -54.80)
>consensus
AAGUCGCCAACCGGCGACGUCAUCGCUGCCCGCAGUUCGCGGCGUUCGGCGGCAUCGCUGGGCGUAUUUGGCGGUGGUGAACUGGGAUUGUCCAUAACGUGCGUCUGUUGUGCUUAGCGU
..((((((....)))))).((((((((((((((.....)))((((((((((....))))))))))....)))))))))))..((((....))))....(..((.....))..)....... (-50.00 = -49.92 +  -0.08)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 2

Location	4,090,837 – 4,090,957
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	96.33
Mean single sequence MFE	-50.90
Consensus MFE	-51.42
Energy contribution	-51.50
Covariance contribution	0.08
Combinations/Pair	1.10
Mean z-score	-1.31
Structure conservation index	1.01
SVM decision value	1.28
SVM RNA-class probability	0.940088
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 4090837 120 - 27905053
CUGAUCUCCCAGGAUCUCGUCCUCGUUCUCGAACGGCUCAAAGUCGCCAACCGGCGACGUCAUUGCUGCCCGCAGAUCGCGGCGUUCGGCGGCAUCGCUGGGCGUAUUUGGCGGUGGUGA
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>DroSec_CAF1 2751 120 - 1
CUGAUCUCCCAGGAUCUCGUCCUCGUUCUCGAACGGCUCAAAGUCGCCAACCGGCGACGUCAUCGCUGCCCGCAGUUCGCGGCGUUCCGCGGCAUCGCUCGGCGUAUUUGGCGGUGGUGA
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>DroSim_CAF1 2790 120 - 1
CUGAUCUCCCAGGAUCUCGUCCUCGUUCUCGAACGGCUCAAAGUCGCCAACCGGCGACGUCAUCGCUGCCCGCAGUUCGCGGCGUUCCGCGGCAUCGCUCGGCGUAUUUGGCGGUGGUGA
..(((((....)))))..(((.(((....)))..))).....((((((....)))))).((((((((((((((.....)))(((((..(((....)))..)))))....))))))))))) ( -47.00)
>DroEre_CAF1 2806 120 - 1
CUGAUCUCCCAAGAUCUCGUCCUCGUUCUCGAACGGCUCAAAGUCGCCCACCGGCGACGUCAUCGCUGCCCGCAGUUCGCGACGUUCGGCGGCAUCGCUGGGCGUAUUUGGCGGUGGUGA
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>DroYak_CAF1 2739 120 - 1
CUGAUCUCCCAGGAUCUCGUCCUCGUUCUCGAAUGGCUCAAAGUCGCCCACCGGCGACGUCAUCGCUGCCCGCAGUUCGCGACGUUCGGCGGCAUCGCUGGGCGUAUUUGGCGGCGGUGA
..(((((....)))))..(((.(((....)))..))).....((((((....)))))).((((((((((((((.....)))((((((((((....))))))))))....))))))))))) ( -54.90)
>consensus
CUGAUCUCCCAGGAUCUCGUCCUCGUUCUCGAACGGCUCAAAGUCGCCAACCGGCGACGUCAUCGCUGCCCGCAGUUCGCGGCGUUCGGCGGCAUCGCUGGGCGUAUUUGGCGGUGGUGA
..(((((....)))))..(((.(((....)))..))).....((((((....)))))).((((((((((((((.....)))((((((((((....))))))))))....))))))))))) (-51.42 = -51.50 +   0.08)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 3

Location	4,090,877 – 4,090,971
Length	94
Sequences	5
Columns	94
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	97.66
Mean single sequence MFE	-31.14
Consensus MFE	-30.72
Energy contribution	-30.60
Covariance contribution	-0.12
Combinations/Pair	1.08
Mean z-score	-1.39
Structure conservation index	0.99
SVM decision value	1.18
SVM RNA-class probability	0.926605
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 4090877 94 - 27905053
UCAUCGCGAACGGUCUGAUCUCCCAGGAUCUCGUCCUCGUUCUCGAACGGCUCAAAGUCGCCAACCGGCGACGUCAUUGCUGCCCGCAGAUCGC
.....((((..((.(.(((((....)))))..).))....(((((..((((.....((((((....))))))......))))..)).))))))) ( -31.00)
>DroSec_CAF1 2791 94 - 1
UCAUCGCGAACGGUCUGAUCUCCCAGGAUCUCGUCCUCGUUCUCGAACGGCUCAAAGUCGCCAACCGGCGACGUCAUCGCUGCCCGCAGUUCGC
.....((((((((.(.(((((....)))))..).)).......((..((((.....((((((....))))))......))))..))..)))))) ( -31.80)
>DroSim_CAF1 2830 94 - 1
UCAUCGCGAACGGUCUGAUCUCCCAGGAUCUCGUCCUCGUUCUCGAACGGCUCAAAGUCGCCAACCGGCGACGUCAUCGCUGCCCGCAGUUCGC
.....((((((((.(.(((((....)))))..).)).......((..((((.....((((((....))))))......))))..))..)))))) ( -31.80)
>DroEre_CAF1 2846 94 - 1
UCAUCGCGAACGGUCUGAUCUCCCAAGAUCUCGUCCUCGUUCUCGAACGGCUCAAAGUCGCCCACCGGCGACGUCAUCGCUGCCCGCAGUUCGC
.....((((((((.(.(((((....)))))..).)).......((..((((.....((((((....))))))......))))..))..)))))) ( -31.20)
>DroYak_CAF1 2779 94 - 1
UCAUCGCGAACGGUCUGAUCUCCCAGGAUCUCGUCCUCGUUCUCGAAUGGCUCAAAGUCGCCCACCGGCGACGUCAUCGCUGCCCGCAGUUCGC
.....((((((((.(.(((((....)))))..).)).((..(.(((.((((.....((((((....)))))))))))))..)..))..)))))) ( -29.90)
>consensus
UCAUCGCGAACGGUCUGAUCUCCCAGGAUCUCGUCCUCGUUCUCGAACGGCUCAAAGUCGCCAACCGGCGACGUCAUCGCUGCCCGCAGUUCGC
.....((((((((.(.(((((....)))))..).)).......((..((((.....((((((....))))))......))))..))..)))))) (-30.72 = -30.60 +  -0.12)

alignment

secondary structure

dotplot

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