Locus 1206

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	3,632,720 – 3,632,819
Length	99
Max. P	0.654310

overview

Window 2

Location	3,632,720 – 3,632,819
Length	99
Sequences	6
Columns	108
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	82.61
Mean single sequence MFE	-33.55
Consensus MFE	-26.22
Energy contribution	-24.58
Covariance contribution	-1.63
Combinations/Pair	1.40
Mean z-score	-1.36
Structure conservation index	0.78
SVM decision value	0.02
SVM RNA-class probability	0.542830
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 3632720 99 + 27905053
GCGUUGAUGAGGGCGUGGAGCUUGUGGGCGUGGGACUGACAUUCGUUAUCAUAUU------CAUAUUGCUAUUGGUCGGCAGUAGUCC---GCCCACAAGGCGUCCAU
..........((((((....(((((((((...((((((((....)))).......------..(((((((.......)))))))))))---))))))))))))))).. ( -37.40)
>DroPse_CAF1 371 99 + 1
GCGUUGAUGAUGGCGUGGAGCUAGUGGGCGUUGGACUGGCAUUCACUAUCAUAUU------CAUAUUGCUAUUGGUCGGCAGUAGUCC---ACCCACUAGACGUCCAU
(((((......)))))((((((((((((...((((((((......))).......------..(((((((.......)))))))))))---))))))))).).))).. ( -33.10)
>DroEre_CAF1 430 105 + 1
GCGUUGAUGAGGGCGUGGAGCUUGUGGGCGUGGGACUGGCAUUCACUAUCAUAUUCAUGUUCAUAUUGCUAUUGGUCGGCAGUAGUCC---GCCCACAAGGCGUCCAU
..........((((((....((((((((((.((.((((.(..(((.((.(((((........))).)).)).)))..).))))..)))---))))))))))))))).. ( -36.10)
>DroWil_CAF1 579 102 + 1
GCGUCGAUGAAGGUGUUGAAUUUGUGGGCGUUGGACUAACAUUCAUCACCAUUUG------ACUAUUGCUAUUGGUCGGCAGUGCUCCAGCACCCACAAAACGUUGCU
((((((((......))))).((((((((.((((((.......(((........))------).(((((((.......))))))).)))))).))))))))....))). ( -31.50)
>DroAna_CAF1 4809 99 + 1
CCGUUGAAGAGAGUGUGGAGCUUGUGGGUGUAGGACUGGCAAUCGUUAUCAUAUU------UAUAUUGCUAUUGGUCGGCAGUGGGCC---ACCCAUAGGGCGUCCAU
..............(((((((((((((((....((((((((((...((.......------)).))))))...))))(((.....)))---))))))).))).))))) ( -30.10)
>DroPer_CAF1 371 99 + 1
GCGUUGAUGAAGGCGUGGAGCUAGUGGGCGUUGGACUGACAUUCACUAUCAUAUU------CAUAUUGCUAUUGGUCGGCAGUAGUCC---ACCCACUAGACGUCCAU
((.((....)).))((((((((((((((...(((((((.....))..........------..(((((((.......)))))))))))---))))))))).).))))) ( -33.10)
>consensus
GCGUUGAUGAGGGCGUGGAGCUUGUGGGCGUUGGACUGACAUUCACUAUCAUAUU______CAUAUUGCUAUUGGUCGGCAGUAGUCC___ACCCACAAGACGUCCAU
(((((......)))))(((.((((((((....(((((((......)))...............(((((((.......)))))))))))....))))))))...))).. (-26.22 = -24.58 +  -1.63)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 3

Location	3,632,720 – 3,632,819
Length	99
Sequences	6
Columns	108
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	82.61
Mean single sequence MFE	-27.31
Consensus MFE	-21.98
Energy contribution	-21.98
Covariance contribution	0.01
Combinations/Pair	1.23
Mean z-score	-1.54
Structure conservation index	0.80
SVM decision value	0.25
SVM RNA-class probability	0.654310
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 3632720 99 - 27905053
AUGGACGCCUUGUGGGC---GGACUACUGCCGACCAAUAGCAAUAUG------AAUAUGAUAACGAAUGUCAGUCCCACGCCCACAAGCUCCACGCCCUCAUCAACGC
.((((.((.((((((((---(((((..(((.........))).....------.....((((.....)))))))))...))))))))))))))............... ( -29.80)
>DroPse_CAF1 371 99 - 1
AUGGACGUCUAGUGGGU---GGACUACUGCCGACCAAUAGCAAUAUG------AAUAUGAUAGUGAAUGCCAGUCCAACGCCCACUAGCUCCACGCCAUCAUCAACGC
((((.((((((((((((---(((((((((.((....(((....))).------....)).)))).......)))))...)))))))))....)))))))......... ( -27.61)
>DroEre_CAF1 430 105 - 1
AUGGACGCCUUGUGGGC---GGACUACUGCCGACCAAUAGCAAUAUGAACAUGAAUAUGAUAGUGAAUGCCAGUCCCACGCCCACAAGCUCCACGCCCUCAUCAACGC
.((((.((.((((((((---(....((((.((..((.((...((((........))))..)).))..)).))))....)))))))))))))))............... ( -31.00)
>DroWil_CAF1 579 102 - 1
AGCAACGUUUUGUGGGUGCUGGAGCACUGCCGACCAAUAGCAAUAGU------CAAAUGGUGAUGAAUGUUAGUCCAACGCCCACAAAUUCAACACCUUCAUCGACGC
........((((((((((.((((((...)).......(((((...((------((.....))))...))))).)))).)))))))))).................... ( -25.70)
>DroAna_CAF1 4809 99 - 1
AUGGACGCCCUAUGGGU---GGCCCACUGCCGACCAAUAGCAAUAUA------AAUAUGAUAACGAUUGCCAGUCCUACACCCACAAGCUCCACACUCUCUUCAACGG
.((((.((....(((((---(....((((..........(((((...------............)))))))))....))))))...))))))............... ( -20.16)
>DroPer_CAF1 371 99 - 1
AUGGACGUCUAGUGGGU---GGACUACUGCCGACCAAUAGCAAUAUG------AAUAUGAUAGUGAAUGUCAGUCCAACGCCCACUAGCUCCACGCCUUCAUCAACGC
.((((.(.(((((((((---(((((..(((.........))).....------.....((((.....)))))))))...))))))))))))))............... ( -29.60)
>consensus
AUGGACGCCUUGUGGGU___GGACUACUGCCGACCAAUAGCAAUAUG______AAUAUGAUAAUGAAUGCCAGUCCAACGCCCACAAGCUCCACGCCCUCAUCAACGC
.((((.(.(((((((((...((...((((.((..((.((...((((........))))..)).))..)).))))))...))))))))))))))............... (-21.98 = -21.98 +   0.01)

alignment

secondary structure

dotplot

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