Locus 1273

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 3,786,038 – 3,786,316
Length 278
Max. P 0.999987
window2078 window2079 window2080 window2081 window2082

overview

Window 8

Location 3,786,038 – 3,786,156
Length 118
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 93.59
Mean single sequence MFE -59.96
Consensus MFE -50.68
Energy contribution -52.28
Covariance contribution 1.60
Combinations/Pair 1.05
Mean z-score -3.06
Structure conservation index 0.85
SVM decision value 3.51
SVM RNA-class probability 0.999318
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 3786038 118 + 27905053
AGCUGCUGCUGCGGCCGCCGCUGCC-UGCUGGUGGUGCAGGACAUGUC-CGUGAUGCGAGUGGUGUCCUCCGUGUGCGUGAUGGGCGUGCACAUGGUGGGCGUGGACAUGAGCGGGAGCU
((((.((((((((.(((((((....-.)).))))))))....((((((-((....((.....))((((.(((((((((((.....))))))))))).)))).))))))))))))).)))) ( -60.40)
>DroSec_CAF1 15400 115 + 1
AGCUGCUGCUG---CCGCCGCUGCC-UGCUGGUGGUGCAGGACAUGUC-CGUGAUGCGAGUGGUGUCCUCCGUGUGCGUGAUGGGCAUGCACAUGGUGGGCGUGGACAUGAGCGGGAGCU
((((.((((((---(((((((....-.)).))))))......((((((-((....((.....))((((.(((((((((((.....))))))))))).)))).))))))))))))).)))) ( -61.50)
>DroSim_CAF1 19151 118 + 1
AGCUGCUGCUGCGGCCGCCGCUGCC-UGCUGGUGGUGCAGGACAUGUC-CGUGAUGCGAGUGGUGUCCUCCGUGUGCGUGAUGGGCAUGCACAUGGUGGGCGUGGACAUGAGCGGGAGCU
((((.((((((((.(((((((....-.)).))))))))....((((((-((....((.....))((((.(((((((((((.....))))))))))).)))).))))))))))))).)))) ( -63.80)
>DroEre_CAF1 6071 115 + 1
AGCUGCUGCUGCGGCCGCCGCUGCC-UGCUGGUGGUGCAGGACAUGUC-CGUGAUGCGAGUGGUGUC---CGUGUGCGUGAUGGGCAUGCACAUGGUGGGCGUGGACAUGGGCGGGAGCU
((((.((((((((.(((((((....-.)).)))))))).(..((((((-((.(((((.....)))))---((((((((((.....)))))))))).))))))))..)...))))).)))) ( -58.60)
>DroYak_CAF1 18368 116 + 1
NNNNNNUGCUGCGGCCGCCGCUGCCUUGCUGGUGGUGCAGGACAUGUCCCGUGAUGCGAGUGGUGUC---CGUGUGCGUGAUG-GCAUGCACAUGGUGGGCGUGGACAUGGGCGGGAGCU
.......(((.(.(((((.((..((.....))..))))....(((((((((((((((.....)))))---((((((((((...-.))))))))))....))).)))))))))).).))). ( -55.50)
>consensus
AGCUGCUGCUGCGGCCGCCGCUGCC_UGCUGGUGGUGCAGGACAUGUC_CGUGAUGCGAGUGGUGUCCUCCGUGUGCGUGAUGGGCAUGCACAUGGUGGGCGUGGACAUGAGCGGGAGCU
.(((.((((((((.(((((((......)).))))))))....((((((.((.....))......((((.(((((((((((.....))))))))))).))))...))))))))))).))). (-50.68 = -52.28 +   1.60)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 9

