Locus 1080

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 3,302,647 – 3,302,767
Length 120
Max. P 0.599862
window1749

overview

Window 9

Location 3,302,647 – 3,302,767
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 96.24
Mean single sequence MFE -21.37
Consensus MFE -18.46
Energy contribution -19.10
Covariance contribution 0.64
Combinations/Pair 1.03
Mean z-score -1.33
Structure conservation index 0.86
SVM decision value 0.13
SVM RNA-class probability 0.599862
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 3302647 120 + 27905053
AUUUAAUAAAAUAGUGCAAAACGCGUUGGUGACUUUUCCAUUCACACAUUAAUUAAUUUGAUUGCCAAUAUAGUGUGUACAAUGGCAAAAAUUCCAAUUGUAUUCAUUAUUAGAAUCAAA
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>DroSec_CAF1 6727 120 + 1
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>DroSim_CAF1 5167 120 + 1
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>DroEre_CAF1 3850 118 + 1
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>DroYak_CAF1 9564 118 + 1
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>consensus
AUUUAAUAAAAUAGUGCAAAACGCUUUGGUGACUUUUCCAUUCACACAUUAAUUAAUUUGAUUGCCAAUAUAGUGUGUAAAAUGGCAAAAAUUCCAAUUGUGUUCAUUAUUAGAAUCAAA
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alignment

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secondary structure

Postscript

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