Locus 1112

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 3,357,938 – 3,358,178
Length 240
Max. P 0.999231
window1818 window1819 window1820

overview

Window 8

Location 3,357,938 – 3,358,058
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 96.75
Mean single sequence MFE -44.36
Consensus MFE -41.32
Energy contribution -41.40
Covariance contribution 0.08
Combinations/Pair 1.06
Mean z-score -1.22
Structure conservation index 0.93
SVM decision value 0.35
SVM RNA-class probability 0.701631
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 3357938 120 + 27905053
GCGGCGAUGUGGUGCCCAAGGACGUGAACGCCGCCAUCGCCACCAUCAAGACAAAGCGUACCAUUCAGUUCGUGGACUGGUGCCCCACCGGCUUCAAGGUGGGCAUCAACUACCAGCCAC
..((((((((((((.....((.((....)))).....))))).))))........................((((..((((((((.(((........))))))))))).))))..))).. ( -43.90)
>DroSec_CAF1 51369 120 + 1
GCGGCGAUGUGGUGCCCAAGGACGUGAACGCCGCCAUCGCCACCAUCAAGACGAAGCGCACCAUUCAGUUCGUGGACUGGUGCCCCACCGGCUUCAAGGUGGGCAUCAACUACCAGCCAC
..((((((((((((.....((.((....)))).....))))).)))).....((.((((((((((((.....)))).)))))).(((((........))))))).))........))).. ( -46.90)
>DroSim_CAF1 45675 120 + 1
GCGGCGAUGUGGUGCCCAAGGAUGUGAACGCCGCCAUCGCCACCAUUAAGACGAAGCGCACCAUUCAGUUCGUGGACUGGUGCCCCACCGGCUUCAAGGUGGGCAUCAACUACCAGCCAC
((((((((((((((..((......))..))))).)))))))...........((.((((((((((((.....)))).)))))).(((((........))))))).))........))... ( -45.50)
>DroEre_CAF1 44642 120 + 1
GCGGCGAUGUUGUGCCCAAGGACGUGAACGCCGCCAUCGCCACCAUCAAGACGAAGCGCACUAUUCAGUUCGUGGACUGGUGCCCCACCGGCUUCAAGGUGGGCAUCAACUACCAGCCAC
..(((...((((((((((....(.((((.(((((..(((.(........).))).))((((....(((((....)))))))))......))))))).).)))))).)))).....))).. ( -41.70)
>DroYak_CAF1 65907 120 + 1
GCGGCGAUGUGGUGCCCAAGGACGUGAACGCCGCCAUCGCCACCAUCAAGACUAAGCGCACCAUUCAGUUCGUGGACUGGUGCCCCACAGGCUUUAAGGUGGGCAUUAACUACCAGCCAC
..((((((((((((.....((.((....)))).....))))).))))........((.((((..((((((....)))))).(((.....))).....)))).))...........))).. ( -43.80)
>consensus
GCGGCGAUGUGGUGCCCAAGGACGUGAACGCCGCCAUCGCCACCAUCAAGACGAAGCGCACCAUUCAGUUCGUGGACUGGUGCCCCACCGGCUUCAAGGUGGGCAUCAACUACCAGCCAC
..((((((((((((..((......))..))))).)))))))..............((((((((((((.....)))).))))))((((((........))))))............))... (-41.32 = -41.40 +   0.08)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 9