Location 3,786,077 – 3,786,196
Length 119
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 94.12
Mean single sequence MFE -52.78
Consensus MFE -45.90
Energy contribution -46.86
Covariance contribution 0.96
Combinations/Pair 1.07
Mean z-score -2.60
Structure conservation index 0.87
SVM decision value 3.43
SVM RNA-class probability 0.999198
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 3786077 119 + 27905053
GACAUGUC-CGUGAUGCGAGUGGUGUCCUCCGUGUGCGUGAUGGGCGUGCACAUGGUGGGCGUGGACAUGAGCGGGAGCUGCGACAUGAUGGUGAUGACUCAGGAGGGUCGUGGCCGCCG
..((((((-(((..(((..(((.(((((.(((((((((((.....))))))))))).)))))....)))..)))...)).).))))))..(((.(((((((....))))))).))).... ( -52.90)
>DroSec_CAF1 15436 119 + 1
GACAUGUC-CGUGAUGCGAGUGGUGUCCUCCGUGUGCGUGAUGGGCAUGCACAUGGUGGGCGUGGACAUGAGCGGGAGCUGCGACAUGAUGAUGAUGACUCAACAGGGUCGUGGCCGCCG
..((((((-((....((.....))((((.(((((((((((.....))))))))))).)))).))))))))..(((..((..((((.((.(((.......))).))..))))..))..))) ( -55.10)
>DroSim_CAF1 19190 119 + 1
GACAUGUC-CGUGAUGCGAGUGGUGUCCUCCGUGUGCGUGAUGGGCAUGCACAUGGUGGGCGUGGACAUGAGCGGGAGCUGCGACAUGAUGAUGAUGACUCAACAGGGUCGUGGCCGCCG
..((((((-((....((.....))((((.(((((((((((.....))))))))))).)))).))))))))..(((..((..((((.((.(((.......))).))..))))..))..))) ( -55.10)
>DroEre_CAF1 6110 116 + 1
GACAUGUC-CGUGAUGCGAGUGGUGUC---CGUGUGCGUGAUGGGCAUGCACAUGGUGGGCGUGGACAUGGGCGGGAGCUGCGACAUGAUGGUGAUGACUCAGCAAAGUUGUGGCCGCCG
..((((((-((((((((.....))))(---((((((((((.....)))))))))))....))))))))))((((...((..((((....((.(((....))).))..))))..)))))). ( -48.90)
>DroYak_CAF1 18408 116 + 1
GACAUGUCCCGUGAUGCGAGUGGUGUC---CGUGUGCGUGAUG-GCAUGCACAUGGUGGGCGUGGACAUGGGCGGGAGCUGCGACAUGAUGGUGAUGACUCAGCAAAGUUGUGGCCGCCG
..(((((((((((((((.....)))))---((((((((((...-.))))))))))....))).)))))))((((...((..((((....((.(((....))).))..))))..)))))). ( -51.90)
>consensus
GACAUGUC_CGUGAUGCGAGUGGUGUCCUCCGUGUGCGUGAUGGGCAUGCACAUGGUGGGCGUGGACAUGAGCGGGAGCUGCGACAUGAUGGUGAUGACUCAGCAGGGUCGUGGCCGCCG
..((((((..((..(((..(((.(((((.(((((((((((.....))))))))))).)))))....)))..)))...))...))))))..(((.(((((((....))))))).))).... (-45.90 = -46.86 +   0.96)

