Locus 1100

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	3,334,563 – 3,334,655
Length	92
Max. P	0.681765

overview

Window 0

Location	3,334,563 – 3,334,655
Length	92
Sequences	6
Columns	98
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	71.68
Mean single sequence MFE	-26.62
Consensus MFE	-11.79
Energy contribution	-13.57
Covariance contribution	1.78
Combinations/Pair	1.14
Mean z-score	-1.68
Structure conservation index	0.44
SVM decision value	-0.03
SVM RNA-class probability	0.519230
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 3334563 92 + 27905053
CUAACGACUUUGUUGUGUAUGCGU------GUGUGUGCCUUGUGUUUAUAGCGGGCUUUGAAGUUGCCAUAGACACAAACACAUAAGCCCAACGCGUU
...(((((...)))))..((((((------.((((((..((((((((((.((((.((....)))))).)))))))))).))))))......)))))). ( -28.40)
>DroSec_CAF1 28659 98 + 1
CUAACGACUUUGUUGAGUGUGGGUGUGUGUGUGUGUGCCUUGUGUUUAUAGCGGGCUUUGAAGUUGCCAUAGACACAAACACAUAAGCCCAAAGCGUU
..((((((((....)))).(((((...(((((((.....((((((((((.((((.((....)))))).))))))))))))))))).)))))...)))) ( -32.60)
>DroSim_CAF1 22558 94 + 1
CUAACGACUUUAUUGUGUGUGGGUGUGA--GUGUGUGCCUUGUGUUUAUAGCGGGCUUUGAAGUUGCCAUAGACACAAACACAUAAGCCCAACGCG--
..............((((.(((((....--.((((((..((((((((((.((((.((....)))))).)))))))))).)))))).))))))))).-- ( -32.70)
>DroWil_CAF1 27443 80 + 1
---UUGGC-UGGCUGGGUACGAAC------CGGUGUGCAUUGUUUUUUUAGCCUCCUUUGAAGUUACCACAAGCAUAAAC--------CAAAUAUGGU
---((((.-..(((((.......)------))))((((.((((.....((((.((....)).))))..))))))))...)--------)))....... ( -15.90)
>DroYak_CAF1 23159 90 + 1
CUAACGACUUUGUUGUGUGGGUGGG------UGUAUGUCUUGUGUUUAUAGCGGUCUUUGAAGUUGCCAUAGUCACAAACACAUAAGCCCCGCGUG--
((((((((...))))).)))(((((------..(((((.(((((.((((.((((.((....)))))).)))).)))))..)))))...)))))...-- ( -25.10)
>DroAna_CAF1 19150 90 + 1
UUAACGUUUUGACUGAGAGGUUAU------UUGUGUGAAUUGUGUUUUUAGCGGCCUUUGAAGUUGCCAUAGACACAAACACAUAAACACAACAUC--
.....(((.(((((....)))))(------(((((((..((((((((...(((((.......)))))...)))))))).))))))))...)))...-- ( -25.00)
>consensus
CUAACGACUUUGUUGUGUGUGGGU______GUGUGUGCCUUGUGUUUAUAGCGGGCUUUGAAGUUGCCAUAGACACAAACACAUAAGCCCAACGCG__
...............................((((((..((((((((((.((((.((....)))))).)))))))))).))))))............. (-11.79 = -13.57 +   1.78)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 1

Location	3,334,563 – 3,334,655
Length	92
Sequences	6
Columns	98
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	71.68
Mean single sequence MFE	-20.54
Consensus MFE	-11.54
Energy contribution	-12.85
Covariance contribution	1.31
Combinations/Pair	1.16
Mean z-score	-1.46
Structure conservation index	0.56
SVM decision value	0.31
SVM RNA-class probability	0.681765
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 3334563 92 - 27905053
AACGCGUUGGGCUUAUGUGUUUGUGUCUAUGGCAACUUCAAAGCCCGCUAUAAACACAAGGCACACAC------ACGCAUACACAACAAAGUCGUUAG
...((((((.((((.((((((((((.(...(((.........))).).))))))))))))))...)).------)))).................... ( -23.70)
>DroSec_CAF1 28659 98 - 1
AACGCUUUGGGCUUAUGUGUUUGUGUCUAUGGCAACUUCAAAGCCCGCUAUAAACACAAGGCACACACACACACACCCACACUCAACAAAGUCGUUAG
(((((((((((....(((((.((((((((((((.............))))).......))))))).)))))....)))).........))).)))).. ( -24.33)
>DroSim_CAF1 22558 94 - 1
--CGCGUUGGGCUUAUGUGUUUGUGUCUAUGGCAACUUCAAAGCCCGCUAUAAACACAAGGCACACAC--UCACACCCACACACAAUAAAGUCGUUAG
--.(.((((((....(((((((((((.((((((.............)))))).)))))).)))))...--.....)))).)).).............. ( -22.12)
>DroWil_CAF1 27443 80 - 1
ACCAUAUUUG--------GUUUAUGCUUGUGGUAACUUCAAAGGAGGCUAAAAAAACAAUGCACACCG------GUUCGUACCCAGCCA-GCCAA---
.......(((--------(((...(((.(.((((....(...((.(((............)).).)).------)....)))))))).)-)))))--- ( -15.20)
>DroYak_CAF1 23159 90 - 1
--CACGCGGGGCUUAUGUGUUUGUGACUAUGGCAACUUCAAAGACCGCUAUAAACACAAGACAUACA------CCCACCCACACAACAAAGUCGUUAG
--......(((..(((((.((((((..((((((.............))))))..)))))))))))..------)))...................... ( -20.42)
>DroAna_CAF1 19150 90 - 1
--GAUGUUGUGUUUAUGUGUUUGUGUCUAUGGCAACUUCAAAGGCCGCUAAAAACACAAUUCACACAA------AUAACCUCUCAGUCAAAACGUUAA
--((((((.(((((.((((.((((((.(.((((..((.....))..)))).).))))))..)))).))------))).............)))))).. ( -17.44)
>consensus
__CACGUUGGGCUUAUGUGUUUGUGUCUAUGGCAACUUCAAAGCCCGCUAUAAACACAAGGCACACAC______ACACACACACAACAAAGUCGUUAG
...............(((((((((((.((((((..((....))...)))))).)))))).)))))................................. (-11.54 = -12.85 +   1.31)

alignment

secondary structure

dotplot

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