Locus 1305

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	3,829,176 – 3,829,336
Length	160
Max. P	0.879384

overview

Window 1

Location	3,829,176 – 3,829,296
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	87.83
Mean single sequence MFE	-42.00
Consensus MFE	-33.08
Energy contribution	-33.75
Covariance contribution	0.67
Combinations/Pair	1.22
Mean z-score	-3.13
Structure conservation index	0.79
SVM decision value	0.91
SVM RNA-class probability	0.879384
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 3829176 120 - 27905053
AGGUUUCAAUCUUACGGCGACCAUAAUGGUGUGCGUUAUCAAGAGCAUCCUCGAUGGACGAUUGCAUGUUGGCAGGCAAGAUGUCAAUUAGCUCAGGCCGAUCUGUGAUCGUCUUGUUAA
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>DroGri_CAF1 2488 120 - 1
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>DroWil_CAF1 7586 120 - 1
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>DroMoj_CAF1 2373 120 - 1
AGGUCUCAAUCUUACGGCGCCCAUAAUGAUGCGCAUUAUCGAGCGCAUCAUCAAUGGACGCUUGUAUAUUGGCUGGCAAAAUAUCAAUUAGCUCAGGACGAUCGGUGAUUGUCUUGUUAA
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>DroAna_CAF1 1500 120 - 1
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>DroPer_CAF1 1540 120 - 1
AGGUUUCUAUCUUACGGCGACCAUAAUGGUGCGCAUUGUCGAGCGCAUCAUCAAUGGACGCCUGCAUAUUGGCCGGCAAAAUAUCAAUUAACUCAGGACGGUCUGUGAUCGUCUUGUUAA
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>consensus
AGGUCUCAAUCUUACGGCGACCAUAAUGGUGCGCAUUAUCAAGCGCAUCAUCAAUGGACGCCUGCAUAUUGGCGGGCAAAAUAUCAAUUAGCUCAGGACGAUCUGUGAUCGUCUUGUUAA
...............(((..((((.(((((((((........)))))))))..))))..((((((......)))))).............)))((((((((((...)))))))))).... (-33.08 = -33.75 +   0.67)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 2

Location	3,829,216 – 3,829,336
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	84.89
Mean single sequence MFE	-44.50
Consensus MFE	-28.16
Energy contribution	-29.00
Covariance contribution	0.84
Combinations/Pair	1.24
Mean z-score	-3.39
Structure conservation index	0.63
SVM decision value	0.29
SVM RNA-class probability	0.668909
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 3829216 120 - 27905053
GCGUGCACCUUAUCGGCGUCUGCCAGCCAGUCGUCUAUGUAGGUUUCAAUCUUACGGCGACCAUAAUGGUGUGCGUUAUCAAGAGCAUCCUCGAUGGACGAUUGCAUGUUGGCAGGCAAG
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>DroVir_CAF1 1559 120 - 1
GCAUGCACCUUGUCGGCAUCGGCUAGCCAAUCAUCUAUAUAGGUCUCAAUCUUACGGCGACCAUAAUGAUGCGCAUUGUCGAGCGCAUCAUCAAUGGACGCCUGUAUAUUGGCGGGCAAU
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>DroGri_CAF1 2528 120 - 1
GCAUGCACUUUGUCCGCAUCCACGAGCCAAUCAUCAAUGUAGGUCUCAAUCUUACGUCGUCCAUAAUGGUGCGCAUUAUCAAGCGCAUCAUCAAUGGACGCUUGUAUAUUGGCGGGCAAA
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>DroWil_CAF1 7626 120 - 1
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>DroMoj_CAF1 2413 120 - 1
GCAUGCACCUUGUCCGCAUCGGCCAACCAAUCAUCAAUGUAGGUCUCAAUCUUACGGCGCCCAUAAUGAUGCGCAUUAUCGAGCGCAUCAUCAAUGGACGCUUGUAUAUUGGCUGGCAAA
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>DroAna_CAF1 1540 120 - 1
GCAUGGACUUUGUCUGCAUCCGCCAGCCAGUCAUCUAUAUACGUCUCGAUCUUUCGGCGACCAUAAUGGUGCGCAUUAUCCAGCGCAUCAUCAAUGGACGCCUGCAUGUUGGCGGGCAAG
((..((((...))))....((((((((....................((....))((((.((((.(((((((((........)))))))))..)))).)))).....))))))))))... ( -44.70)
>consensus
GCAUGCACCUUGUCCGCAUCGGCCAGCCAAUCAUCAAUAUAGGUCUCAAUCUUACGGCGACCAUAAUGGUGCGCAUUAUCAAGCGCAUCAUCAAUGGACGCCUGCAUAUUGGCGGGCAAA
..((((.........))))..(((.(((((.........((((.......)))).((((.((((.(((((((((........)))))))))..)))).))))......))))).)))... (-28.16 = -29.00 +   0.84)

alignment

secondary structure

dotplot

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