| Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 3,415,703 – 3,415,796 |
| Length | 93 |
| Max. P | 0.891211 |
| Location | 3,415,703 – 3,415,796 |
|---|---|
| Length | 93 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 117 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 75.02 |
| Mean single sequence MFE | -27.22 |
| Consensus MFE | -19.52 |
| Energy contribution | -19.80 |
| Covariance contribution | 0.28 |
| Combinations/Pair | 1.08 |
| Mean z-score | -1.32 |
| Structure conservation index | 0.72 |
| SVM decision value | 0.97 |
| SVM RNA-class probability | 0.891211 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 3415703 93 - 27905053 GUUCGUGCACUUAGCGUGUCAUAGUCUAAUUACAGGGGCGUUAU---------UCUGACUGCCAUUUUGCAUGCUAGCAGUGCAUUAGACAC---AUAGCCA------------CGA (((.(((((((((((((((.....(((......)))((((((..---------...))).))).....))))))))..)))))))..)))..---.......------------... ( -24.50) >DroPse_CAF1 16095 91 - 1 GUUUGUGCACUUAGCGUGUCACAGUCUAAUUACAG-GGCGUUA-----------CUGACUGCUAUUUUGCAUGCUACGAGUGCAUUAGAUCCCCCAGAUC--------------CCC ....(((((((((((((((..(((((.....((..-...))..-----------..))))).......)))))))..))))))))..((((.....))))--------------... ( -24.90) >DroGri_CAF1 14438 96 - 1 CUGAGUGCACUUAGCAUGUCUCAGUCUAAUCACGG-GGCGUUA-----------CUGACUGCUAUUUUGCAUGCCACGUGUGCAUUAGGCAU---ACGCCCG---G--UGGC-ACAA ((((((((.....)))...))))).....((((.(-(((((..-----------.....((((....(((((((...)))))))...)))).---)))))).---)--))).-.... ( -32.80) >DroEre_CAF1 22734 101 - 1 GUUCGUGCACUUAGCGUGUCAUAGUCUAAUUACAG-GGCGUUAUAGUAUAACUACUGACUGCCAUUUUGCAUGCUAGCAGUGCAUUAGACAC---AUACCCA------------CGA (((.(((((((((((((((....((......))..-((((((((((.....))).)))).))).....))))))))..)))))))..)))..---.......------------... ( -27.30) >DroAna_CAF1 13095 103 - 1 AUUUGUGCACUUAGCGUGUCAUAGUCUAAUUACAG-GGCGUUAU---------ACGUACUGCCAUUUCGCAUGCUAGCAGUGCAUUAGACAC---AUGGCCCAUUGUGUGGCU-GGC ....(((((((((((((((....(...(((..(((-..((....---------.))..)))..))).)))))))))..)))))))(((.(((---(..(....)..)))).))-).. ( -28.90) >DroPer_CAF1 16332 90 - 1 GUUUGUGCACUUAGCGUGUCACAGUCUAAUUACAG-GGCGUUA-----------CUGACUGCUAUUUUGCAUGCUACGAGUGCAUUAGAUCCCCCAGAUC---------------CC ....(((((((((((((((..(((((.....((..-...))..-----------..))))).......)))))))..))))))))..((((.....))))---------------.. ( -24.90) >consensus GUUUGUGCACUUAGCGUGUCACAGUCUAAUUACAG_GGCGUUA___________CUGACUGCCAUUUUGCAUGCUACCAGUGCAUUAGACAC___AUACCC_____________CGA ....(((((((((((((((....((......))...(((((((............)))).))).....))))))))..)))))))................................ (-19.52 = -19.80 + 0.28)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:02:04 2006