Locus 1140

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 3,403,432 – 3,403,527
Length 95
Max. P 0.555315
window1874

overview

Window 4

Location 3,403,432 – 3,403,527
Length 95
Sequences 6
Columns 104
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 80.86
Mean single sequence MFE -22.22
Consensus MFE -12.83
Energy contribution -12.75
Covariance contribution -0.08
Combinations/Pair 1.16
Mean z-score -1.84
Structure conservation index 0.58
SVM decision value 0.04
SVM RNA-class probability 0.555315
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 3403432 95 - 27905053
AGCCAUUUUACA--AUGUUAAUAU--AUAUUAUUAACAGCUAAUUA--GCUGCAUUGC-CAUAAUUGAUGUGCGCCUCUGCUGU--UAGCCAUGGUGAUGGGGG
..(((((...((--.((((((((.--....))))))))((((((.(--((.....(((-(((.....))).))).....)))))--))))..))..)))))... ( -24.90)
>DroSec_CAF1 1580 95 - 1
AGCCAUUUUACA--AUGUUAAUAU--AUAUUAUUAACAGCUAAUUA--GCUGCGAUGC-CAUAAUUGAUGUGCGGCUCUGCUGU--UUGCCAUGGUGAUGGGAG
..(((((...((--..(((((((.--....)))))))(((.....(--(((((.((..-((....))..))))))))..)))..--......))..)))))... ( -22.80)
>DroSim_CAF1 12363 78 - 1
AGCCAUUUUACA--AUGUUAAUAU--AUAUUAUUAACAGCUAAUUA--GCUGCGAUGC-CAUAAUUGAUGUGCGGCUCUGUUGU--U-----------------
.........(((--(((((((((.--....)))))))........(--(((((.((..-((....))..))))))))..)))))--.----------------- ( -16.30)
>DroEre_CAF1 10532 83 - 1
AGCCAUUUUACA--AUGUUAAUAU--AUAUUAUUAACAGCUAAUUA--GCUGCGAUUC-CAUAAUUGAUGUGCGGC--UGCUGU--UAGCCA----------AG
............--.((((((((.--....))))))))((((((((--((((((....-((....))...))))))--))..))--))))..----------.. ( -22.30)
>DroYak_CAF1 15760 95 - 1
AGGCAUUCUACA--AUGUUAAUAU--AUAUUAUUAACAGCUAAUUG--GCUGCGAUUC-CAUAUUUGAUGUGCGGCUCUGCUGU--UAGCCAUAGUGAUGGAAG
.(((.......(--((((......--)))))..(((((((.....(--((((((....-((....))...)))))))..)))))--)))))............. ( -24.10)
>DroPer_CAF1 1748 93 - 1
GGCCAUUUUACAAAAUGUUAAUAUAUAUAUUAUUAACAGCUAAUUAGAGCUGCGAUUCACAUAAUUGAUGUGCGGCAC-GCUUUGAUUGUCGA---G-------
(((............((((((((.......))))))))...((((((((((((....(((((.....)))))..))).-))))))))))))..---.------- ( -22.90)
>consensus
AGCCAUUUUACA__AUGUUAAUAU__AUAUUAUUAACAGCUAAUUA__GCUGCGAUGC_CAUAAUUGAUGUGCGGCUCUGCUGU__UAGCCAU___G_____AG
(((............((((((((.......))))))))..........((((((.....((....))...))))))...)))...................... (-12.83 = -12.75 +  -0.08)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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