Location 3,358,018 – 3,358,138
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 93.83
Mean single sequence MFE -48.68
Consensus MFE -41.14
Energy contribution -41.38
Covariance contribution 0.24
Combinations/Pair 1.14
Mean z-score -1.60
Structure conservation index 0.85
SVM decision value 0.92
SVM RNA-class probability 0.882364
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 3358018 120 + 27905053
UGCCCCACCGGCUUCAAGGUGGGCAUCAACUACCAGCCACCCACUGUCGUCCCAGGCGGGGAUCUGGCCAAGGUGCAGCGUGCCGUGUGCAUGUUGUCCAAUACCACGGCUAUUGCCGAG
(((((.(((........))))))))..........((((.((.(((((......)))))))...))))...((.(((((((((.....))))))))))).......((((....)))).. ( -47.30)
>DroSec_CAF1 51449 120 + 1
UGCCCCACCGGCUUCAAGGUGGGCAUCAACUACCAGCCACCCACUGUGGUCCCAGGCGGCGAUCUGGCCAAGGUGCAGCGUGCCGUGUGCAUGUUGUCCAACACCACGGCCAUCGCCGAG
(((((.(((........)))))))).......((.(((((.....)))))....))((((((..(((((..((((((((((((.....)))))))).....))))..))))))))))).. ( -52.30)
>DroSim_CAF1 45755 120 + 1
UGCCCCACCGGCUUCAAGGUGGGCAUCAACUACCAGCCACCCACUGUGGUCCCAGGCGGCGAUCUGGCCAAGGUGCAGCGUGCCGUGUGCAUGUUGUCCAACACCACGGCCAUCGCCGAG
(((((.(((........)))))))).......((.(((((.....)))))....))((((((..(((((..((((((((((((.....)))))))).....))))..))))))))))).. ( -52.30)
>DroEre_CAF1 44722 120 + 1
UGCCCCACCGGCUUCAAGGUGGGCAUCAACUACCAGCCACCCACUGUGGUUCCAGGCGGAGAUCUGGCCAAGGUUCAGCGUGCCGUGUGCAUGCUGUCCAAUACCACUGCUAUCGCCGAG
(((((.(((........))))))))((.......((((((.....))))))...(((((((...(((....((..((((((((.....)))))))).))....)))...)).))))))). ( -45.60)
>DroYak_CAF1 65987 120 + 1
UGCCCCACAGGCUUUAAGGUGGGCAUUAACUACCAGCCACCCACUGUGGUUCCUGGCGGGGAUCUGGCCAAGGUUCAGCGUGCUGUGUGCAUGCUGUCCAAUACCACUGCUAUUGCCGAG
..((((.((((......(((((.......)))))((((((.....))))))))))..))))...((((...((..((((((((.....)))))))).))((((.......)))))))).. ( -45.90)
>consensus
UGCCCCACCGGCUUCAAGGUGGGCAUCAACUACCAGCCACCCACUGUGGUCCCAGGCGGCGAUCUGGCCAAGGUGCAGCGUGCCGUGUGCAUGUUGUCCAAUACCACGGCUAUCGCCGAG
(((((.(((........))))))))((........(((((.....)))))....(((((.....(((((..((((((((((((.....)))))))).....))))..)))))))))))). (-41.14 = -41.38 +   0.24)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 0

Location 3,358,058 – 3,358,178
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 93.67
Mean single sequence MFE -53.30
Consensus MFE -50.38
Energy contribution -51.02
Covariance contribution 0.64
Combinations/Pair 1.08
Mean z-score -2.03
Structure conservation index 0.95
SVM decision value 3.45
SVM RNA-class probability 0.999231
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 3358058 120 + 27905053
CCACUGUCGUCCCAGGCGGGGAUCUGGCCAAGGUGCAGCGUGCCGUGUGCAUGUUGUCCAAUACCACGGCUAUUGCCGAGGCCUGGGCCCGUCUGGACCACAAGUUCGAUCUGAUGUACG
....(((.((((.(((((((..((.((((..((.(((((((((.....))))))))))).......((((....)))).)))).)).))))))))))).))).................. ( -52.90)
>DroSec_CAF1 51489 120 + 1
CCACUGUGGUCCCAGGCGGCGAUCUGGCCAAGGUGCAGCGUGCCGUGUGCAUGUUGUCCAACACCACGGCCAUCGCCGAGGCCUGGGCCCGUCUGGACCAUAAGUUCGACCUGAUGUACG
....((((((((.(((((((((..(((((..((((((((((((.....)))))))).....))))..))))))))))(.(((....)))))))))))))))).................. ( -55.90)
>DroSim_CAF1 45795 120 + 1
CCACUGUGGUCCCAGGCGGCGAUCUGGCCAAGGUGCAGCGUGCCGUGUGCAUGUUGUCCAACACCACGGCCAUCGCCGAGGCCUGGGCCCGUCUGGACCAUAAGUUCGACCUGAUGUACG
....((((((((.(((((((((..(((((..((((((((((((.....)))))))).....))))..))))))))))(.(((....)))))))))))))))).................. ( -55.90)
>DroEre_CAF1 44762 120 + 1
CCACUGUGGUUCCAGGCGGAGAUCUGGCCAAGGUUCAGCGUGCCGUGUGCAUGCUGUCCAAUACCACUGCUAUCGCCGAGGCCUGGGCCCGUCUGGACCACAAGUUCGACCUGAUGUACG
....((((((.((((((((.(..(.((((..((..((((((((.....)))))))).)).......(.((....)).).)))).)..))))))))))))))).................. ( -50.90)
>DroYak_CAF1 66027 120 + 1
CCACUGUGGUUCCUGGCGGGGAUCUGGCCAAGGUUCAGCGUGCUGUGUGCAUGCUGUCCAAUACCACUGCUAUUGCCGAGGCCUGGGCCCGUCUGGACCACAAGUUUGACCUGAUGUACG
....((((((((..((((((..((.((((..((..((((((((.....)))))))).)).......(.((....)).).)))).)).)))))).)))))))).................. ( -50.90)
>consensus
CCACUGUGGUCCCAGGCGGCGAUCUGGCCAAGGUGCAGCGUGCCGUGUGCAUGUUGUCCAAUACCACGGCUAUCGCCGAGGCCUGGGCCCGUCUGGACCACAAGUUCGACCUGAUGUACG
....((((((.((((((((.(..(.((((..((((((((((((.....)))))))).....)))).((((....)))).)))).)..))))))))))))))).................. (-50.38 = -51.02 +   0.64)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:01:12 2006