Locus 1242

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 3,742,775 – 3,742,895
Length 120
Max. P 0.985170
window2024

overview

Window 4

Location 3,742,775 – 3,742,895
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 97.67
Mean single sequence MFE -44.94
Consensus MFE -42.34
Energy contribution -42.34
Covariance contribution -0.00
Combinations/Pair 1.05
Mean z-score -1.75
Structure conservation index 0.94
SVM decision value 2.00
SVM RNA-class probability 0.985170
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 3742775 120 + 27905053
AAUUCGUUGCUCUACAGUGUCCUGGCACAUGUAGCGGUAGAUGAAGGUAGGCUUAGUUUGACCAUAUCGAUAAAUGCGGUCCUGAGCCUGUCGCUCCAGCUGCGGGUUCCAGUGGAGGUC
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>DroSec_CAF1 4785 120 + 1
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>DroSim_CAF1 4616 120 + 1
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>DroEre_CAF1 4373 120 + 1
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>DroYak_CAF1 5563 120 + 1
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>consensus
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alignment

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