| Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 3,380,019 – 3,380,135 |
| Length | 116 |
| Max. P | 0.589957 |
| Location | 3,380,019 – 3,380,135 |
|---|---|
| Length | 116 |
| Sequences | 5 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 84.95 |
| Mean single sequence MFE | -37.66 |
| Consensus MFE | -23.28 |
| Energy contribution | -25.08 |
| Covariance contribution | 1.80 |
| Combinations/Pair | 1.17 |
| Mean z-score | -2.08 |
| Structure conservation index | 0.62 |
| SVM decision value | 0.11 |
| SVM RNA-class probability | 0.589957 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 3380019 116 + 27905053 UUAGUCAUUAGUUGCCUGCGGUUUCGGUUGGUUUAUAUUGAUGACUCUGGUGGGGCUCCAACCAUUUGCUGUCAGGAAUAAGUCACAAGAUGCAUUUGGAAAUGUGCUCC----CACCGC ..((((((((((.(((.((.......)).)))....))))))))))..((((((((.(...(((..(((.(((..((.....))....))))))..)))....).)).))----)))).. ( -36.90) >DroSec_CAF1 8367 115 + 1 UUAGUCAUUAGUUGCCUGCGGUUUCGGUUGGUUUAUAUUGAUGACUCUGGUGG-GCUCCAACCAUUUGCUGUGAGGAAUAAGUCACAAGAUGCAUUUGGAAAUGGGCUCC----CACCGC ..((((((((((.(((.((.......)).)))....))))))))))..(((((-(.((((.(((..((((((((........)))))....)))..)))...))))..))----)))).. ( -39.60) >DroAna_CAF1 17379 109 + 1 UUAGUCAUUAGUUGCCUGUGGUUGUGGUAGGUUUAUAUUGAUGACUCUGGUGGGGUUGAAACCAUUUG-------AACUCAGUCACAAACUGCA----GCAAUGAACUCGAAAGCAACGC ..........((((((((..(((((((..((((((...((.((((((.....))))))....))..))-------))).)..)))).)))..))----)...((....))...))))).. ( -25.00) >DroSim_CAF1 9200 116 + 1 UUAGUCAUUAGUUGCCUGCGGUUUCGGUUGGUUUAUAUUGAUGACUCUGGUGGGGCUCCAACCAUUUGCUGUGAGGAAUAAGUCACAAGAUGCAUUUGGAAAUGGGCUCC----CACCGC ..((((((((((.(((.((.......)).)))....))))))))))..((((((((.(((.(((..((((((((........)))))....)))..)))...))))).))----)))).. ( -43.50) >DroEre_CAF1 8804 116 + 1 UUAGUCAUUAGUUGCCUGUGGUUUUGGUCGGUUUAUAUUGAUGACUCUGGUGGGGUCCCAGCCAUUUGCUGUGUGGAAUAAGACACAGGAUGCAUUUGGAAAUGGUGUCC----CACCUC ..((((((((((.(((.............)))....))))))))))..(((((((..(((.(((..((((.((((........)))).)..)))..)))...)))..)))----)))).. ( -43.32) >consensus UUAGUCAUUAGUUGCCUGCGGUUUCGGUUGGUUUAUAUUGAUGACUCUGGUGGGGCUCCAACCAUUUGCUGUGAGGAAUAAGUCACAAGAUGCAUUUGGAAAUGGGCUCC____CACCGC ..((((((((((.(((..(.(...).)..)))....))))))))))..((((((((((...(((..((((((((........)))))....)))..)))....)))))).....)))).. (-23.28 = -25.08 + 1.80)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:01:24 2006