alignment

Postscript

secondary structure

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dotplot

Postscript

Window 0

Location 3,786,116 – 3,786,236
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 94.50
Mean single sequence MFE -57.74
Consensus MFE -57.32
Energy contribution -56.04
Covariance contribution -1.28
Combinations/Pair 1.19
Mean z-score -2.72
Structure conservation index 0.99
SVM decision value 5.45
SVM RNA-class probability 0.999987
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 3786116 120 + 27905053
AUGGGCGUGCACAUGGUGGGCGUGGACAUGAGCGGGAGCUGCGACAUGAUGGUGAUGACUCAGGAGGGUCGUGGCCGCCGGAUUGGCAGGCGGCACCUCGUGCAUGUGCAGCGCCCGCUG
(((.((((.(((...))).))))...))).((((((.((((((.(((((.(((.(((((((....))))))).((((((.........))))))))))))))....)))))).)))))). ( -60.60)
>DroSec_CAF1 15475 120 + 1
AUGGGCAUGCACAUGGUGGGCGUGGACAUGAGCGGGAGCUGCGACAUGAUGAUGAUGACUCAACAGGGUCGUGGCCGCCGGAUUGGCGGGCGGUACCUCGUGCAUGUGCAGUGCCCGCUG
(((..(((((.(.....).)))))..))).((((((.(((((.(((((((((.((((((((....))))))).((((((.(.....).)))))).).)))).)))))))))).)))))). ( -58.10)
>DroSim_CAF1 19229 120 + 1
AUGGGCAUGCACAUGGUGGGCGUGGACAUGAGCGGGAGCUGCGACAUGAUGAUGAUGACUCAACAGGGUCGUGGCCGCCGGAUUGGCAGGCGGCACCUCGUGCAUGUGCAGUGCCCGCUG
(((..(((((.(.....).)))))..))).((((((.(((((.(((((((((.((((((((....))))))).((((((.........)))))).).)))).)))))))))).)))))). ( -58.80)
>DroEre_CAF1 6146 120 + 1
AUGGGCAUGCACAUGGUGGGCGUGGACAUGGGCGGGAGCUGCGACAUGAUGGUGAUGACUCAGCAAAGUUGUGGCCGCCGGAUUGGCAGGCGGCACCUCGUGCAUGUGCAGCGCCCGCUG
(((........)))((((((((((.(((((.(((((.(((((........(((.(..(((......)))..).)))(((.....)))..))))).)).))).))))).)).)))))))). ( -57.40)
>DroYak_CAF1 18445 119 + 1
AUG-GCAUGCACAUGGUGGGCGUGGACAUGGGCGGGAGCUGCGACAUGAUGGUGAUGACUCAGCAAAGUUGUGGCCGCCGGAUUGGCAGGCGGCACCUCAUGCAUGUGCAGUGCCCGCUG
...-.((((..((((.....))))..))))((((((.((((((.(((((.(((.(..(((......)))..).((((((.........))))))))))))))....)))))).)))))). ( -53.80)
>consensus
AUGGGCAUGCACAUGGUGGGCGUGGACAUGAGCGGGAGCUGCGACAUGAUGGUGAUGACUCAGCAGGGUCGUGGCCGCCGGAUUGGCAGGCGGCACCUCGUGCAUGUGCAGUGCCCGCUG
.....((((..((((.....))))..))))((((((.(((((.(((((((((.((((((((....))))))).((((((.........)))))).).)))).)))))))))).)))))). (-57.32 = -56.04 +  -1.28)

alignment

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secondary structure

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dotplot

Postscript

Window 1

Location 3,786,116 – 3,786,236
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 94.50
Mean single sequence MFE -44.04
Consensus MFE -39.90
Energy contribution -39.86
Covariance contribution -0.04
Combinations/Pair 1.10
Mean z-score -2.35
Structure conservation index 0.91
SVM decision value 3.60
SVM RNA-class probability 0.999439
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 3786116 120 - 27905053
CAGCGGGCGCUGCACAUGCACGAGGUGCCGCCUGCCAAUCCGGCGGCCACGACCCUCCUGAGUCAUCACCAUCAUGUCGCAGCUCCCGCUCAUGUCCACGCCCACCAUGUGCACGCCCAU
.((((((.((((((((((.....(((((((((.........))))))...(((.(....).)))...)))..))))).))))).))))))...((.((((.......)))).))...... ( -45.90)
>DroSec_CAF1 15475 120 - 1
CAGCGGGCACUGCACAUGCACGAGGUACCGCCCGCCAAUCCGGCGGCCACGACCCUGUUGAGUCAUCAUCAUCAUGUCGCAGCUCCCGCUCAUGUCCACGCCCACCAUGUGCAUGCCCAU
....(((((.((((((((...(.(((...(((((((.....)))))....(((..((.(((.......))).)).)))))(((....))).........))))..))))))))))))).. ( -41.90)
>DroSim_CAF1 19229 120 - 1
CAGCGGGCACUGCACAUGCACGAGGUGCCGCCUGCCAAUCCGGCGGCCACGACCCUGUUGAGUCAUCAUCAUCAUGUCGCAGCUCCCGCUCAUGUCCACGCCCACCAUGUGCAUGCCCAU
....(((((.((((((((...(((.(((.(((.(((.....))))))...(((..((.(((.......))).)).)))))).)))..((..........))....))))))))))))).. ( -44.00)
>DroEre_CAF1 6146 120 - 1
CAGCGGGCGCUGCACAUGCACGAGGUGCCGCCUGCCAAUCCGGCGGCCACAACUUUGCUGAGUCAUCACCAUCAUGUCGCAGCUCCCGCCCAUGUCCACGCCCACCAUGUGCAUGCCCAU
..(((((.((((((((((..((((((((((((.........))))))....)))))).(((....)))....))))).))))).))))).((((..((.(.....).))..))))..... ( -45.40)
>DroYak_CAF1 18445 119 - 1
CAGCGGGCACUGCACAUGCAUGAGGUGCCGCCUGCCAAUCCGGCGGCCACAACUUUGCUGAGUCAUCACCAUCAUGUCGCAGCUCCCGCCCAUGUCCACGCCCACCAUGUGCAUGC-CAU
.....((((.((((((((((((.(((((((((.........)))))).........((((.(.(((.......))).).))))....)))))))...........)))))))))))-).. ( -43.00)
>consensus
CAGCGGGCACUGCACAUGCACGAGGUGCCGCCUGCCAAUCCGGCGGCCACGACCCUGCUGAGUCAUCACCAUCAUGUCGCAGCUCCCGCUCAUGUCCACGCCCACCAUGUGCAUGCCCAU
....(((((.((((((((...(.(((((((((.........)))))).........((((.(.(((.......))).).))))................))))..))))))))))))).. (-39.90 = -39.86 +  -0.04)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 2

