Locus 1166

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 3,544,464 – 3,544,583
Length 119
Max. P 0.574318
window1913

overview

Window 3

Location 3,544,464 – 3,544,583
Length 119
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 97.04
Mean single sequence MFE -38.75
Consensus MFE -33.48
Energy contribution -33.90
Covariance contribution 0.42
Combinations/Pair 1.06
Mean z-score -1.44
Structure conservation index 0.86
SVM decision value 0.08
SVM RNA-class probability 0.574318
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 3544464 119 - 27905053
CAGCAGAGUGUAAGUGCACUCAACGCAGUUAACUGGCUGCGGCGUCUGCGAAGCAAUUUGUGAACGCUCGUCGAGCAUUUAAAACAAUUGGUGCCAAACAAUUACGCGGAGGGUGC-UUU
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>DroSec_CAF1 3397 119 - 1
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>DroSim_CAF1 3567 119 - 1
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>DroEre_CAF1 3558 119 - 1
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>DroYak_CAF1 3805 119 - 1
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>DroAna_CAF1 230 120 - 1
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>consensus
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alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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