Location 3,786,196 – 3,786,316
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 96.00
Mean single sequence MFE -55.92
Consensus MFE -53.50
Energy contribution -52.62
Covariance contribution -0.88
Combinations/Pair 1.15
Mean z-score -1.50
Structure conservation index 0.96
SVM decision value 1.68
SVM RNA-class probability 0.971971
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 3786196 120 + 27905053
GAUUGGCAGGCGGCACCUCGUGCAUGUGCAGCGCCCGCUGCUCAUCCUGCGCCUGGGCUCGCCUCAAGGCCGUUUGCAGAGCCAUCACCCGCUGGCGGUCCGCCGUCAGUCGGCACUUCU
(((...((((((((((...))))(((.(((((....))))).)))....))))))((((((((....))).(....).))))))))..((((((((((....))))))).)))....... ( -55.90)
>DroSec_CAF1 15555 120 + 1
GAUUGGCGGGCGGUACCUCGUGCAUGUGCAGUGCCCGCUGCUCAUCCUGGGCCUGGGCUCGCCUCAAGGCCGUUUGCAGGGCCAUCACCCGCUGGCGGUCCGCCGUCAGUCGGCACUUCU
(((((((((.(((.(((.(.((((((.(((((....))))).)).....((((((((....)))..)))))...)))).)((((.(....).)))))))))))))))))))......... ( -55.90)
>DroSim_CAF1 19309 120 + 1
GAUUGGCAGGCGGCACCUCGUGCAUGUGCAGUGCCCGCUGCUCAUCCUGCGCCUGGGCUCGCCUCAAGGCCGUUUGCAGGGCCAUCACCCGCUGGCGGUCCGCCGUCAGUCGGCACUUCU
((((((((((((((.((..(((((((.(((((....))))).))...)))))..)))).)))))...((((((..((.(((......)))))..))))))....)))))))......... ( -56.40)
>DroEre_CAF1 6226 120 + 1
GAUUGGCAGGCGGCACCUCGUGCAUGUGCAGCGCCCGCUGCUCGUCCUGCGCCUGGGCUCGCCUCAAGGCCGUUUGCAGAGCCAUCACCCGCUGGCGGUCCGCCGUCAGCCGGCACUUCU
.....(((((((((((...))))....(((((....))))).)).)))))(((..((((((((....))).(....).))))).......((((((((....)))))))).)))...... ( -57.00)
>DroYak_CAF1 18524 119 + 1
GAUUGGCAGGCGGCACCUCAUGCAUGUGCAGUGCCCGCUGCUCGU-CUGCGCCUGGGCUCGCCUCAAGGCCGUUUGCAGAGCCAUCACCCGCUGGCGGUCCGCCGUCAGCCGGCACUUUU
.....((((((((((.....)))....(((((....))))).)))-))))(((..((((((((....))).(....).))))).......((((((((....)))))))).)))...... ( -54.40)
>consensus
GAUUGGCAGGCGGCACCUCGUGCAUGUGCAGUGCCCGCUGCUCAUCCUGCGCCUGGGCUCGCCUCAAGGCCGUUUGCAGAGCCAUCACCCGCUGGCGGUCCGCCGUCAGUCGGCACUUCU
(((...((((((((((...))))(((.(((((....))))).)))....))))))((((((((....))).(....).)))))))).((.((((((((....)))))))).))....... (-53.50 = -52.62 +  -0.88)

alignment

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